Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Adam Bącal, Sędzia NSA Bartosz Wojciechowski (sprawozdawca), Sędzia WSA del. Ewa Rojek, Protokolant Marek Kleszczyński, po rozpoznaniu w dniu 14 lutego 2018 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Naczelnika Urzędu Skarbowego w P. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 27 stycznia 2016 r. sygn. akt III SAB/Wa 52/15 w sprawie ze skargi Q. sp. z o.o. w P. na przewlekłość Naczelnika Urzędu Skarbowego w P. w przedmiocie prowadzenia postępowania podatkowego dotyczącego rozliczenia podatku od towarów i usług za maj 2014 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Warszawie, 2) zasądza od Q. sp. z o.o. w P. na rzecz Naczelnika Urzędu Skarbowego w P. kwotę 480 (słownie: czterysta osiemdziesiąt) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
1. Wyrok sądu I instancji i przedstawiony przez ten sąd tok postępowania przed organami podatkowymi
1.1. Wyrokiem z 27 stycznia 2016 r., sygn. akt III SAB/Wa 52/15 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, w sprawie ze skargi Q. Sp. z o.o. z siedzibą w P. (dalej: spółka, skarżąca, podatnik) stwierdził przewlekłość postępowania prowadzonego przez Naczelnika Urzędu Skarbowego w P. w przedmiocie rozliczenia podatku od towarów i usług za maj 2014 r., oraz uznał, że przewlekłość ta nie miała miejsca z rażącym naruszeniem prawa i zobowiązał organ do wydania rozstrzygnięcia w sprawie w terminie 1 miesiąca od dnia zwrotu organowi akt podatkowych z odpisem prawomocnego wyroku i zasądził od organu na rzecz spółki zwrot kosztów postępowania sądowego.
1.2. Stan sprawy przedstawiał się następująco.
W dniu 30 czerwca 2014 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego w P. wszczął wobec spółki kontrolę podatkową dotyczącą zasadności zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego w rozumieniu przepisów o podatku od towarów i usług za maj 2014 r. Dnia 11 lipca 2014 r. został doręczony spółce protokół ww. kontroli. W protokole kontrolujący nie zidentyfikowali żadnych nieprawidłowości, w tym w szczególności uzasadniających odmowę zwrotu nadwyżki podatku VAT naliczonego nad należnym lub wpływających na wysokość zobowiązania podatkowego spółki. Dokumentacja zbadana przez kontrolujących potwierdziła prawidłowość dokonania przez spółkę wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów oraz potwierdziła brak nieprawidłowości w zakresie wykazanego i rozliczonego podatku należnego i naliczonego.
Naczelnik Urzędu Skarbowego w P. postanowieniem z dnia 13 października 2014 r. wszczął postępowanie podatkowe w sprawie rozliczenia podatku od towarów i usług za maj 2014 r. w związku z ustaleniami kontroli podatkowej przeprowadzonej w dniach od 30 czerwca do 11 lipca 2014 r. Zdaniem organu informacje przekazane w dniu 18 sierpnia 2014 r. przez Naczelnika Urzędu Skarbowego P. uzasadniały wszczęcie postępowania podatkowego u skarżącej, bowiem stanowiły odpowiedź na skierowany w toku kontroli podatkowej wniosek Naczelnika Urzędu Skarbowego w P. z dnia 8 lipca 2014 r. o przeprowadzenie czynności sprawdzających u kontrahenta skarżącej - w firmie A. sp. z o.o. W dniu 12 sierpnia 2014 r., tj. po zakończeniu kontroli podatkowej otrzymano pismo od Naczelnika Urzędu Skarbowego P.
, w którym zawarto informację, że A. sp. z o.o., (dostawca polietylenu dla skarżącej) nie figuruje jako zarejestrowany i czynny podatnik VAT, siedziba tej spółki to tzw. wirtualne biuro, w związku z czym niemożliwe jest przeprowadzenie wnioskowanych czynności sprawdzających. Ponadto organ zwrócił się również o przeprowadzenie czynności sprawdzających u kontrahenta skarżącej, w firmie T. sp. z o.o.
Postanowieniem z dnia 13 listopada 2014 r. organ działając na podstawie art. art. 140 § 1 w zw. z art. 216 § 1 i art. 217 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2012 r., poz. 749 ze zm., zwaną dalej O.p.). przedłużył termin zakończenia postępowania podatkowego u skarżącej do dnia 15 stycznia 2015 r. motywując to okolicznością gromadzenia materiału dowodowego w sprawie. Następnie postanowieniem z dnia 13 stycznia 2015 r. ten sam organ przedłużył termin zakończenia ww. postępowania do dnia 16 marca 2015 r. z uwagi na "toczące się postępowanie wyjaśniające".