Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Sławomir Presnarowicz, Sędziowie asesor WSA Piotr Pietrasz, asesor WSA Jacek Pruszyński (spr.), Protokolant Beata Borkowska, po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 4 maja 2009 r. sprawy ze skargi P. H. T. Spółka z o.o. w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w B. z dnia [...] listopada 2006 r. nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2002 r. 1. stwierdza nieważność zaskarżonej decyzji oraz poprzedzającej jej wydanie decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w B. nr [...] z dnia [...].06.2006 r., 2. stwierdza, że zaskarżone decyzje nie mogą być wykonane w całości, 3. zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w B. na rzecz skarżącego P. H. T. Spółka z o.o. w W. kwotę 11.046 zł (słownie: jedenaście tysięcy czterdzieści sześć złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Decyzją z dnia [...] czerwca 2006 r. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w B. określił P. Spółce z o.o. z siedzibą w W. (dalej: "Spółce"), zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za rok podatkowy 2002 w kwocie 1.043.321,00 zł oraz wysokość odsetek za zwłokę od przyjętych w prawidłowej wysokości zaliczek na podatek dochodowy od osób prawnych za marzec, kwiecień maj, czerwiec, lipiec, sierpień, październik i listopad 2002 r. Organ uznał, że w Spółce zawyżono koszty uzyskania przychodów wskutek zaliczenia do nich wydatku z tytułu "Organizacji koncertu charytatywnego na rzecz Stowarzyszenia O.", oraz, że faktury wystawione przez "P." w 2002 r. jako dokumentujące czynności, które nie zostały wykonane, nie stanowią podstawy do zaliczenia wydatków z nich wynikających do kosztów uzyskania przychodów.
W odwołaniu od powyższej decyzji zarzucono naruszenie art. 2 ust. 9a, 9b i 9c ustawy z dnia 21 czerwca 1996 r. o urzędach i izbach skarbowych (Dz. U. z 1996 r. Nr 106, poz. 489 ze zm.), art. 9a ust. 1 i 4, art. 10 ust. 2 pkt 7, art. 13a, art. 24a ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej ( Dz. U. z 2004 Nr 8, poz. 65 ze zm., dalej: "u.k.s.") oraz art. 193 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r.- Ordynacja podatkowa ( Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 ze zm., dalej: "o.p.").
Decyzją z dnia [...] listopada 2006 r. Dyrektor Izby Skarbowej utrzymał w mocy decyzję organu pierwszej instancji i podkreślił, że data zmiany właściwości Naczelnika Drugiego Urzędu, na Naczelnika P. Urzędu Skarbowego w B. z dniem 1 stycznia 2005 r. - w odniesieniu do Spółki - nie spowodowała braku właściwości Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej do wszczęcia postępowania kontrolnego i wydania upoważnienia do przeprowadzenia kontroli przez inspektora i pracowników Urzędu Kontroli Skarbowej w B. w dniu [...] kwietnia 2004 r. w Spółce. Podniesiono, że z wnioskiem o przeprowadzenie kontroli w Spółce wystąpiła Prokuratura Okręgowa w B. pismem nr [...] z [...] marca 2004 r., w którym wskazano przesłanki określone w art. 13a ust. 2 i 3 u.k.s. Istnienie powyższych przesłanek potwierdza również toczące się równolegle z kontrolą skarbową, postępowanie w Prokuraturze Apelacyjnej II Wydział do Spraw Przestępczości Zorganizowanej w B. nr [...], zaś materiał zebrany podczas postępowania karnego został wykorzystany w postępowaniu skarbowym. Postępowanie kontrolne w niniejszej sprawie, wszczęte na podstawie upoważnienia Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej, było prowadzone przez właściwy organ i zakończone wydaniem decyzji przez organ właściwy, tj. Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w B. Organ odwoławczy wskazał, że organ kontroli skarbowej oparł swoje rozstrzygnięcie o art. 15 ust. 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2000 r. Nr 54, poz. 654 ze zm., dalej: "u.p.d.o.p.").
Na powyższą decyzję Spółka wniosła skargę, żądając uchylenia decyzji pierwszej i drugiej instancji oraz zasądzenia kosztów postępowania. Decyzji zarzucono naruszenie art. 5 ust. 9a, 9b i 9c ustawy z dnia 21 czerwca 1996 r.