Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Małgorzata Niezgódka-Medek (sprawozdawca), Sędzia NSA Juliusz Antosik, Sędzia del. WSA Ludmiła Jajkiewicz, Protokolant Agnieszka Szarc vel Szic, po rozpoznaniu w dniu 12 kwietnia 2007 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej S. z siedzibą w K. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu z dnia 14 marca 2006 r. sygn. akt I SA/Po 1257/05 w sprawie ze skargi S. z siedzibą w K. na decyzję Izby Skarbowej w Poznaniu z dnia [...] nr [...] w przedmiocie zwrotu wpłaconej kwoty podatku od towarów i usług za listopad 2001 r. 1. uchyla zaskarżony wyrok i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Poznaniu, 2. zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu na rzecz S. w K. kwotę 3677 zł (słownie: trzy tysiące sześćset siedemdziesiąt siedem złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Przedmiotem skargi kasacyjnej S. w K. jest wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu z dnia 14 marca 2006 r., sygn. akt I SA/Po 1257/05, mocą którego oddalono skargę S. na decyzję Izby Skarbowej w Poznaniu z dnia [...] w przedmiocie zwrotu wpłaconej kwoty podatku od towarów i usług za listopad 2001r.
W motywach orzeczenia Sąd przedstawił stan sprawy.
W pierwszym rzędzie podał, że w dniu 20 kwietnia 1998 r. S w K. wniosła o zwrot podatku wpłaconego w latach 1993 -1996 z tytułu oprocentowania udziałów w nadwyżce bilansowej członków spółdzielni podnosząc, że jako zakład pracy chronionej powinna przekazać zaliczki na podatek dochodowy - zgodnie z art. 38 ust. 2 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. Nr 80, poz. 350 ze zm.) - na fundusze rehabilitacji zawodowej osób niepełnosprawnych.
Urząd Skarbowy w W. decyzją z dnia [...] (nr [...]) odmówił S. zwrotu wpłaconego podatku uznając, że udział w nadwyżce bilansowej w postaci oprocentowania udziałów członkowskich jest przychodem z kapitałów pieniężnych. Decyzja ta została utrzymana w mocy przez Izbę Skarbową w Zielonej Górze, a Naczelny Sąd Administracyjny Ośrodek Zamiejscowy w Poznaniu - po rozpoznaniu skargi Spółdzielni - wyrokiem z dnia 28 września 1999 roku (sygn. I SA/Po 2741/98) uchylił obie decyzje. Z uwagi na powyższe Urząd Skarbowy w W. decyzją z dnia [...] (nr [...]) stwierdził nadpłatę w podatku dochodowym od osób fizycznych w łącznej kwocie 101.925,20 zł wraz z odsetkami, którą w dniu 20 września 2000 r. zwrócił S.
Następnie wyrok NSA został uchylony przez Sąd Najwyższy na skutek rewizji nadzwyczajnej Ministra Sprawiedliwości wyrokiem z dnia 18 marca 2001 roku (sygn. III RN 98/00), w którym oddalono także skargę S.
W wyniku tego orzeczenia wymieniona wyżej decyzja organu podatkowego stwierdzająca nadpłatę stała się sprzeczna z wcześniejszymi i ostatecznymi decyzjami odmawiającymi stwierdzenia nadpłaty, jednak cały czas istniała w obrocie prawnym.
Izba Skarbowa w Poznaniu decyzją z dnia [...] (nr [...]) odmówiła stwierdzenia nieważności decyzji w sprawie stwierdzenia nadpłaty, bowiem upłynął roczny termin od dnia jej doręczenia stronie (z art. 249 § 1 w zw. z art. 249 § 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 roku Ordynacja podatkowa - Dz. U. Nr 137 poz. 926 ze zm.).
W tej sytuacji Urząd Skarbowy w W. wznowił z urzędu postępowanie w sprawie zwrotu nadpłaty i decyzją z dnia [...] uchylił w całości swoją decyzję z dnia [...] stwierdzającą nadpłatę. Decyzja z dnia [...] została doręczona stronie dnia 17 grudnia 2001 r.
Następnie Urząd Skarbowy w W. decyzją z dnia [...] (nr [...]) określił S. wysokość nienależnie zwróconego podatku dochodowego oraz odsetki za zwłokę. Izba Skarbowa w Poznaniu decyzją z dnia [...] (nr [...]) uchyliła powyższą decyzję i przekazała sprawę do ponownego rozpatrzenia. W związku z tym w dniu 1 sierpnia 2002 r. Urząd Skarbowy wszczął postępowanie podatkowe w sprawie "nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za lata 1993 - 1996 z tytułu oprocentowania udziałów członków S.". Jednakże w dniu 23 kwietnia 2002 roku S. zapłaciła sporny podatek dochodowy wraz z odsetkami.