Jeżeli postępowanie podatkowe nie zostało przeprowadzone na tyle dokładnie, aby wyjaśnić wszystkie okoliczności sprawy, to decyzja organów skarbowych powinna być przez sąd uchylona. Nie można uznać tego za okoliczność mało istotną i poprzestać jedynie na odniesieniu się do meritum sporu.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu na rozprawie skargi kasacyjnej Kopalni Węgla Brunatnego "T." S.A. w B. od wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego Ośrodka Zamiejscowego we Wrocławiu z dnia 4 lipca 2003 r. I SA/Wr 1630/02 w sprawie ze skargi Kopalni Węgla Brunatnego "T." S.A. w B. na decyzję Izby Skarbowej we W. Ośrodka Zamiejscowego w J.-G. z dnia 11 kwietnia 2002 r. (...) w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za okres od 1 stycznia do 30 kwietnia 2000 r. - uchyla zaskarżony wyrok i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania WSA we Wrocławiu; (...).
Wyrokiem z dnia 4 lipca 2003 r. I SA/Wr 1630/02, doręczonym stronie skarżącej 22.09.2003 r., Naczelny Sąd Administracyjny we Wrocławiu oddalił skargę Kopalni Węgla Brunatnego "T." S.A. w B. na decyzję Izby Skarbowej we W. Ośrodka Zamiejscowego w J.-G. z 11 kwietnia 2002 r. (...) określającą Kopalni wysokość podatku dochodowego od osób prawnych za okres od 1 stycznia do 30 kwietnia 2000 r.
Z uzasadnienia wynikało, że w postępowaniu odwoławczym i w skardze Kopalnia -podatniczka - kwestionowała, jako niezgodne z prawem wyłączenie z zadeklarowanych przez nią kosztów uzyskania przychodów wydatków na:
- stypendia fundowane na rzecz studentów różnych szkół wyższych nie będących pracownikami kopalni,
- utrzymanie kopalnianej orkiestry dętej,
- darowizny na rzecz Stowarzyszenia Kultury Fizycznej K.S. "T.".
Ponadto zakresem skargi strona objęła kwestię kosztów robót przeprowadzonych w środkach trwałych. Wyraziła wątpliwość co do prawidłowości oceny charakteru wykonanych prac przeprowadzonych w obiektach budowlanych; zdaniem skarżącej organy podatkowe winny szczegółowo ustalić jakie prace zostały wykonane: remontowe czy adaptacyjne. Od tego bowiem zależał sposób zaliczenia poniesionych wydatków do kosztów uzyskania przychodów. Analogicznie przedstawiała się kwestia wydatków na transport i maszyny służące do produkcji; nie sposób było stwierdzić czy zakres ich ulepszenia nie był zbyt mały by środek zyskał istotne parametry lepsze niż miał przed ulepszeniem.
Kopalnia zarzuciła także organowi odwoławczemu naruszenie zasady dwuinstancyjności postępowania, przez zaniechanie obowiązku ponownego rozpoznania sprawy w jej całokształcie.
Oceniając zgodność zaskarżonej decyzji z prawem Sąd podzielił wyrażony w skardze pogląd, że zadanie organu podatkowego polega na ponownym, merytorycznym rozpatrzeniu sprawy. Jednak w odniesieniu do Kopalni nie dopatrzył się naruszenia tego obowiązku. Izba Skarbowa określiła decyzję organu I instancji jako zasadną merytorycznie i prawnie również w tej części, której skarżąca w odwołaniu nie kwestionowała.
Takie stwierdzenie organu odwoławczego stanowiło w istocie ocenę poprawności rozstrzygnięcia organu I instancji i jakkolwiek była to ocena minimalna, z pewnością nieodpowiadająca zasadzie ponownego, całościowego rozpoznania sprawy, to jednak wobec merytorycznej zasadności obu decyzji wydanych w sprawie, uchybienie to należało uznać za wadę nieistotną, niedającą podstawy do uchylenia zaskarżonej decyzji w trybie art. 22 ust. 2 pkt 3 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym /Dz.U. nr 74 poz. 368/.
Sąd nie dopatrzył się również innych naruszeń prawa zarzucanych w skardze, piśmie procesowym i na rozprawie.
Przepis art. 16 ust. 1 pkt 1 lit. "c" ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych nie pozwalał na uznanie za koszt uzyskania przychodów wydatków poniesionych na ulepszenie środków trwałych, które zgodnie z art. 16 lit. "g" ust. 13 powiększają wartość środków trwałych, stanowiącą podstawę naliczenia odpisów amortyzacyjnych. W ocenie Sądu materiał dowodowy sprawy dawał podstawę do przyjęcia, że strona skarżąca przeprowadziła w obiektach budowlanych roboty skutkujące ich ulepszeniem w rozumieniu wskazanego przepisu. Wbrew zarzutom skargi w aktach znajdowały się dowody, w postaci załączników do protokołu z badania dokumentów i ewidencji, przeprowadzonej w Kopalni, z których niespornie wynikał zakres i charakter przeprowadzonych robót, jako działań w charakterze przebudowy lub rozbudowy, adaptacji lub modernizacji.