W odpowiedzi na skargę Centralna Komisja do Spraw Stopni i Tytułów wniosła o jej oddalenie w zakresie wniosku o uchylenie zaskarżonej decyzji oraz odrzucenie w zakresie pozostałych wniosków. W uzasadnieniu podtrzymała w całości swoje dotychczasowe stanowisko faktyczne i prawne.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę. Sąd wskazał, że wyrokiem z dnia 12 kwietnia 2012 r., sygn. akt SK 30/10 (OTK-A 2012/4/39, Dz. U. z 2012 r. poz. 431) Trybunał Konstytucyjny orzekł, że wskazane w pkt 1 i pkt 3 skargi konstytucyjnej przepisy (tj. powoływane przez skarżącą postanowienia ustawy o stopniach naukowych i Statutu Komisji) nie są niezgodne z Konstytucją RP. Sąd ustalił, że w związku z datą wszczęcia przewodu doktorskiego skarżącej w 2001 r. należy w myśl przepisu art. 51 ustawy z dnia 14 marca 2003 r. o stopniach naukowych i tytule naukowym oraz o stopniach i tytule w zakresie sztuki stosować przepisy ustawy z dnia 12 września 1990 r. o tytule naukowym i stopniach naukowych i przywołał treść art. 10 ust. 1 oraz art. 12 ust. 2 tej ustawy. Stwierdził również, że uchwała w przedmiocie nadania stopnia naukowego doktora jest jedną z czterech uchwał rady jednostki organizacyjnej, kończącą kolejne czynności przewodu doktorskiego. Niewątpliwie ma ona charakter konstytutywny, gdyż dopiero jej podjęcie wywołuje skutek w postaci nadania określonej osobie stopnia doktora. Przywołał również wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 2 grudnia 2010 r., sygn. akt I OSK 1614/10, w którym sąd stwierdził, że głosowanie nad tą uchwałą jest "kompleksową oceną całego przewodu doktorskiego doktoranta, w tym wszystkich wymienionych w art. 12 ustawy z 2003 r. o stopniach naukowych i tytule naukowym oraz o stopniach i tytule w zakresie sztuki przesłanek warunkujących nadanie stopnia naukowego doktora, a nie tylko oceną przedstawionej przez niego rozprawy doktorskiej i jej publicznej obrony. W tej sytuacji uchwała o nadaniu stopnia naukowego nie ma charakteru li tylko deklaratoryjnego i nie jest czystą formalnością czy automatycznym powtórzeniem wyników głosowania z etapu(ów) wcześniejszego(ych). Wprost przeciwnie, poczynione i wypowiedziane w toku przewodu doktorskiego oceny dotyczące umiejętności doktoranta (w zakresie określonym w art. 14 ust. 2) i przedstawionej przez niego rozprawy, mogą spowodować, że poszczególni członkowie Rady - mimo pozytywnych głosowań na wcześniejszych etapach przewodu - zmienią zdanie i zagłosują w głosowaniu tajnym przeciwko nadaniu doktorantowi stopnia doktora". Z kolei Trybunał Konstytucyjny w powołanym wyroku wskazał, że "uchwała w przedmiocie nadania stopnia doktora ma charakter aktu samodzielnego właściwej rady jednostki organizacyjnej, co wynika chociażby z odrębnego jej usytuowania w enumeracji zawartej w art. 14 ust. 2 u.s.n. Uchwała pozytywna, tj. o nadaniu stopnia doktora, uwarunkowana jest pozytywnymi uchwałami kończącymi wcześniejsze etapy przewodu doktorskiego, jednak te ostatnie samoistnie nie determinują treści tej pierwszej. Uchwała negatywna, tj. o odmowie nadania stopnia doktora, może być zatem podjęta wówczas, gdy wszystkie poprzedzające ją uchwały miały charakter pozytywny. Uchwała w przedmiocie nadania stopnia doktora nie jest bowiem wypadkową poprzednich uchwał, lecz samodzielnym aktem będącym wynikiem oceny dotyczącej umiejętności doktoranta, dotychczasowego jego dorobku naukowego oraz jakości przedstawionej przez niego rozprawy doktorskiej. Taka sytuacja może zdarzyć się zwłaszcza wówczas, gdy uchwały kończące poprzednie stadia przewodu doktorskiego miały co prawda charakter pozytywny, jednak sposób rozkładu głosów przy podejmowaniu tych uchwał wskazywał na to, że umiejętności doktoranta, dotychczasowy jego dorobek naukowy czy przedstawiona przez niego rozprawa doktorska są różnie oceniane przez członków rady jednostki organizacyjnej". Sąd stwierdził, że zarzut skargi błędnej wykładni art. 10 ust.1 ustawy z dnia 12 września 1990 r. nie jest trafny. Akceptacja stanowiska skarżącej podważałaby bowiem sens głosowania rady jednostki organizacyjnej nad uchwałą w przedmiocie nadania stopnia doktora, gdyby treść tej uchwały była zdeterminowana treścią uchwał ją poprzedzających.