Reasumując tą część rozważań, Sąd stwierdza, że w rozpoznanej sprawie nie może być mowy ani o rażącym, ani o jakimkolwiek innym naruszeniu przepisu art. 21 § 3 O.p., w sytuacji, gdy przepis ten został zastosowany prawidłowo, po wszczęciu postępowania podatkowego w przedmiocie podatku od gier za miesiąc objęty zaskarżoną decyzją, a to w związku z zakwestionowaniem złożonej korekty deklaracji podatkowej.
Stanowisko wyrażone przez Naczelny Sąd Administracyjny, który w wyroku z dnia 9 czerwca 2010 r. sygn. II FSK 1304/09, wskazał: "skoro w wyniku wszczętego przez stronę postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty Prezydent Miasta L. określił zobowiązanie podatkowe w podatku od nieruchomości w wysokości wynikającej z deklaracji złożonej przez podatniczkę w postępowaniu wymiarowym, to tym samym naruszył zasadę skargowości, naruszenie której wśród niektórych przedstawicieli doktryny należy traktować jako rażące naruszenie prawa - art. 247 § 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej" - wbrew sugestiom pełnomocnika - nie potwierdza tezy o rażącym naruszeniu przepisu art. 21 § 3 O.p. Uszło bowiem jego uwadze, że powołany wyrok został wydany, w sytuacji, w której organ podatkowy określił zobowiązanie podatkowe w podatku od nieruchomości w wysokości wynikającej z deklaracji złożonej przez podatniczkę w postępowaniu w sprawie z wniosku o zwrot nadpłaty. W niniejszej sprawie natomiast, określenie zobowiązania nastąpiło w postępowaniu podatkowym, wszczętym postanowieniem z dnia 22 listopada 2010 r. Kwestia zatem rozstrzygnięcia o nadpłacie w ramach wniosku spółki z dnia 8 listopada 2010 r. pozostaje w sferze odrębnego postępowania.
Należy także podkreślić, iż nie jest możliwe orzekanie przez organy podatkowe w sprawie stwierdzenia nadpłaty (pozytywnie lub negatywnie dla wnioskodawcy) bez uprzedniego określenia podatnikowi wysokości zobowiązania podatkowego. Sąd w składzie rozpoznającym niniejszą sprawę ku temu ogólnemu poglądowi generalnie się przychyla. Podkreślić jednak trzeba, że pogląd ten należy odnosić do takich przypadków, w których stan faktyczny wymaga ingerencji organu podatkowego przez władcze (decyzyjne) wypowiedzenie się w tych zakresach. Nadpłata i zobowiązanie podatkowe są przy tym różnymi przedmiotami, co do których istnieją odrębne podstawy prawne orzekania. Z tej przyczyny każdy z nich kwalifikuje się w ujęciu materialnoprawnym do samodzielnego załatwienia, z zastrzeżeniem, że wysokość zobowiązania podatkowego w gruncie rzeczy wyprzedza i determinuje zarazem możliwość oceny istnienia i samej wysokości nadpłaty. Innymi słowy, aby dopuszczalne było decyzyjne rozstrzygnięcie wniosku złożonego w sprawie nadpłaty, konieczne jest najpierw załatwienie sprawy dotyczącej zobowiązania. W konsekwencji prawidłowe jest wszczęcie odrębnego postępowania w przedmiocie określenia zobowiązania podatkowego i wydanie decyzji, tak jak to miało miejsce w okolicznościach faktycznych dotyczących Spółki, a następnie oddzielne załatwienie sprawy dotyczącej nadpłaty (wyrok WSA w Rzeszowie z dnia 24 stycznia 2012 r., sygn. akt I SA/Rz 570/11, orzeczenia.nsa.gov.pl).
Mając na względzie wszystkie przedstawione powyżej okoliczności, uznając skargę za nieuzasadnioną, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie, na zasadzie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270 ze zm.) orzekł o jej oddaleniu.