Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: , Przewodniczący Sędzia NSA: Roman Wiatrowski (sprawozdawca), , po rozpoznaniu w dniu 22 grudnia 2015 r. na posiedzeniu niejawnym w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej E. sp. z o.o. w S. od postanowienia Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach z dnia 11 maja 2015 r. sygn. akt III SAB/Gl 9/15 odrzucającego skargę E. sp. z o.o. w S. na bezczynność Naczelnika Urzędu Skarbowego w S. w przedmiocie podatku od towarów i usług postanawia: uchylić zaskarżone postanowienie i przekazać sprawę Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Gliwicach do ponownego rozpoznania. .
Postanowieniem z dnia 11 maja 2015 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach odrzucił skargę E. sp. z o.o. w S. (dalej: "spółka", "skarżąca") na bezczynność Naczelnika Urzędu Skarbowego w S. w przedmiocie podatku od towarów i usług.
W pisemnych motywach orzeczenia Sąd pierwszej instancji podał, że pismem z dnia 10 lutego 2015 r. pełnomocnik spółki, na podstawie art. 3 § 2 pkt 8 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tj. Dz.U. z 2012 r. poz. 270 ze zm. - dalej: "P.p.s.a."), wniósł skargę na bezczynność Naczelnika Urzędu Skarbowego w S. w zakresie zwrotu różnicy podatku od towarów i usług w kwocie 368.557zł wynikającej z korekty deklaracji podatkowej dla podatku od towarów i usług VAT-7 za miesiąc styczeń 2014 r. Organowi zarzucił naruszenie art. 87 ust. 6 oraz art. 87 ust. 2 w zw. z art. 87 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2011 r., nr 177, poz. 1054 ze zm., dalej: "ustawa o VAT"), domagając się - na podstawie art. 149 § 1 P.p.s.a., zobowiązania Naczelnika Urzędu Skarbowego w S. do zwrotu różnicy podatku od towarów i usług w kwocie 368.557 zł oraz wymierzenia Naczelnikowi Urzędu Skarbowego grzywny.
Przedstawiając stan sprawy pełnomocnik wyjaśnił, że w dniu 27 lutego 2014 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego wszczął w spółce kontrolę podatkową w zakresie prawidłowości dokonywania rozliczeń w podatku od towarów i usług za miesiąc styczeń 2014 r., którą zakończył w dniu 13 marca 2014 r. doręczeniem protokołu kontroli. W tym też dniu spółka złożyła stosowną korektę deklaracji podatkowej. 3 kwietnia 2014 r. organ wydał postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu różnicy podatku od towarów i usług w kwocie 368.557 zł wynikającej z tej korekty. Na powyższe postanowienie wniesiono skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego, którą Sąd uwzględnił (wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach z dnia 16 grudnia 2014 r., sygn. akt III SA/Gl 1124/14). W związku z tym spółka pismem z dnia 23 grudnia 2014 r. wezwała Naczelnika Urzędu Skarbowego do usunięcia naruszenia prawa poprzez niezwłoczne dokonanie zwrotu różnicy podatku od towarów i usług w kwocie 368.557zł wynikającej z korekty deklaracji za styczeń 2014 r. Odpowiedzi na powyższe wezwanie organ udzielił pismem z dnia 20 stycznia 2015 r. wyjaśniając, że 19 stycznia 2015 r. zwrócił się do WSA z wnioskiem o rozstrzygnięcie wątpliwości co do treści nieprawomocnego wyroku z dnia 16 grudnia 2014 r. w związku z tym powyższe żądanie zostanie niezwłocznie rozpoznane po otrzymaniu przez organ stosownego postanowienia Sądu.
Mając na uwadze przedstawione okoliczności pełnomocnik spółki stwierdził, że skoro organ podatkowy nie dokonał zwrotu różnicy podatku od towarów i usług w związku z tym uznać należy, że pozostaje on w bezczynności, co wyczerpuje przesłankę określoną w art. 3 § 2 pkt 8 P.p.s.a. W piśmie z dnia 7 kwietnia 2015 r. pełnomocnik spółki dodał, że przed wniesieniem skargi do Sądu został wykorzystany tryb wynikający z art. 141 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2012 r., poz. 749 ze zm. - dalej: "O.p."). Należy to rozumieć w ten sposób, że bezczynność organu dotyczy czynności materialno-technicznej, jaką jest zwrot różnicy podatku od towarów i usług, a nie bezczynności której organ dopuściłby się prowadząc postępowanie podatkowe. W związku z tym ponaglenie przewidziane w art. 141 O.p. skarżącemu nie przysługiwało. To zaś uprawniało spółkę do wniesienia skargi na bezczynność organu co do czynności z zakresu administracji publicznej dotyczących uprawnień lub obowiązków wynikających z przepisów prawa (art. 3 § 2 pkt 8 w zw. z pkt 4 P.p.s.a.).