Z dniem 30 maja 2001r. nastąpiła zmiana stanu prawnego: art. 1 pkt 66 ustawy z dnia 11 kwietnia 2001 r. o zmianie ustaw: o samorządzie gminnym, o samorządzie powiatowym, o samorządzie województwa, o administracji rządowej w województwie oraz o zmianie niektórych innych ustaw (Dz. U. 2001 r. Nr 45 poz. 497) wprowadził do ustawy o samorządzie gminnym przepis art. 102a, stanowiący, że w sprawach uregulowanych w rozdziale 10, zatytułowanym "Nadzór nad działalnością gminy", nie stosuje się przepisu art. 34 ust. 3 ustawy o NSA. Także do ustawy o samorządzie powiatowym art. 2 pkt 40 tej ustawy wprowadził art. 90a w brzmieniu, iż w sprawach, o których mowa w niniejszym rozdziale (rozdział 8 - Nadzór nad działalnością powiatu), nie stosuje się przepisu art. 34 ust. 3 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym.
Wskazana zmiana stanu prawnego spowodowała, że w orzecznictwie ponownie podjęte zostało zagadnienie istnienia terminu do wniesienia skargi przez organu nadzoru, a wynikającego z art.35 ust.1 ustawy o NSA. I tak w postanowieniu z dnia 27 września 2002 r. sygn. III SA 1361/02 (OSP 2003/4 poz. 49) Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że:
1. trzydziestodniowy termin z art. 35 ust. 1 ustawy z dnia 11 maja 1995r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym (Dz. U. 1995 r. Nr 74 poz. 368 ze zm.) w przypadku skargi z art. 93 ust. 1 zdanie drugie ustawy z dnia 8 marca 1990r. o samorządzie gminnym ( Dz. U. 1996 r. Nr 13 poz. 74 ze zm.) rozpoczyna bieg po upływie ostatniego dnia terminu do stwierdzenia nieważności uchwały przez organ nadzoru.
2. uchwała składu siedmiu sędziów NSA z dnia 8 listopada 1999 r. OPS 5/99 (OSP 2000/4 poz. 58), zgodnie z którą warunkiem dopuszczalności skargi z art. 93 ust. 1 ustawy o samorządzie gminnym było uprzednie wezwanie z art. 34 ust. 3 ustawy o Naczelnym Sądzie Administracyjnym, co z kolei uzasadniało liczenie 30-dniowego terminu do wniesienia skargi w sposób wskazany w zdaniu drugim wymienionego przepisu, straciła aktualność z dniem 30 maja 2001 r.
Zdaniem składu orzekającego sformułowane tezy (mimo krytycznego stanowiska Z. Kmieciaka - OSP 2003/4 str. 216 oraz Z. Niewiadomskiego - OSP 2003/4 str. 218) zasługują na aprobatę. Podzielając argumentację przytoczoną w uzasadnieniu postanowienia NSA z 27.09.2002r. można ją wesprzeć dodatkowym stwierdzeniem, że pozostawienie organowi nadzoru "otwartego terminu" do zaskarżenia uchwały organu gminy oznacza wprowadzenie uprzywilejowania, jakiego nie ma żaden podmiot uprawniony do wnoszenia skargi: termin obowiązuje nawet prokuratora i Rzecznika Praw Obywatelskich, gdzie w przypadku prokuratora art. 5 ustawy z dnia 20.06.1985r. o Prokuraturze (Dz. U. nr 21 z 2002r., poz.206 ze zm.) wprost stanowi, że jeżeli uchwała organu samorządu terytorialnego albo rozporządzenie wojewody są niezgodne z prawem, prokurator zwraca się do organu, który je wydał, o ich zmianę lub uchylenie albo kieruje wniosek o ich uchylenia do właściwego organu nadzoru; w wypadku uchwały organu samorządu terytorialnego prokurator może także wystąpić o stwierdzenie jej nieważności do sądu administracyjnego (w terminie określonym art.35 ust.2 ustawy o NSA). Zatem wprowadzenie uprzywilejowania dla organu nadzoru, który nawet po kilku latach miałby możliwość wniesienia skargi, podważałoby zaufanie obywateli do systemu prawnego, którego elementem są również uchwały organów gminy. Stwierdzenia tego nie zmienia możliwość wniesienia skargi w trybie art.101 ustawy o samorządzie gminnym, bowiem w przypadku skargi przewidzianej tym przepisem ustawodawca - poprzez wprowadzenie obligatoryjnego wezwania do usunięcia naruszenia, a tym samym umożliwienie weryfikacji aktu przez organ gminy we własnym zakresie - obwarował dopuszczalność wniesienia skargi 30-dniowym terminem.