Przez osobę prawną powstałą w wyniku połączenia się osób prawnych, o której mowa w art. 93 par. 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm.; w stanie prawnym obowiązującym do dnia 31 grudnia 2000 r./, wstępującą we wszelkie przewidziane w przepisach prawa podatkowego prawa i obowiązki łączących się osób prawnych, należy rozumieć także osobę prawną, która - łącząc się przez przejęcie /inkorporację/ - jako przejmująca przejęła majątek innej osoby.
Naczelny Sąd Administracyjny uznał zasadność skargi Spółki z o.o. "Z." na decyzję Izby Skarbowej w (...) z dnia 28 kwietnia 2001 r. w przedmiocie odmowy zwrotu różnicy podatku od towarów i usług za styczeń 2000 r. i na podstawie art. 22 ust. 1 pkt 1 i ust. 2 pkt 1 oraz art. 55 ust. 1 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym /Dz.U. nr 74 poz. 368 ze zm./ uchylił zaskarżoną decyzję, a także zasądził od Izby Skarbowej na rzecz skarżącej Spółki pięć tysięcy sto siedemdziesiąt sześć złotych osiemdziesiąt groszy tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Zaskarżoną decyzją Izba Skarbowa w Ł. utrzymała w mocy decyzję Urzędu Skarbowego w S. z dnia 29 grudnia 2000 r. odmawiającą Spółce z o.o. "Z." w S. zwrotu różnicy podatku od towarów i usług w kwocie 108.836 zł wykazanej w deklaracji VAT-7 za styczeń 2000 r. złożonej przez Spółkę z o.o. "P.-Z.".
W uzasadnieniu podano, że 25 lutego 2000 r. Spółka z o.o. "P.-Z." złożyła w urzędzie skarbowym deklarację VAT-7 za styczeń 2000 r., a następnie pismem z 3 marca 2000 r. poinformowała o połączeniu spółek "P.-Z." i "Z." w dniu 1 marca 2000 r. Z postanowienia Sądu Rejonowego w Skierniewicach z 1 marca 2000 r. o wykreśleniu Spółki "P.-Z." z rejestru handlowego wynika, że na mocy uchwał nadzwyczajnych zgromadzeń wsporników dokonano połączenia wymienionych spółek. Połączenie nastąpiło w sposób określony w art. 283 pkt 1 Kh, tj. przez przejęcie; spółką przejmującą jest "Z.". Przepis art. 25 ust. 3 ustawy o podatku od towarów i usług wyklucza możliwość zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym po wykreśleniu podatnika z rejestru. Przepisu tego nie zmienia art. 93 par. 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej, w którym została ustalona zasada, że - jeżeli odrębne przepisy nie stanowią inaczej - osoba prawna powstała w wyniku przekształcenia innej osoby prawnej bądź połączenia się osób prawnych wstępuje we wszystkie przewidziane w przepisach podatkowych prawa i obowiązku przekształconej osoby prawnej albo każdej z łączących się osób prawnych. Ustawa o podatku od towarów i usług, zawierająca przepisy prawa materialnego, nie dopuszcza bowiem przeniesienia prawa do odliczenia podatku naliczonego bądź prawa do otrzymania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym na inny podmiot niż ten, który został uprawniony do skorzystania z tego prawa. Nie mają tutaj żadnego znaczenia okoliczności bądź przyczyny wykreślenia podatnika z rejestru, o którym mowa w art. 9 ustawy o podatku od towarów i usług. Przepis art. 25 ust. 3 ani żaden inny tej ustawy nie pozwalają na dokonanie zwrotu podatku wykazanego w deklaracji innemu podatnikowi niż ten, któremu przysługiwało prawo określone w art. 19 ustawy.
W skardze Spółka "Z." zarzuciła naruszenie art. 19, art. 21 ust. 2 i art. 25 ust. 3 ustawy o VAT, art. 93 par. 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej i art. 285 par. 3 Kodeksu handlowego. Podniosła, że Spółka "P.-Z." skutecznie nabyła prawo do zwrotu różnicy podatku w styczniu 2000 r., które następnie z mocy prawa przeszło na Spółkę "Z.". Podstawą prawną sukcesji uniwersalnej jest art. 285 par. 3 Kh; nie różnicuję on praw i obowiązków przechodzących na spółkę przejmującą w zależności od ich charakteru - cywilnoprawnego lub administracyjnego. Podstawą sukcesji prawa do zwrotu różnicy jest również art. 93 par. 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej. Izba Skarbowa błędnie przyjęła, jakoby art. 25 ust. 3 ustawy o VAT był przepisem szczególnym wobec niego.
Odpowiadając na skargę. Izba Skarbowa wniosła o jej oddalenie, podtrzymując stanowisko, że zasada sukcesji generalnej praw i obowiązków podatkowych /art. 93 par. 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej/ została ograniczona przez art. 25 ust. 3 ustawy o VAT.