W skardze na powyższą decyzję do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie skarżąca zarzuciła jej naruszenie: art. 153 p.p.s.a. poprzez nieuwzględnienie oceny prawnej, wyrażonej w prawomocnych wyrokach Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 10 kwietnia 2007 r., sygn. akt I SA/Wa 142/07, i Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 8 października 2007 r., sygn. akt I OSK 1205/07, w myśl której to oceny, kwestia tego, czy skarżąca przedłożyła i obroniła rozprawę doktorską, została prawomocnie rozstrzygnięta w uchwale Rady Wydziału Chemii Uniwersytetu [...] z dnia [...] stycznia 2006 r. o przyjęciu publicznej obrony rozprawy doktorskiej; art. 10 ust. 1 ustawy z dnia 12 września 1990 r. o tytule naukowym i stopniach naukowych w zw. z art. 51 ust. 1 ustawy z dnia 14 marca 2003 r. o stopniach naukowych i tytule naukowym oraz o stopniach i tytule w zakresie sztuki, poprzez błędną wykładnię polegającą na przyjęciu, że uchwała o nadaniu stopnia naukowego doktora ma charakter "autonomiczny" i podejmowane jest uznaniowo; art. 7, art. 77 § 1, art. 80 i art. 107 § 3 k.p.a. oraz § 19 ust. 4 Statutu Centralnej Komisji do Spraw Stopni i Tytułów, przyjętego na posiedzeniu plenarnym w dniu 10 grudnia 2008 r. (niepubl.), wskutek błędnej oceny przeprowadzonych dowodów, wad uzasadnienia zaskarżonej decyzji i zdyskwalifikowania opinii superrecenzenta; art. 8, art. 9, art. 10 § 1 i art. 81 k.p.a., wskutek wyłączenia jawności postępowania odwoławczego na podstawie Statutu Centralnej Komisji z dnia 15 października 2007 r. Wniosła ponadto o uchylenie zaskarżonej decyzji Centralnej Komisji do Spraw Stopni i Tytułów oraz zasądzenie na rzecz skarżącej zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego według załączonego spisu oraz zawieszenie postępowania sądowoadministracyjnego do czasu rozstrzygnięcia przez Trybunał Konstytucyjny sprawy o sygn. akt SK 30/10. W uzasadnieniu wskazała, że Komisja dokonała ustaleń sprzecznych z prawomocną uchwałą Rady Wydziału Chemii Uniwersytetu [...] z dnia [...] stycznia 2006 r. o przyjęciu publicznej obrony rozprawy doktorskiej, gdyż ani Rada Wydziału nie mogła zmienić swojego pozytywnego stanowiska w przedmiocie wyniku obrony, ani też Centralna Komisja nie była uprawniona do kwestionowania jakości pracy i wyniku obrony. Powołując się na inne orzeczenie wskazała, że gdyby ustawodawca zdecydował pozostawić nadanie stopnia doktora uznaniu administracyjnemu, posłużyłby się sformułowaniem "może". Skarżąca wskazała również, że zgodnie z § 19 ust. 4 Statutu Centralnej Komisji do Spraw i Tytułu Naukowego i Stopni Naukowych przyjętego na posiedzeniu plenarnym w dniu 15 października 2007 r., ze zmianami przyjętymi na posiedzeniu plenarnym w dniu 10 grudnia 2008 r., w postępowaniu opiniodawczym sekcji, po otrzymaniu negatywnej opinii recenzenta, powołuje się recenzenta dodatkowego, przy czym, jeżeli recenzentem jest członek Komisji, recenzentem dodatkowym może być jedynie osoba, o której mowa w ust. 1 i 2, niebędąca członkiem Komisji. Skoro zatem jedna z recenzji była negatywna (jedyna na ogólną liczbę sześciu), to tym samym w świetle Statutu zachodziła konieczność uzyskania kolejnej opinii. Nie można w związku z tym twierdzić, iż uzyskanie opinii recenzenta dodatkowego, "nie mającej charakteru naukowego", czyniło zadość temu wymaganiu.