Koszty gwarantowania emisji akcji mieszczą się w dyspozycji przepisu par. 3 ust. 2 pkt 1 lit. "b" rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 17 stycznia 1997 r. w sprawie amortyzacji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych /Dz.U. nr 6 poz. 35 ze zm./, ale tylko w części, która dotyczy wyposażenia spółki w kapitał akcyjny.
Na mocy uchwały nr 1 z dnia 13 sierpnia 1996 roku Nadzwyczajne Walne Zgromadzenie Akcjonariuszy Spółki Akcyjnej B. postanowiło o podwyższeniu kapitału akcyjnego Skarżącej o kwotę 4.000.000 zł w drodze emisji 1.000.000 akcji zwykłych na okaziciela serii "D" o wartości nominalnej 4 zł każda.
W związku z przeprowadzonym podwyższeniem kapitału w drodze publicznej emisji akcji serii "D" Skarżąca poniosła wydatki w wysokości 923.918,31 zł, które zaliczyła do wartości niematerialnych i prawnych, jako koszty rozszerzenia spółki akcyjnej.
Dodatkowo Skarżąca poniosła - będące przedmiotem sporu - wydatki związane z gwarantowaniem emisji publicznej akcji serii "D" na kwotę łączną 11.119.409,51 zł. Podstawą poniesienia spornych wydatków była umowa z dnia 10 grudnia 1996 r. o gwarantowanie objęcia akcji serii "D" oraz nabycia akcji serii "C" Spółki B. PH S.A. zawarta pomiędzy B. PH S.A. /Emitent/, B.I. sp. z o.o. /Sprzedający/ a Gwarantami: W.B.V. z/s w Amsterdamie /Holandia/ oraz P. Bankiem S.A. z/s w W.
Jak wynika z par. 6 powołanej umowy wynagrodzenie należne Gwarantom z tytułu gotowości do objęcia akcji serii "D" zostało ustalone w wysokości 1.020.000,00 zł.
Na mocy aneksu z dnia 4 lutego 1997 r. do powołanej umowy z dnia 10 grudnia 1996 r. ustanowiono dodatkowe wynagrodzenie należne Gwarantom w przypadku gdy cena emisyjna akcji serii "D" zostanie ustalona na poziomie wyższym niż 34 zł za akcję.
Ostatecznie Zarząd Skarżącej ustalił cenę emisyjną akcji serii "D" na poziomie 58 zł za akcję. W efekcie, wynagrodzenie przysługujące Gwarantom na mocy umowy oraz aneksu do niej wynosiło - jak wykazano w decyzji Izby Skarbowej - 11.146.800,00 zł, natomiast wydatki poniesione przez Skarżącą z powyższego tytułu wynosiły 11.119.409,51 zł.
W dniu 5 maja 1997 r. Zarząd Skarżącej podjął uchwałę w sprawie sposobu rozliczenia spornych kosztów gwarancji /11.119.409,51 zł/, zgodnie z którą okres rozliczenia kosztów gwarancji publicznej subskrypcji akcji serii "D" w kwocie 11.119.409,51 zł ustalono na 25 lat.
Na podstawie podjętej uchwały Skarżąca zaliczyła do kosztów uzyskania przychodów roku podatkowego 1997 kwotę 333.582,15 zł.
Następnie we wniosku o stwierdzenie nadpłaty z dnia 16 listopada 2000 r. wystąpiła o skorygowanie przyjętego sposobu rozliczania kosztów poniesionych z tytułu gwarantowania publicznej subskrypcji akcji serii "D". Podatnik domagał się rozliczenia poniesionych kosztów gwarancji emisji nie - jak to pierwotnie uczynił - poprzez międzyokresowe rozliczenia kosztów w przeciągu 25 lat, lecz w przeciągu 5 lat, poprzez odpisy amortyzacyjne od wartości niematerialnych i prawnych.
Urząd Skarbowy w S. w decyzji z dnia 29 października 2001 r. kwestionował sposób rozliczania wydatków z tytułu gwarancji emisji akcji poprzez sukcesywne odpisywanie spornych wydatków w przeciągu 25 lat w koszty uzyskania przychodu Skarżącej. Jednocześnie ustosunkowując się do wniosku o stwierdzenie nadpłaty Urząd Skarbowy uznał, iż sporne koszty nie mogą zostać zakwalifikowanie do wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji podatkowej w okresie 5-letnim na podstawie par. 3 ust. 2 pkt 1 lit. "b" rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 17 stycznia 1997 r. w sprawie amortyzacji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych /Dz.U. 1997 nr 6 poz. 35 ze zm./.