Z analizy art. 14 ust. 3 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych w /t.j. Dz.U. 1993 nr 106 poz. 482 ze zm./ wynika, że urząd skarbowy /organ kontroli skarbowej/ powinien dysponować więcej niż jedną - to jest kilkoma, lecz co najmniej dwoma opiniami biegłych.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi (...) Fabryki Maszyn Rolniczych S.A. w L. na decyzję Izby Skarbowej w L. z dnia 13 lipca 1999 r. (...) w przedmiocie określenia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 1996 r. - uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Inspektora Kontroli Skarbowej w Urzędzie Kontroli Skarbowej w L. z dnia 25 marca 1999 r. (...);
Inspektor Kontroli Skarbowej Maria T.-Ch. w Urzędzie Kontroli Skarbowej w L. decyzją z dnia 25 marca 1999 r. określiła w stosunku do (...) Fabryki Maszyn Rolniczych S.A. w L. należny podatek dochodowy od osób prawnych za rok podatkowy 1996 w wysokości 4.667.015 zł zaległość podatkową w kwocie 4.670.417,20 zł oraz odsetki za zwłokę od tej zaległości w wysokości 6.016,890,10 zł.
W uzasadnieniu tej decyzji podniesiono, że w toku kontroli stwierdzone zostały nieprawidłowości w zakresie:
1/ zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów wydatków związanych z nakładami inwestycyjnymi w ogólnej wysokości 13.102,23 zł. Wydatki te w myśl art. 16 ust. 1 pkt 1 lit. "b" "f" "c" ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. 1993 nr 106 poz. 482 ze zm./ nie mogą być uznane za koszty uzyskania przychodów, gdyż dotyczyły wytworzenia we własnym zakresie środka trwałego /przyłącze kanalizacyjne/ i poniesienia nakładów dotyczących inwestycji rozpoczętych /projekty i dokumentacja inwestycyjna/;
2/ zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów kwoty 21.700 zł, jako równowartość udziałów wniesionych do Spółki z o.o. "B." w L., która została uznana za upadłą.
Postawienie spółki w stan upadłości nie jest sprzedażą udziałów przez kontrolowaną Spółkę, w związku z czym strata na wartości finansowego majątku trwałego w postaci udziałów w Spółce "B." nie może stanowić kosztów uzyskania przychodów /art. 7 ust. 3 i art. 16 ust. 1 pkt 8 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych/;
3/ niezgodnego z prawem dokonywania rozliczeń podatku od towarów i usług, tj. pomniejszenie podatku należnego o podatek naliczony /art. 19 ust. 3 ustawy z dnia 8 stycznia 1997 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym/, w łącznej kwocie 16.268,49 zł;
4/ uzyskanych przychodów ze sprzedaży towarów.
"L". S.A. w L. przeważającą część sprzedaży opierała na umowach handlowych zawieranych z poszczególnymi odbiorcami. Na podstawie dokumentów źródłowych stwierdzono, że w stosunku do "S." S.A. w L., "L." S.A. stosowała bezpodstawnie zaniżone ceny.
Pomiędzy "L." S.A. a "S." S.A. zachodzą powiązania kapitałowe i związki między osobami pełniącymi funkcje zarządzające i nadzorcze /każda z tych Spółek posiada określony procent akcji w drugiej spółce, zaś Leszek K. - prezes "S." S.A. i jej udziałowiec zasiadał w Radzie Nadzorczej "L." S.A., a następnie był Przewodniczącym Rady Nadzorczej "L." S.A/.
Inspektor określiła wartość sprzedaży towarów na rzecz "S." S.A. na poziomie cen stosowanych wobec innych odbiorców w stosunku do których nie występują powiązania kapitałowe i osobowe. W wyniku przeliczeń ilości sprzedanych wyrobów przez różnicę cen stosowanych na wyrobach sprzedawanych po cenach preferencyjnych dla "S." S.A. i innych odbiorców ustalono, że LFMR S.A. zaniżyła przychody ze sprzedaży na rzec "S." S.A. w 1996 r. o ogólną kwotę 198.732.18 zł;
5/ zaniżenia przychodu ze sprzedaży akcji.
W dniu 25 września 1996 r. "L." sprzedała na rzecz "L.-G.", Banku Handlowego i "P.-S." akcje "S." S.A. po cenie 15 zł za jedną akcję, osiągając przychód w kwocie 3.885.300 zł. Przy koszcie transakcji /34.62 zł za 1 akcję/ stanowiącym ogółem 8.899.900 zł, strata na sprzedaży akcji wyniosła 5.044.600 zł. Przychody ze sprzedaży tych akcji zostały zaniżone na 1 akcji o kwotę 62,50 zł /cena rynkowa - 77.50 zł, cena sprzedaży - 15 zł./ Ogółem zaniżono przychód ze sprzedaży w kwocie 16.063.750 zł.