Jak podaje J.P.Tarno cechami charakterystycznym i wynikającymi z przedmiotu postępowań prowadzonych w sprawach stopni naukowych, które nie mogą zostać zmienione w drodze odpowiedniego stosowania przepisów k.p.a., są: a) szczególny charakter organu prowadzącego postępowanie (organ kolegialny, którego decyzje zapadają w głosowaniu tajnym, również wobec członków tego organu),b) swoisty tryb postępowania wyjaśniającego, c) czynny udział strony w postępowaniu ograniczony do form przewidzianych w ustawie, d) podejmowanie decyzji w głosowaniu niejawnym. ( J.P. Tarno, Rola odpowiedniego stosowania przepisów k.p.a. w postępowaniach w sprawach stopni naukowych (wybrane zagadnienia) ZNSA 2011.6.18.
Istotną kwestią jest problem charakteru prawnego uchwały w sprawie nadania stopnia naukowego. Problem ten był rozważany miedzy innymi przez NSA w wyroku z 2 grudnia 2010 r., sygn. akt I OSK 1614/2010. NSA stwierdził wówczas, że głosowanie nad tą uchwałą jest "kompleksową oceną całego przewodu doktorskiego doktoranta, w tym wszystkich wymienionych w art. 12 tej ustawy przesłanek warunkujących nadanie stopnia naukowego doktora, a nie tylko oceną przedstawionej przez niego rozprawy doktorskiej i jej publicznej obrony. W tej sytuacji uchwała o nadaniu stopnia naukowego nie ma charakteru li tylko deklaratoryjnego i nie jest czystą formalnością czy automatycznym powtórzeniem wyników głosowania z etapów wcześniejszych. Wprost przeciwnie, poczynione i wypowiedziane w toku przewodu doktorskiego oceny dotyczące umiejętności doktoranta (w zakresie określonym w art. 14 ust. 2) i przedstawionej przez niego rozprawy, mogą spowodować, że poszczególni członkowie Rady - mimo pozytywnych głosowań na wcześniejszych etapach przewodu - zmienią zdanie i zagłosują w głosowaniu tajnym przeciwko nadaniu doktorantowi stopnia doktora. Jak to trafnie ujął Sąd Najwyższy w uzasadnieniu wyroku z 26 kwietnia 1996 r., III ARN 86/95 (OSNP 1996/21, poz. 315) - «ktokolwiek poddaje się jakimkolwiek recenzjom (...) musi się zawsze liczyć z tym, że może spotkać się również z recenzjami, których w najgłębszym przekonaniu nie będzie w stanie osobiście zaakceptować. Nikt bowiem nie przyjmuje chętnie otwartej dyskwalifikacji własnych umiejętności, talentu czy wiedzy». Z tymi samymi skutkami musi liczyć się osoba, która swój dorobek naukowy i umiejętności poddaje ocenie Rady Naukowej, która swój werdykt podejmuje działając in pleno w głosowaniu tajnym, co oznacza, że żaden z głosujących nie tylko nie musi uzasadniać swego stanowiska, ale nawet nie wolno jest mu go uzewnętrzniać".
Mając powyższe na uwadze, należy stwierdzić, że uchwała w przedmiocie nadania stopnia doktora ma charakter aktu samodzielnego właściwej rady jednostki organizacyjnej, co wynika chociażby z odrębnego jej usytuowania w enumeracji zawartej w art.12 ust.2 pkt 4 ustawy z 12 września 1990r.( podobnie w ustawie z dnia 14 marca 2003r. art. 14 ust.2 pkt 4 ). Uchwała pozytywna, tj. o nadaniu stopnia doktora, uwarunkowana jest pozytywnymi uchwałami kończącymi wcześniejsze etapy przewodu doktorskiego, jednak te ostatnie samoistnie nie determinują treści tej pierwszej. Uchwała negatywna, tj. o odmowie nadania stopnia doktora, może być zatem podjęta wówczas, gdy wszystkie poprzedzające ją uchwały miały charakter pozytywny. Uchwała w przedmiocie nadania stopnia doktora nie jest bowiem wypadkową poprzednich uchwał, lecz samodzielnym aktem będącym wynikiem oceny dotyczącej umiejętności doktoranta, dotychczasowego jego dorobku naukowego oraz jakości przedstawionej przez niego rozprawy doktorskiej. Taka sytuacja może zdarzyć się zwłaszcza wówczas, gdy uchwały kończące poprzednie stadia przewodu doktorskiego miały co prawda charakter pozytywny, jednak sposób rozkładu głosów przy podejmowaniu tych uchwał wskazywał na to, że umiejętności doktoranta, dotychczasowy jego dorobek naukowy czy przedstawiona przez niego rozprawa doktorska są różnie oceniane przez członków rady jednostki organizacyjnej.