W rozpoznawanej sprawie skarga została oparta na podstawie naruszenia przepisów postępowania, tj. art. 151 p.p.s.a. w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a. oraz art. 134 § 1 p.p.s.a. i art. 141 § 4 p.p.s.a., które polegało na błędnym uznaniu przez Sąd I instancji, że organy administracji w toku postępowania nie naruszyły art. 10 k.p.a. w zw. z art. 156 § 1 pkt 2 k.p.a., art. 78 § 1 k.p.a. (nie dopuszczając wniosków dowodowych skarżącego) oraz art. 6, 7, 8, 9, 11, 77 i 80 k.p.a. poprzez rozpoznanie sprawy bez uwzględnienia słusznego interesu skarżącego oraz przekroczenie granic tzw. uznania administracyjnego. Uzasadniając podniesione zarzuty, skarżący wskazał, że organ nie wyjaśnił okoliczności sprawy przedstawionych przez niego w pismach składanych w toku sprawy, które mogły mieć wpływ na ocenę jego przydatności do służby wojskowej. Ponadto organ I instancji nie zapewnił mu możliwości wypowiedzenia się co do zebranego materiału dowodowego. Podniesione w skardze zarzuty dotyczą więc dokonanej przez Sąd I instancji oceny dowodów zgromadzonych w tej sprawie lub nieuwzględnienia dowodów przedstawianych przez skarżącego, a w konsekwencji dokonanych w oparciu o zgromadzone dowody ustaleń faktycznych stanowiących podstawę zaskarżonego rozstrzygnięcia. Jak już wskazano powyżej skarga o stwierdzenie niezgodności z prawem prawomocnego orzeczenia ograniczona do zarzutów dotyczących ustalenia faktów lub oceny dowodów jest niedopuszczalna i podlega odrzuceniu.
W odniesieniu do wniosku Ministra Obrony Narodowej o odrzucenie tej skargi również z tego względu, że nie została ona opłacona, a niepodlegała zwolnieniu od kosztów sądowych na podstawie art. 239 pkt 1 lit. d p.p.s.a., wskazać należy, iż zgodnie z tym przepisem nie ma obowiązku uiszczenia kosztów sądowych strona skarżąca działanie, bezczynność organu lub przewlekłe prowadzenie postępowania w sprawie ze stosunku pracy lub stosunku służbowego. Postępowanie ze skargi o stwierdzenie niezgodności z prawem prawomocnego orzeczenia jest postępowaniem w szeroko rozumianej "sprawie" sądowoadministracyjnej. Jego istotą jest wykazanie, że zaskarżone orzeczenie sądu administracyjnego zostało wydane niezgodnie z prawem i w związku z tym strona poniosła szkodę, celem umożliwienia jej dochodzenia z tego tytułu roszczeń odszkodowawczych od Skarbu Państwa. Zatem przepis art. 239 pkt 1 lit. d p.p.s.a. wprowadzający zwolnienie od kosztów sądowych w sprawach ze stosunków służbowych ma zastosowanie również w postępowaniu ze skargi o stwierdzenie niezgodności z prawem prawomocnego orzeczenia sądu wydanego w tego rodzaju sprawie.
Mając na uwadze powyższe, Naczelny Sąd Administracyjny na postawie art. art. 285h § 1 p.p.s.a. w zw. z art. 285e § 1 pkt 2 i 5 p.p.s.a. orzekł jak w sentencji.