Organy podatkowe mogły i mogą naliczać odsetki od nieterminowo płaconych zaliczek miesięcznych na podatek dochodowy także po zakończeniu roku podatkowego.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Izby Skarbowej w L. od wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego - Ośrodek Zamiejscowy w Lublinie z dnia 6 czerwca 2003 r. I SA/Lu 86/03 w sprawie ze skargi Moniki T.-K. i Dariusza K. na decyzję Izby Skarbowej w L. z dnia 15 stycznia 2003 r. (...) w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych za 1999 r. - oddala skargę kasacyjną.
Decyzją z 28.09.2001 r. (...), wydaną na podstawie art. 207, art. 21 par. 3, art. 51 par. 1, art. 53 par. 1 i 4, art. 55 par. 2 Ordynacji podatkowej, art. 24 ust. 2 pkt 1 ustawy o kontroli skarbowej i art. 45 ust. 6 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, Inspektor Kontroli Skarbowej z Urzędu Kontroli Skarbowej w L. określił Dariuszowi K. i Monice T.-K. zobowiązanie w podatku dochodowym od osób fizycznych za 1999 r. w kwocie (...) w tym zaległość podatkową w tym podatku za wymieniony rok i odsetki od zaległości, obliczone do dnia wydania decyzji w kwocie (...).
W uzasadnieniu decyzji zamieszczone zostało stwierdzenie, iż w związku z tym, że "na podstawie art. 44 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych Dariusz K. był zobowiązany do obliczania i odprowadzania w trakcie roku zaliczek na podatek dochodowy od osób fizycznych, dokonano obliczenia wysokości należnych zaliczek, które stanowiły podstawę do obliczenia odsetek za zwłokę. Obliczenie odsetek za zwłokę zgodnie z zasadą określoną w art. 55 ust. 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (...) zawiera załącznik nr 1 do (...) decyzji."
Decyzją z 15.01.2003 r. (...), podjętą na podstawie art. 233 par. 1 pkt 2 lit. "a" Ordynacji podatkowej, Izba Skarbowa w L. uchyliła opisaną decyzję Inspektora Kontroli Skarbowej i określiła Monice T.-K. i Dariuszowi K. zobowiązanie w podatku dochodowym od osób fizycznych za 1999 r. na (...), zaległość w tym podatku i odsetki za zwłokę od nieterminowo uiszczanych zaliczek, liczonych na dzień wydania decyzji organu I instancji (...).
W skardze na opisaną decyzję Izby Skarbowej w L., skierowanej do Naczelnego Sądu Administracyjnego Ośrodka Zamiejscowego w Lublinie Monika T.-K. i Dariusz K. wnieśli o jej uchylenie jako wydanej z naruszeniem prawa materialnego i prawa procesowego, które miało istotny wpływ na wynik sprawy, a w szczególności art. 22 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych w związku z /art.?/ 11 ust. 4 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 14 grudnia 1995 r. w sprawie prowadzenia podatkowej księgi przychodów i rozchodów, poprzez błędną ich interpretację polegającą na przyjęciu, że wystawienie wadliwego dowodu księgowego niweczy możliwość uznania wydatku za koszt uzyskania przychodów, art. 22 ust. 1 w zw. z art. 23 ust. 1 pkt 46 tej ustawy, poprzez przyjęcie, że warunkiem odliczenia wydatków na utrzymanie samochodów jest prowadzenie przez podatnika ewidencji przebiegu pojazdów, art. 120, art. 121 par. 1, art. 122, art. 139 par. 1, art. 180 par. 1, art. 187 par. 1, art. 188, art. 234 Ordynacji podatkowej.
Skarżący wskazali, m.in., że organ odwoławczy nie mógł wydać decyzji na niekorzyść strony, chyba że zaskarżona decyzja rażąco naruszałaby prawo lub interes publiczny. Tymczasem Inspektor Kontroli Skarbowej określił odsetki za zwłokę od zaległości podatkowej na 48.521,50 zł zaś Izba Skarbowa, po rozpoznaniu odwołania określiła - na 68.101,50 zł - odsetki od nieterminowo uiszczanych zaliczek, a więc orzekła w materii nie objętej w ogóle merytorycznym rozstrzygnięciem organu I instancji.