Wcześniejsze uiszczenie podatku, a więc przed wydaniem decyzji nieostatecznej urzędu skarbowego z uwagi na treść art. 224 par. 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ i następnie uchylonej, nie stanowi przeszkody do złożenia odwołania, ani tym bardziej do rozpatrzenia odwołania. Na przeszkodzie temu nie stoi w świetle tego przepisu zapłata podatku wynikająca z nieostatecznej decyzji określającej zobowiązanie podatkowe. Do chwili wydania ostatecznej decyzji podatkowej określającej zobowiązanie podatkowe, podatkiem należnym jest podatek zadeklarowany w zeznaniu rocznym zgodnie z treścią art. 45 ust. 6 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych /t.j. Dz.U. 1993 nr 90 poz. 416 ze zm./.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Izby Skarbowej w Rz. od wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego Ośrodka Zamiejscowego w Rzeszowie z dnia 3 października 2003 r., SA/Rz 963/01 w sprawie ze skargi Renaty i Marka K. na decyzję Izby Skarbowej w Rz. z dnia 22 marca 2001 r. (...) w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych za 1994 r. - oddala skargę kasacyjną, (...).
Zaskarżonych wyrokiem z dnia 3 października 2003 r. SA/Rz 963/01 Naczelny Sąd Administracyjny Ośrodek Zamiejscowy w Rzeszowie uchylił decyzję Izby Skarbowej w Rz. z dnia 22.03.2001 r. w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych za 1994 r. Izba Skarbowa powyższą decyzją uchyliła w całości decyzję Urzędu Skarbowego w Rz. z dnia 29.12.2000 r. i określiła wysokość zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób fizycznych, zaległość podatkową w tym podatku oraz odsetki za zwłokę w innej wysokości. Podatkowy organ odwoławczy stwierdził bowiem, iż zobowiązanie podatkowe określone decyzją Urzędu Skarbowego z dnia 29.12.2000 r. wygasło w dniu 31.12.2000 r. na skutek upływu terminu przedawnienia i z tego względu nie było możliwe orzekanie co do ustaleń zawartych w decyzji zmieniającej decyzję tego urzędu z dnia 16.08.2000 r. natomiast koniecznym było, zdaniem organu odwoławczego, zweryfikowanie ustaleń zawartych w decyzji urzędu skarbowego w Rz. z dnia 16.08.2000 r. wprowadzonej do obrotu prawnego przed upływem okresu przedawnienia. Podjęciu rozstrzygnięcia przez Izbę Skarbową w Rz. decyzją z dnia 22.03.2000 r. nie stał na przeszkodzie upływ terminu przedawnienia, ponieważ w wyniku uchylenia decyzji Urzędu Skarbowego z dnia 29.12.2000 r. zobowiązanie podatkowe określono w niższej wysokości.
Naczelny Sąd Administracyjny Ośrodek Zamiejscowy w Rzeszowie w zaskarżonym wyroku stwierdził, iż istota sporu w rozpoznawanej sprawie sprowadza się do odpowiedzi na pytanie, czy zobowiązanie podatkowe skarżących w podatku dochodowym od osób fizycznych za 1994 r. wygasło na skutek przedawnienia, wobec czego nie można było o nim orzekać w decyzji z dnia 22.03.2001 r. W ocenie Sądu zaskarżona decyzja wydana została z naruszeniem prawa materialnego tj. art. 70 par. 1 Ordynacji podatkowej w związku z art. 45 ust. 6 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych. Wydanie decyzji przez Izbę Skarbową w dniu 22.03.2001 r. dotyczyło zobowiązania podatkowego, które w dacie orzekania już nie istniało, bowiem wygasło na mocy art. 59 par. 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej, a więc wskutek przedawnienia. Dla upływu terminu przedawnienia bez znaczenia, zdaniem Sądu, są czynności organów podatkowych, jak wszczęcie postępowania podatkowego, czy wydanie decyzji określającej zobowiązanie podatkowe, ponieważ upływ terminu przedawnienia stanowi materialnoprawną przesłankę powodującą wygaśnięcie zobowiązania podatkowego. Oceny tej nie zmienia fakt zapłaty przez skarżących, przed upływem okresu przedawnienia, podatku w wysokości określonej w decyzji urzędu skarbowego z dnia 16.08.2000 r. Po wygaśnięciu zobowiązania podatkowego niezależnie od tego, czy nastąpiło to w sposób efektywny czy nie efektywny nie istnieją, zdaniem sądu I instancji, żadne więzi prawne między podatnikiem, a wierzycielem zobowiązania podatkowego. Wobec tego od daty wygaśnięcia zobowiązania podatkowego organ podatkowy nie może skutecznie żądać od podatnika wykonania zobowiązania podatkowego.