Organ wyraził przy tym spostrzeżenie, że rozpoznając sprawę należy oddzielić zagadnienie dotyczące udzielenia pomocy de minimis przez podmioty udzielające pomocy, od kwestii formy, treści, terminu i sposobu wydawania zaświadczenia stwierdzającego, że udzielona pomoc jest pomocą de minimis. Obowiązek wydawania zaświadczeń o pomocy de minimis, zgodnie z przepisem art. 5 ust. 3 ustawy z dnia 30 kwietnia 2004 r. o postępowaniu w sprawach dotyczących pomocy publicznej (Dz. U. Nr 123, poz. 1291) spoczywa na podmiocie udzielającym pomocy. Stosownie do przepisu art. 2 pkt 12 tej ustawy jest to organ administracji publicznej lub inny podmiot, który jest uprawniony do udzielania pomocy publicznej, w tym przedsiębiorca publiczny. Ustawa nie normuje dodatkowych kwestii związanych z zakresem i trybem realizacji obowiązku wydania zaświadczenia o pomocy de minimis. Zagadnienia te w chwili obecnej (w odniesieniu do pomocy udzielanej w ramach ulg i zwolnień podatkowych) w rozporządzeniu Rady Ministrów z dnia 20 marca 2007 roku w sprawie zaświadczeń o pomocy de minimis i pomocy de minimis w rolnictwie lub rybołówstwie (Dz.U. nr 53 poz. 354) oraz ogólnych zasadach określonych w Dziale VII A Ordynacji podatkowej. Wskazać też trzeba, że do pomocy publicznej przeznaczonej dla przedsiębiorców prowadzących zakłady pracy chronionej stosuje się uregulowania Unii Europejskiej dotyczące pomocy publicznej, w tym art. 87 Traktatu ustanawiającego Wspólnotę Europejską, określający definicję pomocy publicznej oraz odpowiednie rozporządzenia Komisji (WE). Do pomocy publicznej w rozumieniu wyżej powołanego przepisu, związanej z wydatkowaniem kwot uzyskanych przez pracodawców prowadzących zakłady pracy chronionej z tytułu zwolnień z podatków i opłat, wymienionych w art. 31 ust 1 ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych, dotychczas znajdowało zastosowanie rozporządzenie Komisji (WE) nr 69/2001 z dnia 12 stycznia 2001 r. w sprawie zastosowania art. 87 i 88 Traktatu WE w odniesieniu do pomocy w ramach zasady de minimis (Dz.U. UE L z dnia 13 stycznia 2001 r. ze zm.) oraz rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie szczegółowych warunków udzielania pomocy de minimis przedsiębiorcom prowadzącym zakłady pracy chronionej (Dz. U. nr 98, poz. 989), a także rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 11 sierpnia 2004 r. w sprawie zaświadczeń o pomocy de minimis. Rozporządzenie to - zgodnie z § 1 pkt 6 i § 3 ust. 2 określało warunki udzielania pomocy de minimis m.in. objętej art. 7 ust. 2 pkt 4 ustawy o podatkach i opłatach lokalnych. Podstawą zakwalifikowania pomocy jako pomocy de minimis - w przypadku, gdy jej uzyskanie było uzależnione wyłącznie od spełnienia przesłanek określonych w aktach prawnych wymienionych w § 1, bez konieczności wydania decyzji przez organ udzielający pomocy - było zaświadczenie wydane przez właściwy organ podatkowy. Prezydent Miasta G., mimo że nie był podmiotem udzielającym pomocy, bowiem zwolnienie dla zakładów pracy chronionej przysługiwało z mocy prawa, dysponował wiedzą na temat pełnej kwoty zwolnienia wynikającego z ustawowego zwolnienia i wydał pierwotne zaświadczenia - na podstawie § 4 pkt 2 rozporządzenia w sprawie zaświadczeń o pomocy de minimis.