Stosownie do art. 25 ust. 3 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku nie stosuje się również do podatników, którzy nie dokonali zgłoszenia rejestracyjnego lub zostali wykreśleni z rejestru, o którym mowa w art. 9 tej ustawy.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi L. S. na decyzję Izby Skarbowej w L. z dnia 29 czerwca 2000 r. (...) w przedmiocie odmowy zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w podatku od towarów i usług - skargę oddala.
Zaskarżoną decyzją z dnia 29 czerwca 2000 r. (...) Izba Skarbowa w L., na podstawie art. 233 par. 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej po rozpatrzeniu odwołania L. S. od decyzji Trzeciego Urzędu Skarbowego w L. z dnia 20 marca 2000 r. (...) w przedmiocie odmowy dokonania zwrotu na rachunek bankowy nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w kwocie 7.321 zł wykazanej w deklaracji VAT-7 za miesiąc styczeń 2000 r. - utrzymała w mocy decyzję organu I instancji.
W uzasadnieniu zaskarżonej decyzji Izba Skarbowa podniosła, iż w toku postępowania ustalono, że dnia 25 lutego 2000 r. Spółka "V." złożyła do Trzeciego Urzędu Skarbowego w L. deklaracje VAT-7 za styczeń 2000 r., wykazując kwotę do zwrotu - 7.321 zł. W dniu tym Spółka była już wykreślona z rejestru podatników podatku VAT, bowiem w dniu 22 lutego 2000 r. złożyła w tym Urzędzie zgłoszenie o zaprzestaniu wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. W związku z tym w oparciu o przepis art. 25 ust. 3 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. organ I instancji odmówił dokonania zwrotu podatku VAT za miesiąc styczeń 2000 r.
W odwołaniu od decyzji organu I instancji L. S. - były wspólnik Spółki "V." podnosił, iż deklaracja VAT-Z podpisana została tylko przez jednego wspólnika, co było niezgodne z par. 6 pkt 2 umowy spółki, a zatem prawnie nieskuteczne.
Izba Skarbowa rozpatrując odwołanie stwierdziła, iż stosownie do art. 865 par. 1 Kc, każdy wspólnik jest uprawniony i zobowiązany do prowadzenia spraw Spółki. Prowadzenie spraw Spółki oznacza dokonywanie wszystkich czynności faktycznych i prawnych potrzebnych do osiągnięcia celu Spółki. Wszystkie czynności przed organami podatkowymi od momentu dokonania zgłoszenia VAT-R m.in. NIP-B, deklaracje VAT-7, upoważnienie dla Biura Rachunkowego oraz VAT-Z podpisane są przez jednego wspólnika - L. S. Czynności te były podejmowane na przestrzeni kilku lat działalności spółki "V.". Zachowanie L. S. na przestrzeni tego okresu nie przekraczało zakresu zwykłych czynności Spółki. Podpisanie więc deklaracji nie jest sprzeczne z par. 6 pkt 2 umowy spółki, zwłaszcza że użyte w niej sformułowanie "zakres zwykłych czynności spółki" nie zostało w umowie doprecyzowane. W aktach znajduje się oświadczenie z dnia 1 marca 2000 r. z którego wynika, że Spółka została rozwiązana, a remanent końcowy wyniósł 0. Nie można zatem zgodzić się z odwołującym, że Spółka nadal jest podatnikiem podatku VAT. Decyzja Urzędu Miejskiego w L., na którą powołuje się strona nie ma decydującego znaczenia w niniejszej sprawie. W tej sytuacji decyzja organu I instancji była zasadna, co prowadziło do jej utrzymania w mocy.
W skardze na powyższą decyzję wniesionej do Naczelnego Sądu Administracyjnego - L. S. nie precyzował zarzutów ani wniosków.
Podnosił, iż oczywistym jest, że wykreślenie Spółki z rejestru podatników podatku VAT przed otrzymaniem zwrotu nadwyżki podatku związane było z uzyskaniem błędnej informacji w Urzędzie Skarbowym, że zamknięcie Spółki w lutym, gdy okresem rozliczeniowym jest styczeń nie spowoduje wstrzymania wypłaty. W przeciwnym razie Spółka czekałaby z rozwiązaniem na zwrot nadwyżki. Rozwiązanie Spółki nie jest czynnością zwykłego zarządu i nie jest równoznaczne ze składaniem deklaracji VAT-7, czy umową z Biurem Rachunkowym. W okresie po zgłoszeniu zaprzestania wykonywania czynności opodatkowanych VAT złożył zgłoszenie o zmianie adresu Spółki i otrzymał nowy NIP identyczny z dotychczasowym, co utwierdziło go w przekonaniu, iż uznano kontynuację działalności Spółki, a nie rejestrację nowej. Dlatego deklaracje składane były w innym Urzędzie Skarbowym.