Jeżeli pożyczki udziela spółce jej udziałowiec bądź akcjonariusz, to trzeba zapłacić od niej podatek od czynności cywilnoprawnych. Nie ma znaczenia czy strony umowy są podatnikami podatku VAT, czy nie.
Naczelny Sąd Administracyjny w Warszawie po rozpoznaniu w dniu 7 czerwca 2004 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej "N." S.A. w W. od wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 5 grudnia 2003 r. III SA 474/02 w sprawie ze skargi "N-T" S.A. w W. na decyzję Izby Skarbowej w W. z dnia 30 stycznia 2002 r. (...) w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych oddala skargę kasacyjną.
W dniach 27 kwietnia 2001 r. i 14 maja 2001 r. pomiędzy "N.-T." S.A. /pożyczkobiorca/, a akcjonariuszem tej spółki "N.-H." S.A. /pożyczkodawca/ zostały zawarte umowy pożyczki a następnie złożone deklaracje PCC-1 dotyczące tych transakcji i uiszczony został należny podatek od czynności cywilnoprawnych w kwotach: 28.998,40 zł i 13.960,80 zł.
W dniu 5 lipca 2001 r. "N.-T." S.A. złożyła wnioski o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych.
Decyzją z dnia 5 października 2001 r. Urząd Skarbowy W.-U. odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych, a po rozpatrzeniu odwołania podatnika Izba Skarbowa w W. decyzją z dnia 30 stycznia 2002 r. utrzymała w mocy decyzję organu pierwszej instancji. W motywach decyzji podano, że w sprawie poza sporem było to, iż pożyczki zostały udzielone przez akcjonariusza spółki "N.-T." S.A. Firma "N.-H." S.A. udziela pożyczek wyłącznie wspólnikom i akcjonariuszom, co wynika z zapisu w Rejestrze Handlowym. Fakt ten w sposób wyraźny wskazuje zatem, że wzajemne relacje tych Spółek wynikają z umowy spółki. Zdaniem Izby Skarbowej w W. przepis art. 2 pkt 4 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych /Dz.U. nr 86 poz. 959/ stanowiący, że nie podlegają podatkowi od czynności cywilnoprawnych czynności cywilnoprawne, jeżeli przynajmniej jedna ze stron z tytułu dokonania tej czynności na podstawie odrębnych przepisów jest opodatkowania podatkiem od towarów i usług lub jest zwolniona od tego podatku dotyczy jedynie pożyczek w rozumieniu art. 720 Kc udzielanych na zasadach ogólnych.
Natomiast do pożyczek udzielonych wspólnikowi maja zastosowanie przepisy art. 1 ust. 3 pkt 4, art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. "d" oraz art. 7 ust. 2 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, w świetle których tego rodzaju czynności jako zmiany umowy spółki nie podlegają podatkowi od towarów i usług. W odniesieniu do takich czynności nie może więc znaleźć zastosowania wyłączenie od podatku wynikające z art. 2 pkt 4 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych.
Wyrokiem z dnia 5 grudnia 2003 r. III SA 474/02 Naczelny Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę "N.-T." S.A. na decyzję Izby Skarbowej w W. z dnia 30 stycznia 2002r. w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych.
W uzasadnieniu wyroku podano, że dla prawidłowej wykładni przepisów ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych ma znaczenie przede wszystkim prawidłowa wykładnia art. 1 tej ustawy, określającego jej zakres przedmiotowy i terytorialny. Stosownie zaś do art. 1 ust. 1 pkt 1 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych podatkowi temu podlegają m.in. umowy pożyczki i umowy spółki. Z kolei w myśl art. 1 ust. 1 pkt 2 ustawy podatkowi podlegają także zmiany wymienionych umów, jeżeli powodują one podwyższenie podstawy opodatkowania. W przepisie art. 1 ust. 3 pkt 4 ustawy przewidziano, że w przypadku umowy spółki za zmianę umowy uważa się m.in. pożyczki udzielone spółce przez wspólników /akcjonariuszy/. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego oznacza to, że ustawodawca traktuje pożyczki udzielone spółce przez wspólników /akcjonariuszy/ na rzecz spółki w sposób szczególny do pozostałych pożyczek uważając je za zmianę umowy spółki. Potwierdza to przepis art. 6 ust. 1 gdzie odrębnie potraktowano, określając podstawę opodatkowania, pożyczki wspólników /akcjonariuszy/ na rzecz spółki /pkt 8 lit. "d"/ od pozostałych pożyczek /pkt 7/. Również w art. 7 ust. 1 pkt 4 i 9 i art. 7 ust. 2 ustawy dokonano rozróżnienia stawek podatku w zależności od tego czy przedmiotem opodatkowania jest "zwykła" pożyczka, czy też pożyczka wspólników /akcjonariuszy/. W konsekwencji Naczelny Sąd Administracyjny zgodził się z orzekającymi organami podatkowymi, że w art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. "k" w związku z art. 1 ust. 3 pkt 4 ustawy ustawodawca potraktował umowy pożyczki udzielane przez wspólników /akcjonariuszy/ na rzecz spółki odrębnie od innych pożyczek, traktując tego rodzaju pożyczki na potrzeby ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, zwane jako umowy spółki. Przyjęte przez ustawodawcę w art. 1 ustawy zakresy poszczególnych pojęć używanych w ustawie i stosowaną nomenklaturę należy także stosować przy wykładni pozostałych przepisów ustawy.