Skoro dokonanie zgłoszenia rejestracyjnego w określonym terminie jest obowiązkiem podatnika podatku od towarów i usług, na nim też spoczywa ciężar wykazania, że obowiązek ten spełnił.
Zaskarżoną decyzją z dnia 14 stycznia 1999 r., po rozpatrzeniu odwołania Marka D. od decyzji Trzeciego Urzędu Skarbowego z dnia 10 września 1998 r., dotyczącej zmiany rozliczenia podatku od towarów i usług za okres od lipca do grudnia 1997 r. i ustalającej dodatkowe zobowiązanie za te miesiące, Izba Skarbowa uchyliła decyzję organu I instancji w części ustalającej dodatkowe zobowiązanie podatkowe za miesiące lipiec-grudzień 1997 r., w pozostałej zaś części decyzję organu I instancji utrzymała w mocy.
W uzasadnieniu powyższej decyzji podano, iż w wyniku przeprowadzonej kontroli podatkowej oraz postępowania podatkowego w zakresie prawidłowości rozliczania przez Marka D. podatku od towarów i usług za okres od maja 1997 r. do kwietnia 1998 r. organ podatkowy I instancji stwierdził, że podatnik nie złożył zgłoszenia rejestracyjnego, odliczał zaś podatek naliczony. Ustalenie to spowodowało wydanie przez ten organ decyzji z dnia 10 września 1998 r., korygującej rozliczenie podatku od towarów i usług za okres od lipca do grudnia 1997 r. zgodnie z przepisami ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym.
Nie zgadzając się z rozstrzygnięciem organu I instancji podatnik wniósł odwołanie, podnosząc, że złożył zgłoszenie rejestracyjne, jednak odmówiono mu potwierdzenia tego faktu na kopii zgłoszenia, wniósł także o przeprowadzenie dodatkowego postępowania dowodowego.
Izba Skarbowa stwierdziła jednak, że stan faktyczny sprawy i materiał dowodowy zgromadzony w sprawie nie pozwalają na uwzględnienie argumentacji odwołującego się. Przede wszystkim brak jest w dokumentacji podatkowej sprawy zgłoszenia rejestracyjnego VAT-R, które podatnik obowiązany był złożyć w Trzecim Urzędzie Skarbowym przed dniem dokonania pierwszej czynności podlegającej opodatkowaniu podatkiem VAT, o czym stanowi art. 9 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym. Stąd nie był on uprawniony do wystawiania, otrzymywania faktur VAT, a także do obniżania, zgodnie z art. 19 ustawy, kwoty podatku należnego o kwoty podatku naliczonego przy zakupie towarów i usług, co wynika z art. 25 ust. 3 ustawy, zgodnie z którym prawo to nie przysługuje podatnikom, którzy nie dokonali zgłoszenia rejestracyjnego. O nieistnieniu zgłoszenia rejestracyjnego odwołującego się przesądza brak takiego dokumentu w aktach podatkowych zgromadzonych w sprawie, nie posiada go ani Trzeci Urząd Skarbowy, ani też Pierwszy Urząd Skarbowy, co potwierdził on pismem z dnia 15 maja 1998 r., które jest dokumentem urzędowym. Również podatnik nie dysponuje kopią dokumentu /druku/ zgłoszenia rejestracyjnego VAT-R, który byłby potwierdzony przez urząd skarbowy. Złożony do akt egzemplarz VAT-R potwierdzenia takiego nie posiada, brak jest także daty jego wypełnienia, /poz. 53 formularza/.
W dniu 14 grudnia 1998 r. strona wniosła o przeprowadzenie dodatkowego postępowania wyjaśniającego - przesłuchania świadka M.S., do czego organ odwoławczy przychylił się. Świadek ten stwierdził, że w kwietniu 1997 r. był w urzędzie skarbowym przy dokonywaniu przez odwołującego się zgłoszenia rejestracyjnego. Dowód ten nie został jednak uznany za wiarygodny, bowiem świadek nie widział druków rejestracyjnych, a swoje zeznania oparł na informacji uzyskanej od M.D.