W odpowiedzi na skargę kasacyjną z dnia 15 lipca 2004 r. pełnomocnik Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej we W. wniósł o jej oddalenie oraz o zasądzenie na rzecz organu kosztów zastępstwa procesowego, według norm przepisanych. Organ zauważył, że o dopuszczalności uruchomienia kontroli sądowoadministracyjnej nad wynikiem kontroli decyduje treść jego zapisów, a mianowicie czy dotyczy on uprawnień lub obowiązków wynikających z przepisów prawa, natomiast w przedmiotowej sprawie, jak słusznie zauważył Sąd I instancji, wnioski i wskazania wyniku kontroli ograniczają się wyłącznie do wymogu przestrzegania ustawy o finansach publicznych i ustawy o zamówieniach publicznych w przyszłości. Powyższe zalecenie nie może być utożsamiane z koniecznością rozwiązania dotychczasowej umowy z generalnym wykonawcą, lecz jedynie potraktowane jako wskazówka, aby w przyszłości udzielanie zamówień następowało w trybie i na zasadach określonych obecnie w Prawie zamówień publicznych. W konsekwencji wynik kontroli w niniejszej sprawie nie jest aktem lub czynnością z zakresu administracji publicznej, o którym mowa w art. 3 par. 2 pkt 4 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi.
Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
Skarga kasacyjna nie ma usprawiedliwionych podstaw i podlega oddaleniu. Zgodnie z art. 3 par. 2 pkt 4 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi /Dz.U. nr 153 poz. 1270/ kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje orzekanie w sprawach skarg na inne, aniżeli decyzje administracyjne, postanowienia wydane w postępowaniu administracyjnym, egzekucyjnym i zabezpieczającym, akty lub czynności z zakresu administracji publicznej dotyczące uprawnień bądź obowiązków wynikających z przepisów prawa. Mając na uwadze brzmienie tego przepisu Sąd I instancji w sposób właściwy ocenił charakter prawny przedmiotowego wyniku kontroli Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej we W. z dnia 28 listopada 2003 r. Wynik kontroli może podlegać kognicji sądów administracyjnych, gdy jego treść, mając na uwadze badany stan faktyczny, niesie za sobą określone obowiązki nakładane na skarżącą. Nałożenie tych obowiązków wynikać musi z władczego działania Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej. Ocena treści wyniku kontroli dokonana przez Sąd I instancji wskazuje, iż nie jest on skierowany na wywołanie konkretnych skutków prawnych wobec indywidualnie oznaczonego podmiotu. Ustalenia kontroli wskazują bowiem na nieprawidłowości występujących, zdaniem podmiotu kontrolującego, w zakresie gospodarowania środkami publicznymi przeznaczonymi na realizację inwestycji wieloletnich w latach 2000-2002. Materiał ten, podobnie jak wnioski dotyczące usunięcia nieprawidłowości, może być wykorzystany w innych postępowaniach prowadzonych przez organy administracji publicznej. Organ kontrolny wskazuje zresztą, iż o stwierdzonych nieprawidłowościach poinformuje właściwego dysponenta części budżetowych celem podjęcia przez niego stosownych działań, które pozwolą zabezpieczyć w przyszłości przestrzeganie przepisów ustawy z dnia 26 listopada 1998 r. o finansach publicznych oraz ustawy z dnia 10 czerwca 1994 r. o zamówieniach publicznych. Naczelny Sąd Administracyjny stwierdza przy tym, iż zakresem kognicji sądów administracyjnych, wbrew zarzutom wnoszącego skargę kasacyjną, nie może być ocena prawna umowy cywilnoprawnej z dnia 30 września 1994 r. o wykonanie I etapu budowy "AM" zawartej przez stronę skarżącą z jej kontrahentem "W." S.A. Przedsiębiorstwo Budownictwa Przemysłowego Nr 2. Akty i czynności, o których mowa jest w art. 3 par. 2 pkt 4 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, podlegające kognicji sądów administracyjnych muszą mieć bowiem charakter publicznoprawny. Tylko w tym zakresie bowiem działalność administracji poddana została sądowej kontroli. Natomiast ocena prawna jakiejkolwiek umowy, w tym jej zakresu przedmiotowego, czynnością taką nie jest. Nie można się również zgodzić z twierdzeniem autora skargi, iż przedmiotowy wynik kontroli Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej we W. stanowi akt administracyjny oddziaływujący na umowę cywilnoprawną, który pośrednio lub bezpośrednio oddziałuje na prawa i obowiązki strony skarżącej. Stanowisko takie nie znajduje bowiem potwierdzenia w treści wskazanego wyniku kontroli.
Z tych przyczyn Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 184 par. 1 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, orzekł jak w sentencji. Natomiast o zwrocie kosztów postępowania kasacyjnego orzeczono zgodnie z treścią art. 204 pkt 1 tej ustawy.