Niezastosowanie się przez organ odwoławczy lub organ prowadzący postępowanie dotyczące stwierdzenia nieważności decyzji do dyspozycji art. 200 par. 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ jest istotnym uchybieniem proceduralnym i pociąga za sobą konieczność uchylenia przez sąd administracyjny decyzji wydanej w wyniku postępowania obarczonego tą wadą.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 4 sierpnia 2004 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Ministra Finansów od wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 26 czerwca 2002 r., III SA 2923/00 w sprawie ze skargi Spółki z o.o. "W." w G. na decyzję Ministra Finansów z dnia 27 czerwca 2000 r. (...) w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych - oddala skargę kasacyjną.
Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej decyzją z dnia 15 lutego 2000 r. odmówił stwierdzenia nieważności decyzji inspektora kontroli skarbowej z Urzędu Kontroli Skarbowej w G. z dnia 12 grudnia 1999 r. określającej Spółce z ograniczona odpowiedzialnością "W." w G. zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 1994 rok.
Spółka "W." w G. w odwołaniu od tej decyzji wniosła o jej uchylenie i zarzuciła naruszenie przepisów postępowania podatkowego, a mianowicie art. 123 par. 1, art. 200 par. 1, art. 187 par. 1, art. 186 par. 2, 6 i 8 oraz art. 130 par. 5 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./. Minister Finansów po rozpatrzeniu odwołania decyzją z dnia 27 czerwca 2000 r. (...) utrzymał w mocy zaskarżona decyzję. Organ odwoławczy w uzasadnieniu decyzji wskazał, że zgromadzony w sprawie materiał dowodowy pozwala na ustalenie, iż decyzja inspektora kontroli skarbowej z dnia 2 grudnia 1999 r. oraz decyzja Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 15 lutego 2000 r. nie są dotknięte żadna z wad wymienionych w art. 247 par. 1 Ordynacji podatkowej. Za pozbawione dostatecznych podstaw uznano zwłaszcza zarzut naruszenia art. 123 par. 1 Ordynacji podatkowej przez nie wypełnienie przez organ pierwszej instancji obowiązku wyznaczenia trzydniowego terminu do wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego. W decyzji wyrażono pogląd, iż art. 200 par. 1 Ordynacji podatkowej nie miał w sprawie zastosowania, gdyż postępowanie w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji nie wymaga ustalenia nowego stanu faktycznego, gdyż prowadzący je organ podatkowy dokonuje oceny decyzji ostatecznej już istniejącej w obrocie prawnym.
Minister Finansów nie stwierdził, aby inspektor kontroli skarbowej naruszył zasadę czynnego udziały strony w postępowaniu lub nie zapoznał jej z zebranym materiałem dowodowym. W decyzji podkreślono, że strona wielokrotnie odmówiła czynnego uczestnictwa w postępowaniu. Nie stwierdzono także, aby Generalny Inspektor kontroli Skarbowej uchybił obowiązkowi zebrania wyczerpującego materiału dowodowego oraz wnikliwego rozważenia tego materiału. Organ odwoławczy podniósł, że strona w ogóle nie wskazuje, na czym miało polegać naruszenie art. 187 par. 1 Ordynacji podatkowej. Za niesłuszne uznano także zarzuty naruszenia art. 193 par. 6 i art. 186 par. 2 Ordynacji podatkowej. W decyzji podkreślono między innymi, że strona odmówiła udostępnienia posiadanych dokumentów.
Spółka "W." w G. w skardze do Naczelnego Sądu Administracyjnego wniosła o uchylenie decyzji ministra Finansów oraz poprzedzającej ją decyzji Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej i zarzuciła naruszenie:
- art. 123 par. 1 Ordynacji podatkowej przez nie zapewnienie stronie czynnego udziału w postępowaniu,
- art. 200 par. 1 Ordynacji podatkowej w ten sposób, iż przed wydaniem nie wyznaczono stronie trzydniowego terminu do wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego,
- art. 187 par. 1 w związku z art. 122 Ordynacji podatkowej polegające na nie zebraniu pełnego materiału dowodowego, a więc na nie podjęciu wszelkich niezbędnych działań zmierzających do wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy.