1. Ustalenie podstawy opodatkowania za rok podatkowy z pominięciem przysługującego podatnikowi zwolnienia od podatku otrzymanych dotacji stanowi rażące pogwałcenie przepisów konstytucyjnych /art. 84 w zw. z art. 217/, które stanowią o obowiązku ponoszenia ciężarów podatkowych, ale tylko w zakresie wynikającym z ustaw.
2. Skoro nie budzi wątpliwości istota dopłat jako dotacji z budżetu państwa oraz to, że dopłaty te otrzymywały banki, co oznacza, że były one ich przychodem, przepis zwalniający te dotacje w 1999 r. od podatku nie powinien wywoływać wątpliwości interpretacyjnych i zasadniczych rozbieżności w jego rozumieniu. Fakt, że one w praktyce wystąpiły nie może prowadzić do wniosku, że rozbieżności w orzecznictwie i zmienności zapatrywań Ministerstwa Finansów wykluczają uznanie nieuprawnionej interpretacji przepisu art. 17 ust. 1 pkt 14 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych, w brzmieniu obowiązującym w 1999 r. /t.j. Dz.U. 1993 nr 106 poz. 482 ze zm./ za rażąco naruszającą prawo.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 8 lutego 2005 r. na rozprawie w II Wydziale Izby Finansowej skargi kasacyjnej Banku Spółdzielczego w S. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 11 lutego 2004 r. III SA 1621/02 w sprawie ze skargi Banku Spółdzielczego w S. na decyzję Ministra Finansów z dnia 11 maja 2002 r. (...) w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji o podatku dochodowym od osób prawnych za 1999 rok - uchyla zaskarżony wyrok i przekazuje sprawę WSA w Warszawie do ponownego rozpoznania,
Zaskarżonym wyrokiem z dnia 11 lutego 2004 r. III SA 1621/02 Wojewódzki Sąd Administracyjny oddalił skargę Banku Spółdzielczego w S. na decyzję Ministra Finansów z dnia 11 maja 2002 r., którą po rozpatrzeniu odwołania od decyzji tego organu z dnia 7 marca 2002 r. odmawiającej stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej Izby Skarbowej w W. z dnia 26 lutego 2001 r. utrzymano w mocy zaskarżoną decyzję. Decyzja Izby Skarbowej utrzymała w mocy decyzję Urzędu Skarbowego w S. z dnia 15 listopada 2000 r. określającą zobowiązanie w podatku dochodowego od osób prawnych za 1999 r w wysokości 353.916 zł. Bank wykazał w zeznaniu rocznym podatek należny w wysokości 116.030 zł.
W odwołaniu od decyzji organu podatkowego I instancji Bank powołał się na przysługujące mu na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 14 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych, w brzmieniu obowiązującym w 1999 r. /t.j. Dz.U. 1993 nr 106 poz. 482, brzmienie powołanego przepisu - w 1999 r. - Dz.U. 1998 nr 144 poz. 931/, zwolnienie od podatku dotacji z budżetu państwa, stanowiących dopłaty do oprocentowania kredytów dla rolników.
Zwrócił przy tym uwagę na oczywistość i jednoznaczność tego przepisu w 1999 r. oraz zmianę jego brzmienia, poczynając od 1 stycznia 2000 r., kiedy to dopłaty do oprocentowania kredytów bankowych zostały wyłączone ze zwolnienia /Dz.U. 1999 nr 95 poz. 1101/.
Izba Skarbowa w W. w decyzji odwoławczej z dnia 26 lutego 2001 r. uznała, że w 1999 r., mimo braku w powoływanym przepisie wyłączenia od zwolnienia od podatku dochodowego dopłat do kredytów bankowych, stanowiły one w bankach przychody, z których dochód nie podlegał zwolnieniu od podatku dochodowego. Adresatami pomocy państwa nie są bowiem banki, lecz kredytobiorcy. Banki otrzymują dotacje na pokrycie należności z tytułu odsetek od kredytów, które zamiast kredytobiorców spłaca budżet państwa.
Występując w dniu 23 stycznia 2002 r. z wnioskiem o stwierdzenie - na podstawie art. 247 par. 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej - nieważności ww. decyzji ostatecznej Izby Skarbowej Bank Spółdzielczy powołał się na pismo Ministra Finansów z dnia 14 listopada 2001 r., adresowane do wszystkich izb skarbowych i urzędów kontroli skarbowej, w którym wyjaśniono, że w świetle art. 17 ust. 1 pkt 14 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych w brzmieniu obowiązującym w 1999 r. dopłaty do oprocentowania preferencyjnych kredytów bankowych.
W uzasadnieniu decyzji odmawiającej stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej Minister Finansów wskazał na treść art. 247 par. 1 Ordynacji podatkowej i przywołał treść wyroku SN z dnia 20 czerwca 1995 r. III ARN 22/95 stwierdzając, że nie każde naruszenie prawa daje możliwość do uchylenia decyzji ostatecznej. Możliwość taką stwarza dopiero "rażące" naruszenie prawa.
Naruszenie prawa o rażącym charakterze występuje przede wszystkim wówczas, gdy treść rozstrzygnięcia pozostaje w wyraźnej i oczywistej sprzeczności z treścią przepisów prawa i gdy charakter tego naruszenia powoduje, iż rozstrzygnięcie nie może być zaakceptowane, "jako akt wydany przez organ praworządnego państwa". Zdaniem Ministra Finansów kwalifikacji tak rozumianego "rażącego" naruszenia przepisów prawa podatkowego nie można przypisać działaniom Izby Skarbowej w W. przy wydawaniu decyzji ostatecznej z dnia 26 lutego 2001 r., polegający na niewyłączeniu w roku 1999 r. z opodatkowania podatkiem dochodowym dopłat do kredytów bankowych.