Ustawa z dnia 9 stycznia 1997 r. Kodeks celny /t.j. Dz.U. 2001 nr 75 poz. 802 ze zm./ przewiduje mechanizm korygowania wartości celnej podanej w zgłoszeniu celnym do wartości celnej mierzonej faktyczną, całkowitą ceną zapłaconą lub należną za towar. Organ celny po zwolnieniu towarów może z urzędu lub na wniosek zgłaszającego dokonać kontroli zgłoszenia celnego i jeżeli z tej kontroli wynika, że przepisy regulujące procedurę celną zostały zastosowane w oparciu o nieprawdziwe, nieprawidłowe lub niekompletne dane lub dokumenty, organ podejmuje niezbędne działania w celu właściwego zastosowania przepisów prawa celnego, biorąc pod uwagę nowe dane /art. 83 par. 1-3 Kodeksu celnego/.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 4 sierpnia 2004 r. na rozprawie w Izbie Gospodarczej skargi kasacyjnej "O." SA z siedzibą w W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 18 marca 2004 r. V SA 584/03 w sprawie ze skargi "O." SA z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Celnej w W. z dnia 10 stycznia 2003 r. (...) w przedmiocie uznania zgłoszenia celnego za nieprawidłowe - skargę kasacyjną oddala.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zaskarżonym wyrokiem oddalił skargę "O." SA w W. na decyzję Dyrektora Izby Celnej w W. z dnia 10 stycznia 2003 r. utrzymującą w mocy decyzję Naczelnika Urzędu Celnego w W. z dnia 6 czerwca 2002 r. (...) w przedmiocie uznania zgłoszenia celnego za nieprawidłowe. Sąd przyjął za miarodajne ustalenia organów celnych, z których wynikało, że zgłoszenie celne dokonane przez "O." SA w W. według dokumentu SAD z 13 lipca 1999 r. (...) dotyczące objęcia procedurą dopuszczenia do obrotu partii leków ze składu celnego "O." o wartości 8.164,80 EUR, wynikającej z przedstawionych przy zgłoszeniu faktur (...) z dnia 1 czerwca 1999 r. i (...) z dnia 10 maja 1999 r., nie było prawidłowe.
Po przyjęciu zgłoszenia celnego, w wyniku kontroli celnej przeprowadzonej u importera, ujawniono zawartą przez niego z eksporterem-firmą "M.S. i D.I.I." ze Szwajcarii umowę z dnia 10 lutego 1998 r., określającą warunki współpracy między obiema firmami, w tym zasady wystawiania not kredytowych obniżających podaną w fakturach handlowych cenę leków. Postanowieniem z dnia 25 kwietnia 2002 r. Dyrektor Urzędu Celnego w W. wszczął z urzędu postępowanie w sprawie wartości celnej towaru deklarowanej przez stronę, a następnie Naczelnik Urzędu Celnego I w W. decyzją z dnia 6 czerwca 2002 r. (...) uznał zgłoszenie celne za nieprawidłowe w zakresie wartości celnej i określił tę wartość w wysokości obniżonej, uwzględniającej udzielone importerowi obniżki. Po rozpatrzeniu odwołania spółki organ odwoławczy utrzymał w mocy decyzję I instancji, uznając korektę wartości celnej za uzasadnioną.
Wniesioną przez spółkę skargę Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił. Odnosząc się do wynikającej z art. 23 par. 1 Kodeksu celnego zasady, iż wartością celną towaru jest wartość transakcyjna, to znaczy cena faktycznie zapłacona lub należna. Sąd wskazał, że wartość celna przedmiotu importu /leków wyprowadzonych ze składu celnego/ zadeklarowana została w zgłoszeniu celnym w wysokości odpowiadającej cenie określonej w załączonej fakturze eksportera. Faktura ta jednak nie była wiążąca. Zgodnie z art. 7 umowy z dnia 10 lutego 1998 r. łączącej eksportera z importerem, faktury miały być dołączane do każdej dostawy i winny "spełniać wymogi urzędów celnych", ale nie były "wiążące do realizowania płatności".
Omawiana umowa, określająca warunki współpracy pomiędzy obiema firmami, zobowiązywała spółkę "O." do przesyłania eksporterowi comiesięcznych "raportów sprzedaży opisujących dokładną ilość i rodzaj produktów wyprowadzonych ze składu celnego (...), jak również informację o utraconych, brakujących lub uszkodzonych towarach w składzie oraz próbkach". Konsekwencją przekazania raportu było wystawienie "odpowiedniej faktury" w oparciu o wcześniej uzgodnione ceny produktów i uregulowanie na jej podstawie płatności przez importera. Jednocześnie eksporter przedkładał spółce informację o wysokości należnego od eksportera "upustu, który powinien stanowić równowartość 8 procent całkowitej wartości produktów wyprowadzonych ze składu celnego w poprzednim miesiącu". Tę kwotę spółka była uprawniona odliczyć od należności wynikającej z faktur. Sprzedaż leków objętych zgłoszeniem z dnia 13 lipca 1999 r. miała miejsce w czasie obowiązywania umowy z dnia 10 lutego 1998 r. i odbywała się na warunkach tej umowy, co w ocenie Sądu uzasadniało uznanie, że upust przewidziany został już w umowie sprzedaży leków.