Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Tomasz Zborzyński, Sędzia NSA Anna Dumas (sprawozdawca), Sędzia NSA. Krzysztof Winiarski, po rozpoznaniu w dniu 20 września 2012 r. na posiedzeniu niejawnym w Izbie Finansowej skargi "A." spółki z o.o. z siedzibą w W. o stwierdzenie niezgodności z prawem prawomocnego wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 15 września 2009 r., sygn.akt II FSK 607/08 oddalającego skargę kasacyjną od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 7 grudnia 2007 r. sygn. akt III SA/Wa 1727/07 w sprawie ze skargi "A." spółki z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia 24 lipca 2007 r. nr [...] w przedmiocie pisemnej interpretacji co do zakresu i sposobu zastosowania prawa podatkowego w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych postanawia oddalić skargę o stwierdzenie niezgodności z prawem prawomocnego wyroku.
Wyrokiem z dnia 15 września 2009 r., sygn. akt II FSK 607/08 Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę kasacyjną "A." sp. z o.o. z siedzibą w W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 7 grudnia 2007 r., sygn. akt III SA/Wa 1727/07, w sprawie ze skargi "A." sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia 24 lipca 2007 r. w przedmiocie pisemnej interpretacji co do zakresu i sposobu zastosowania prawa podatkowego.
Od powyższego wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego, który stał się prawomocny z chwilą ogłoszenia, skarżąca Spółka pismem z dnia 10 kwietnia 2012 r. wniosła skargę o stwierdzenie niezgodności z prawem prawomocnego orzeczenia. Zaskarżając w całości przedmiotowy wyrok na podstawie art. 285d oraz art. 285e § 1 pkt 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2012 r. poz. 270, dalej P.p.s.a.) zarzuciła rażące naruszenie prawa materialnego, tj. art. 109 ust. 2 Rozporządzenia Rady Nr 1605/2002 z dnia 12 czerwca 2002 r. w sprawie rozporządzenia finansowego mającego zastosowanie do budżetu ogólnego Wspólnot Europejskich (Dz.UE L z dnia 16 września 2002 r., dalej jako rozporządzenie budżetowe) w związku z art. 279 i art. 249 ust. 2 traktatu Ustanawiającego Wspólnotę Europejską (dalej jako TWE) w związku z art. 34 Traktatu podpisanego w Atenach w dniu 16 kwietnia 2003 r. (Dz.U z 2004 r. Nr 90, poz. 864 ze zm., dalej jako Traktat Akcesyjny) - poprzez ich błędną wykładnię i niewłaściwe zastosowanie wyrażające się w bezpodstawnym przyjęciu, że "beneficjentami" w rozumieniu art. 109 ust. 2 rozporządzenia budżetowego ( w związku z art. 34 Traktatu Akcesyjnego) nie jest Rzeczpospolita Polska jako państwo członkowskie Wspólnot Europejskich, a zatem środki pochodząc z dotacji Wspólnot Europejskich, w tym fundusze pochodzące ze Środków Przejściowych 2004, mogą przynosić korzyść Rzeczpospolitej Polskiej w postaci podatku dochodowego od osób prawnych, pomimo iż w świetle powołanego przepisu rozporządzenia budżetowego nie budzi wątpliwości, że "beneficjentem" jest państwo członkowskie (lub organy i instytucje Wspólnot Europejskich), zaś środki pochodzące z dotacji dla państwa członkowskiego nie mogą być opodatkowane na jakimkolwiek etapie ich dystrybucji dla realizacji zadań, na które środki te zostały przeznaczone.
Spółka, wskazując na dotychczasowy przebieg postępowania wskazała, że w niniejszej sprawie wniosła o udzielenie pisemnej interpretacji w zakresie, czy uzyskiwane przez nią dochody otrzymywane z funduszu pomocy zewnętrznej Wspólnot Europejskich - Program Środki Przejściowe 2004 są objęte zwolnieniem podatkowym. W ocenie skarżącej objęte są zwolnieniem podatkowym na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 23 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2000 r. nr 54 poz. 654 ze zm., dalej u.p.d.o.p.) przychody uzyskane przez nią na podstawie Umowy z dnia 2 października 2006 r. zawartej z Rządem Polskim reprezentowanym przez Urząd komitetu Integracji Europejskiej, w imieniu którego wystąpiła Fundacja "Fundusz Współpracy" Jednostka Finansująco-Kontraktująca. Natomiast w uzasadnieniu orzeczenia Sąd wskazał, że regulacja zawarta w art. 17 ust. 1 pkt 23 u.p.d.o.p. ma na celu pełne wykorzystanie środków pochodzących z bezzwrotnej pomocy przyznanej Polsce, jako państwu członkowskiemu. W istocie pomoc ta służyć ma głównie administracji państwowej, realizującej cele z obszaru wymiaru sprawiedliwości i administracji publicznej wspierane przez Wspólnotę Europejską i wymienione w art. 34 Traktatu Akcesyjnego. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego wolne od podatku są dochody uzyskane przez podatników, o ile służą one na zaspokojenie celu wspieranego przez Wspólnotę Europejską. Wykonawca zadania finansowanego z bezzwrotnej pomocy, który nie jest jednocześnie beneficjentem tej pomocy, nie może zatem skorzystać ze zwolnienia z podatku dochodowego na mocy art. 17 ust. 1 pkt 23 u.p.d.o.p. bez względu na sposób dystrybucji tych środków oraz na fakt, iż ostatecznie trafiają one do niego. Jak wskazuje Naczelny Sąd Administracyjny, skoro skarżąca poprzez wykonanie zadania finansowanego z tych środków nie zaspokaja własnego celu uznanego przez Wspólnotę Europejską za priorytetowy, to nie może skorzystać ze zwolnienia. Ze zwolnienia podatkowego może skorzystać tylko odbiorca pomocy. Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził ponadto, że odmienna niż wyżej wskazana interpretacja art. 17 ust. 1 pkt. 23 u.p.d.o.p. na tle art. 109 ust. 2 rozporządzenia budżetowego w związku z art. 279 i art. 249 ust. 2 TWE w związku z art. 34 Traktatu Akcesyjnego doprowadziłaby do naruszenia konstytucyjnej zasady powszechności i równości opodatkowania.