Jeśli koszty wynajęcia nieruchomości miały bezpośredni związek z osiągniętym przez najemcę przychodem, a podwyższenie wysokości czynszu uzasadnione było zmniejszeniem innych obciążeń najemcy związanych z tą nieruchomością, to zakwestionowanie części kosztów najmu nie znajduje oparcia w przepisach o podatku dochodowym. Tym samym nie mogło być dokonane zmniejszenie podatku naliczonego obniżającego podatek należny o kwotę ustaloną od podwyższonego czynszu.
W umowie najmu nieruchomości zawartej między powiązanymi spółkami z o.o. /wynajmująca spółka była głównym udziałowcem najemcy/, strony ustaliły czynsz w wysokości 6.500 zł netto, natomiast aneksem, cztery miesiące później, czynsz podwyższony został do kwoty 11.500 zł netto.
W ocenie Inspektora Kontroli Skarbowej kwota 5.000 zł, o którą podwyższono czynsz, nie stanowiła u najemcy kosztu uzyskania przychodów w rozumieniu art. 15 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, gdyż zwiększenie czynszu nastąpiło bez wyraźnego uzasadnienia przy wykorzystaniu związku o charakterze kapitałowym i osobowym, a miało na celu zwiększenie kosztów u najemcy bez zwiększenia jego przychodów. Zdaniem Inspektora, treść umowy najmu oraz aneksu naruszały art. 11 ust. 1 cytowanej ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych poprzez ustalenie warunków różniących się od tych, jakie ustaliłyby podmioty niezależne, w szczególności poprzez narzucenie Spółce najmującej konieczności wynajęcia całej nieruchomości już w momencie jej utworzenia, gdy działalność z wykorzystaniem tej nieruchomości rozpoczęła dopiero dwa miesiące od podpisania aneksu do umowy najmu. W ocenie Inspektora, cena za najem 6.500 zł nie była zaniżona, stąd jej podwyższenie do 11.500 zł nie znajdowało uzasadnienia.
W związku z powyższym Inspektor dokonał zmiany rozliczenia podatku od towarów i usług za poszczególne okresy 1999 r., ponieważ uznał, iż Spółka z o.o. zawyżyła koszty uzyskania przychodów związane z zakupem usług i najmu nieruchomości oraz - co się z tym wiąże - zawyżyła podatek naliczony.
W ocenie natomiast organu odwoławczego, dla zakwestionowania jako kosztu uzyskania przychodów kwoty 5.000 zł, o którą podwyższono czynsz najmu, nie miał znaczenia związek pomiędzy wynajmującym a najemcą, którego istnienie Inspektor jedynie wskazał, a Spółka nie kwestionowała, lecz wykazanie, że podwyżka czynszu nie miała bezpośredniego związku z wielkością uzyskanego przychodu. Zdaniem Izby, koszty najmu nieruchomości nie dawały efektu we wzroście przychodów, bowiem działalność gospodarcza Spółki w analizowanym okresie /1998 r. i w 1999 r./ zamknęła się stratą. To oznacza, że ponosiła ona koszty nieracjonalne i nieuzasadnione, a w toku postępowania nie przedstawiła rzeczowych argumentów na celowość wydatków mających zabezpieczyć źródło przychodu. Z tego względu podatek naliczony związany z zakupem usługi najmu nie mógł pomniejszać podatku należnego na podstawie art. 25 ust. 1 pkt 3 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./.
W skardze do Naczelnego Sądu Administracyjnego Spółka wywodziła, że kwestionowanie aneksu do umowy najmu nieruchomości, na której prowadzona jest działalność gospodarcza nie znajduje uzasadnienia, bowiem koszt najmu był bezpośrednio związany z przychodami osiągniętymi z tej działalności, a podwyższenie czynszu nastąpiło przy równoczesnym przejęciu przez wynajmującego obciążeń związanych z nieruchomością, które zgodnie z pierwotną treścią umowy ponosił najemca.