Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Małgorzata Niezgódka - Medek (spr.), Sędzia NSA Marek Kołaczek, Sędzia del. WSA Bartosz Wojciechowski, Protokolant Marek Wojtasiewicz, po rozpoznaniu w dniu 4 marca 2015 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej K. P. P. Spółki z ograniczoną odpowiedzialnością w L. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z dnia 28 października 2013 r. sygn. akt I SAB/Wr 7/13 w sprawie ze skargi K. P. P. Spółki z ograniczoną odpowiedzialnością w L. na bezczynność Naczelnika Urzędu Skarbowego w L. w przedmiocie zwrotu podatku naliczonego nad należnym za styczeń 2013 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu we Wrocławiu, 2) zasądza od Naczelnika Urzędu Skarbowego w L. na rzecz K. P. P. Spółki z ograniczoną odpowiedzialnością w L. kwotę 873 (słownie: osiemset siedemdziesiąt trzy) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Skarga kasacyjna K. P. P. sp. z o.o. w L. dotyczy wyroku z dnia 28 października 2013 r., sygn. akt I SAB/Wr 7/13, w którym Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu, na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2012 r., poz. 270), zwanej dalej "Ppsa" oddalił skargę K. P. P. sp. z o.o. w L. na bezczynność Naczelnika Urzędu Skarbowego w L. w przedmiocie zwrotu podatku naliczonego nad należnym za styczeń 2013 r.
Przedstawiając stan faktyczny, Sąd pierwszej instancji podał, że w dniu 2 lutego 2013 r. do Naczelnika Urzędu Skarbowego w L. wpłynął wniosek skarżącej o zwrot na rachunek bankowy w terminie 25 dni kwoty 561.203 zł, stanowiącej różnicę pomiędzy naliczonym a należnym podatkiem od towarów i usług. Skarżąca załączyła do wniosku deklarację VAT-7 za styczeń 2013 r., w której wykazała powyższą kwotę zwrotu.
W odpowiedzi na wniosek organ podatkowy wezwał skarżącą do przedłożenia dokumentów podatkowych za styczeń 2013 r. w celu przeprowadzenia czynności sprawdzających, o których mowa w art. 272 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2012 r., poz. 749 ze zm.), zwanej dalej "Op". Z ustaleń faktycznych wynikało, że skarżąca nabywała od kontrahentów krajowych granulat złota i srebra, opodatkowany stawką 23%, a następnie dokonywała jego wewnątrzwspólnotowej dostawy do czeskiego kontrahenta (S. a.s.) opodatkowanej 0%. Taki przebieg transakcji wiązał się z wykazanym w deklaracji za styczeń 2013 r. zwrotem nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do bezpośredniego zwrotu na rachunek bankowy.
Po dostarczeniu przez skarżącą w dniach 15 i 18 lutego 2013 r. dokumentów dotyczących powyższych transakcji organ sporządził protokół z czynności sprawdzających w spółce, z którego wynikało, że rejestry zakupu i sprzedaży zawierały dane zgodne z fakturami.
W związku z czynnościami sprawdzającymi organ zwrócił się również do organów właściwych dla podmiotów dokonujących na rzecz skarżącej sprzedaży granulatu złota i srebra w styczniu 2013 r. o przeprowadzenie u nich czynności potwierdzających dokumentowane fakturami transakcje zakupu. Następnie Naczelnik Urzędu Skarbowego w L. postanowieniem z dnia 26 lutego 2013 r. przedłużył termin zwrotu podatku za styczeń 2013 r. do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia skarżącej. W tym samym dniu Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w W. OZ w L. wszczął wobec skarżącej postępowanie kontrolne w zakresie zasadności zwrotu podatku naliczonego za styczeń 2013 r. z uwagi na konieczność potwierdzenia transakcji przez kontrahentów.
W dniach 1 i 22 marca oraz 12 i 15 kwietnia 2013 r. do Urzędu Skarbowego wpłynęły pisma, w których skarżąca domagała się zwrotu podatku, zaś pismem z dnia 5 marca 2013 r. wezwała organ do usunięcia naruszenia prawa. W dniu 20 marca 2013 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego udzielił skarżącej odpowiedzi, uznając zarzuty za bezzasadne. Dyrektor Izby Skarbowej w W. uznał pisma spółki za ponaglenia w rozumieniu art. 141 Op i postanowieniami z dnia 16 maja i 21 czerwca 2013 r. uznał je za bezzasadne. Argumentując podał, że organ pierwszej instancji miał prawo na podstawie art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2011 r. Nr 177 poz. 1054 ze zm.), zwanej dalej "Uptu" przedłużyć termin zwrotu podatku do czasu dokonania weryfikacji rozliczeń skarżącej. Wskazał, że organ ten podjął niezbędne działania w tym kierunku, występując do innych organów podatkowych o przeprowadzenie czynności sprawdzających u kontrahentów skarżącej.