Art. 11b ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ ma zastosowanie tylko do sytuacji, w której obliczenie podatków z tytułu importu nastąpiło w trybie przewidzianym w art. 11 ust. 2 tej ustawy, tzn. gdy po sprawdzeniu kwot podatków wykazanych przez podatnika w zgłoszeniu celnym, organ celny uznał je za nieprawidłowe i w związku z tym obliczył te podatki w innej wysokości i wykazał w zgłoszeniu celnym, a także wtedy, gdy organ celny uznał, że import danego towaru podlega opodatkowaniu i obliczył podatek, mimo że podatnik zgłosił go jako niepodlegający obowiązkowi podatkowemu.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi P. II SA z siedzibą w Ł. na decyzję Izby Skarbowej w Ł. z dnia 21 listopada 2000 r. (...) w przedmiocie odmowy zwrotu podatku od towarów i usług - oddala skargę.
Pismem z dnia 29 lutego 2000 r. Spółka Akcyjna P. II z siedzibą w R. /obecnie w Ł./ wystąpiła do Urzędu Skarbowego w Z. o zwrot podatku VAT "naliczonego" przez Urząd Celny od aportu rzeczowego, stanowiącego założycielski kapitał akcyjny Spółki w kwocie 18.690,50 zł.
Decyzją z dnia 14 czerwca 2000 r. Urząd Skarbowy - powołując się na art. 11b ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym - odmówił zwrotu tego podatku. W uzasadnieniu podano, że stanowiący aport samochód osobowy został sprowadzony w dniu 7 stycznia 2000 r., zaś wpłaty podatku dokonano na rachunek Urzędu Celnego w dniu 10 stycznia 2000 r. Natomiast Spółka złożyła wniosek w dniu 29 lutego 2000 r., a więc z uchybieniem terminu wynikającego z powołanego art. 11b.
W odwołaniu pełnomocnik Spółki podniósł, że sprowadzony samochód był zwolniony od podatku VAT, zaś Urząd Celny pobrał ten podatek bez podstawy prawnej, dopuszczając się pełnej samowoli, nie informując podatnika, w jakim terminie może dochodzić zwrotu tego podatku. Odmowa zwrotu tego podatku z powołaniem się na miesięczny termin z art. 11b i niemożność przywrócenia tego terminu /w dniu 25 maja 2000 r. Spółka wniosła o przywrócenie terminu/ sprawia, że podatnik czuje się oszukany w majestacie prawa, uważając, że poczucie sprawiedliwości wymaga spełnienia tej prośby.
Izba Skarbowa w Ł. wezwała pełnomocnika Spółki do wypowiedzenia się, czy wniosek z dnia 29 lutego 2000 r. jest wnioskiem o wydanie decyzji w sprawie sprostowania obliczenia podatku lub uznania nieistnienia obowiązku podatkowego oraz w sprawie zwrotu niesłusznie pobranej kwoty w trybie art. 11b ustawy o podatku od towarów i usług (...), czy też jest to żądanie stwierdzenia nadpłaty w trybie art. 79 par. 1 Ordynacji podatkowej. Pełnomocnik odpowiedział, że złożone żądanie jest wnioskiem złożonym w trybie art. 11b ustawy o podatku od towarów i usług (...).
Decyzją z dnia 21 listopada 2000 r. Izba Skarbowa utrzymała w mocy decyzję I instancji. W uzasadnieniu podano, że brak precyzji wniosku nie wykluczał możliwości potraktowania go jako żądania stwierdzenia nadpłaty w trybie art. 79 par. 1 Ordynacji podatkowej. Jednakże pełnomocnik strony /adwokat/ wyjaśnił, że jest to wniosek złożony w trybie art. 11b ustawy o podatku od towarów i usług (...). Zatem przyjęty sposób rozpatrzenia sprawy jest właściwy. Ponieważ jednak Spółka złożyła wniosek z uchybieniem terminu określonego w powołanym przepisie. Urząd Skarbowy był obowiązany do odmowy wnioskowanego zwrotu. Izba Skarbowa nie znalazła podstaw do uchylenia decyzji I instancji i wyjaśniła, że nie jest uprawniona do oceny zarzutów podniesionych w stosunku do Urzędu Celnego, zaś odczucia podatnika, wobec bezspornego faktu uchybienia terminu, nie mogą mieć wpływu na rozpatrzenie sprawy.
W skardze do sądu administracyjnego Spółka zarzuciła naruszenie par. 69 pkt 3 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 grudnia 1999 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 109 poz. 1024; prawidłowo powinno być 1245/. Natomiast w uzasadnieniu skargi podniosła, że termin określony w art. 11b ustawy o podatku od towarów i usług jest terminem procesowym, a nie terminem prawa materialnego, jak błędnie przyjęły organy podatkowe. Spółka wystąpiła z wnioskiem o przywrócenie terminu zgodnie z art. 162 par. 2 Ordynacji podatkowej. Termin ten powinien być przywrócony i w konsekwencji decyzję o odmowie zwrotu podatku VAT należy uznać za bezpodstawną.