Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gorzowie Wielkopolskim w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Jacek Niedzielski Sędziowie Sędzia WSA Krystyna Skowrońska-Pastuszko Asesor WSA Anna Juszczyk-Wiśniewska(spr.) Protokolant Marta Surmacz-Buszkiewicz po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 27 września 2007 r. sprawy ze skargi "R" S.A. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej z dnia [...] r. nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2000 r. oddala skargę.
Postanowieniem z dnia [...] sierpnia 2001 r. organ kontroli skarbowej wszczął postępowanie kontrolne wobec [...] S.A. w zakresie rozliczeń z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za rok 2000. W oparciu o zebrany materiał dowodowy Inspektor Kontroli Skarbowej [...] r. wydał decyzję nr [...] określającą wysokość zaległości podatkowej powstałej z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2000 r. w kwocie 3.291.761 zł. Od powyższej decyzji Spółka pismem z 11 stycznia 2002 r. wniosła odwołanie. W dniu 24 maja 2002 r. decyzją nr [...] Izba Skarbowa uchyliła zaskarżoną decyzję i skierowała sprawę do ponownego rozpatrzenia, wskazując że zebrany materiał dowodowy nie jest wystarczający do merytorycznego rozstrzygnięcia sprawy. Organ uznał uznając za konieczne m.in. zbadanie prawidłowości opodatkowania dywidendy wypłaconej w Luksemburgu.
Po ponownym rozpatrzeniu sprawy Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej, po wszczęciu postanowieniem z dnia 28 sierpnia 2003 r. postępowania podatkowego, decyzją z [...] września 2003 r. nr [...] określił zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za 2000 r. w wysokości 3.573.676 zł. Od ww. decyzji pełnomocnik Spółki wniósł odwołanie do Dyrektora Izby Skarbowej, w którym zażądał jej uchylenia w części dotyczącej wymiaru podatku z tytułu zaniżenia dochodu do opodatkowania o kwotę 17.176.495,27 zł stanowiącą stratę jaką Spółka poniosła na sprzedaży akcji. Decyzją z dnia [...] stycznia 2004 r. Nr [...] Dyrektor Izby Skarbowej uchylił wskazaną decyzję przekazując sprawę do ponownego rozpatrzenia.
Decyzją z [...] maja 2004 r. nr [...] Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej określił zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 2000 r. w wysokości 4.269.538 zł. Od ww. decyzji Pełnomocnik Spółki wniósł odwołanie do Dyrektora Izby Skarbowej, w którym zażądał jej uchylenia w części dotyczącej wymiaru podatku w związku z pominięciem przez organ I instancji przychodów i kosztów, dotyczących obrotu akcjami Spółki [...] z siedzibą w Luksemburgu. Dyrektor Izby Skarbowej decyzją z [...] października 2004 r. nr [...] ponownie uchylił decyzję organu I instancji i przekazując sprawę do ponownego rozpatrzenia wskazał na konieczność uzupełnienia zgromadzonego materiału dowodowego poprzez:
- ponowne zwrócenie się do Ministerstwa Finansów o podjęcie działań mających na celu ustalenie stanu faktycznego w zakresie obrotu akcjami [...],
- przesłuchanie członków zarządu [...] S.A., odnośnie podjętych uchwał dotyczących zakupu akcji,
- przesłuchanie pracowników [...] w Warszawie,
- wyjaśnienie, czy otrzymał dywidendę i w jakiej wysokości również drugi udziałowiec, tj. [...] w Warszawie.
W dniu 15 listopada 2004 r. podatnik zaskarżył wskazaną decyzję do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gorzowie Wlkp. Sąd wyrokiem z 25 października 2005 r. (sygn. akt I SA/Go 592/05) oddalił skargę podatnika.
W wyniku dalej prowadzonego postępowania Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej decyzją w dniu [...] października 2006 r. wydał decyzję nr [...] określającą zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowego od osób prawnych za rok 2000 spółce akcyjnej [...] w kwocie 3.083.003 zł. Na podstawie zebranego materiału dowodowego ponownie rozpatrując sprawę Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej ustalił następujący stan faktyczny i prawny: