Sankcja wynikająca z art. 29 ust. 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ powinna być odniesiona wyłącznie do tej części podatku naliczonego, która związana jest ze sprzedażą ewidencjonowaną z naruszeniem przepisu art. 29 ust. 1 ww. ustawy /tj. na rzecz osób fizycznych nie prowadzących działalności gospodarczej oraz osób fizycznych prowadzących działalność gospodarczą w formie indywidualnych gospodarstw rolnych/.
W wyniku kontroli podatkowej, przeprowadzonej przez pracowników Urzędu Skarbowego w S. w dniach 3, 6 i 7 lipca 1998 r., stwierdzono, że Spółka cywilna "C.", prowadząca w 1997 r. działalność gospodarczą w zakresie: wykonywania instalacji sanitarnych, wodno-kanalizacyjnych, centralnego ogrzewania i gazowych na terenie całego kraju; prowadzenia składu opału i materiałów budowlanych - C. w S. oraz sprzedaży hurtowej i detalicznej wyrobów tytoniowych, artykułów przemysłowych, chemicznych i spożywczych - hurtownia i sklep C. w S. - powinna rozpocząć ewidencję obrotu i kwot podatku należnego przy zastosowaniu kas rejestrujących począwszy od 10.02.1998 r. Obowiązku tego nie wykonała. Na podstawie okazanych ewidencji sprzedaży VAT stwierdzono bowiem, że wartość netto sprzedaży dla osób fizycznych nie prowadzących działalności gospodarczej w 1997 r. wyniosła 218.222,38 zł /w tym 96.356,44 zł w punkcie sprzedaży C. w S. i 121.865,94 zł w punkcie sprzedaży C. w S./.
W związku z powyższym Urząd Skarbowy w S. wydał w dniu 6.08.1998 r., m.in. na podstawie art. 10 ust. 1 oraz art. 29 ust. 1 i 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./, decyzję określającą zobowiązanie w podatku od towarów i usług za marzec 1998 r. w innej wysokości niż wynikało to ze złożonej przez spółkę cywilną deklaracji podatkowej VAT-7.
Od decyzji wydanej przez organ podatkowy pierwszej instancji Spółka cywilna "C." złożyła odwołanie do Izby Skarbowej, w którym wnosi o uchylenie decyzji Urzędu Skarbowego. W odwołaniu wspólnicy spółki cywilnej wskazują na trudną sytuację finansową spowodowaną m.in. dwoma włamaniami: w 1996 r. oraz w kwietniu 1998 r. i kradzieżą towaru na kwoty odpowiednio 14.110,00 zł i 15,093,28 zł. Podczas drugiego włamania skradziono także centralkę alarmu, wiertarkę, kalkulatory oraz zniszczono instalację alarmową i oświetleniową. W złożonym odwołaniu Jan B. stwierdził, że pracownicy Urzędu Skarbowego prowadzący w marcu 1998 r. kompleksową kontrolę działalności firmy "C." poinformowali go, że od sierpnia 1998 r. spółka cywilna będzie musiała zakupić kasę fiskalną lub zlikwidować działalność. Ponadto wspólnicy wskazują, że "decyzja Urzędu Skarbowego w S. nakłada na towar skradziony niejako drugi podatek w kwocie 4.265,00 zł plus odsetki od zaległości".
Izba Skarbowa w K. decyzją z dnia 19.11.1998 r. uchyliła decyzję Urzędu Skarbowego w S. w całości i określiła za miesiąc marzec 1998 r.:
- zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług w wysokości 84,00 zł,
- zaległość podatkową w wysokości 84,00 zł,
- odsetki za zwłokę naliczone od zaległości podatkowej na dzień wydania decyzji przez organ podatkowy pierwszej instancji w wysokości 12,00 zł.
W uzasadnieniu decyzji stwierdziła, że Urząd Skarbowy określił zobowiązanie podatkowe i zaległość podatkową w podatku od towarów i usług oraz kwotę odsetek od zaległości podatkowej przyjmując podatek naliczony według ewidencji zakupów VAT pomniejszony o 30 procent oraz podatek należny wykazany w ewidencji sprzedaży VAT. Sankcja wynikająca z art. 29 ust. 2 powołanej wyżej ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. powinna być odniesiona wyłącznie do tej części podatku naliczonego, która związana jest ze sprzedażą ewidencjonowaną z naruszeniem przepisu art. 29 ust. 1 ww. ustawy /tj. na rzecz osób fizycznych nie prowadzących działalności gospodarczej oraz osób fizycznych prowadzących działalność gospodarczą w formie indywidualnych gospodarstw rolnych/.