2.5. W uzasadnieniu skarg spółka ponowiła stanowisko i tok argumentacji przedstawione w ponagleniu, kierowanym do organu wyższego stopnia. Podniosła, że wielokrotne przedłużanie postępowań kontrolnych nie ma żadnego uzasadnienia.
2.6. Odpowiadając na skargi, organ wniósł o ich oddalenie. Wskazał, że w toku postępowań kontrolnych, na podstawie art. 13b ustawy o kontroli skarbowej (Dz.U.11.41.214 ze zm. - dalej jako u.k.s.), przeprowadzono u kontrahentów spółki czynności sprawdzające prawidłowość i rzetelność dokumentów w zakresie dotyczącym rozpatrywanych okresów rozliczeniowych. Organ wystąpił do administracji podatkowych państw członkowskich UE i w części uzyskał już informacje odnośnie transakcji przeprowadzanych przez spółkę z podmiotami zagranicznymi. Szczegółowej analizie poddano przepływy środków pieniężnych pomiędzy spółką a jej kontrahentami, jak również obrót magazynowy towarów i dokumentację związaną z transportem. Ponadto zwrócono się do innych organów podatkowych o przekazanie informacji oraz dokumentów z akt postępowań, prowadzonych lub zakończonych przez te organy wobec podmiotów biorących udział w łańcuchu dostaw, których finalnym ogniwem była spółka. Przesłuchano również świadków, których zeznania mogą mieć istotny wpływ na ocenę rzetelności transakcji. W chwili obecnej, tj. na dzień sporządzania odpowiedzi na skargi, wciąż istniała uzasadniona potrzeba dalszego prowadzenia postępowań. Aktualnie nadal prowadzona jest analiza gromadzonego materiału dowodowego, następstwem której są kolejne wystąpienia do organów podatkowych o dokonanie czynności sprawdzających, a także oczekiwana jest realizacja wniosków wystosowanych do zagranicznych administracji podatkowych w celu sprawdzenia transakcji handlowych z kontrahentami spółki. Organ oczekuje również na wykonanie czynności dowodowych, zleconych innym organom podatkowym (dot. przesłuchania świadków).
Wobec większości kontrahentów spółki prowadzone były lub nadal są prowadzone postępowania kontrolne, a materiały zgromadzone w tych sprawach i podjęte w nich rozstrzygnięcia stanowią dowody w sprawach prowadzonych wobec spółki. W ten sposób organ realizuje obowiązek zebrania kompletnego materiału dowodowego. Organ zwracał też uwagę, że ze zgromadzonych dotychczas rozstrzygnięć wynika, iż kontrahenci spółki wystawiali faktury, które nie dokumentowały rzeczywistych transakcji.
Według organu w przedstawionych okolicznościach podejmowane czynności nie nosiły znamion bezczynności czy też opieszałości. Czas trwania postępowań wynikał wyłącznie z potrzeby dokładnego wyjaśnienia spraw.
2.7. W toku rozprawy przed Wojewódzkim Sądem Administracyjnym w dniu 17 czerwca 2014 r. pełnomocnik organu nie potrafił podać (nawet w przybliżeniu) w jakim czasie zakończone zostaną postępowania kontrolne objęte skargami spółki. Nie podał również, jakie konkretnie okoliczności faktyczne organ zamierza jeszcze wyjaśnić, jako istotne dla wyniku spraw i jakie konkretnie dowody dotąd nie mogły zostać zebrane w tym brakującym zakresie, co stanowiło przeszkodę.