Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Danuta Oleś (sprawozdawca), Sędzia NSA Barbara Wasilewska, Sędzia NSA Janusz Zubrzycki, Protokolant Katarzyna Nowik, po rozpoznaniu w dniu 27 sierpnia 2013 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej W. H. "A.-S." spółki z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w B. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Lublinie z dnia 9 marca 2012 r. sygn. akt I SAB/Lu 10/11 w sprawie ze skargi W. H. "A.-S." spółki z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w B. na bezczynność Naczelnika L. Urzędu Skarbowego w L. w przedmiocie braku zwrotu nadwyżki podatku od towarów i usług za październik 2010 r. 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od W. H. "A.-S." spółki z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w B. na rzecz Naczelnika L. Urzędu Skarbowego w L. kwotę 180 (sto osiemdziesiąt) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Wyrokiem z dnia 9 marca 2012 r., sygn. akt I SAB/Lu 10/11, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Lublinie oddalił skargę wniesioną przez W. spółka z o.o. w B. na bezczynność Naczelnika Urzędu Skarbowego w L. w przedmiocie braku zwrotu nadwyżki podatku od towarów i usług.
Z uzasadnienia powyższego wyroku wynika, że w dniu 18 listopada 2010 r. do Urzędu Skarbowego w L. wpłynęła deklaracja VAT-7 za październik 2010 r. wraz z wnioskiem spółki z o.o. W. w B.(dalej jako "spółka") o zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w terminie 25 dni w wysokości 1.204.947 zł.
Postanowieniem z dnia 10 grudnia 2010 r., Naczelnik Urzędu Skarbowego w L., na podstawie art. 87 ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j.: Dz. U z 2011 r. nr 177, poz. 1054 ze zm., dalej jako "ustawa o VAT"), przedłużył termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika. Przedłużenie terminu zwrotu uzasadniała kontrola podatkowa w zakresie zasadności zwrotu podatku za październik 2010 r.
W toku kontroli podatkowej spółka pismem z dnia z 19 stycznia 2011 r. wniosła ponaglenie na bezczynność organu w przedmiocie zwrotu podatku.
Zostało ono rozpatrzone przez Dyrektora Izby Skarbowej w L., który postanowieniem z dnia 11 lutego 2011 r., działając na podstawie art. 141 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa ( t.j.: Dz.U. z 2005 r. nr 8, poz. 60 ze zm., dalej jako "Ordynacja podatkowa") uznał ponaglenie za bezzasadne.
W dniu 21 maja 2011 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego otrzymał informację o wszczęciu wobec spółki postępowania kontrolnego w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące od stycznia 2009 r. do grudnia 2010 r. Postanowienie wydane w tym zakresie zostało doręczone spółce w dniu 13 maja 2011 r.
W związku z powyższym, postanowieniem z dnia 6 czerwca 2011 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego przedłużył termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za październik 2010 r., do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonanego w ramach prowadzonego przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej postępowania kontrolnego.
Kontrola prowadzona przez Naczelnika Urzędu Skarbowego zakończyła się doręczeniem spółce w dniu 28 czerwca 2011 r. protokołu kontroli, do której skarżąca złożyła w dniu 15 lipca 2011 r. zastrzeżenia.
Pismem z dnia 29 lipca 2011 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego poinformował stronę o przesłankach przedłużenia terminu zwrotu.
W dniu 26 września 2011 r. spółka wezwała Naczelnika Urzędu Skarbowego do usunięcia naruszenia prawa w zakresie braku zwrotu różnicy podatku za październik 2010 r.
W odpowiedzi, Naczelnik Urzędu Skarbowego w L., stwierdził, że w zaistniałym stanie faktycznym i prawnym naruszenie prawa nie wystąpiło.
W skardze skierowanej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Lublinie spółka zarzuciła niewłaściwe zastosowanie art. 87 ust. 6 i ust. 2 ustawy o VAT i wniosła o zobowiązanie organu do zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za październik 2010 r. wraz z odsetkami.