Zaskarżonej decyzji zarzuciła naruszenie prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, tj. art. 2, art. 3 rozporządzenia Rady (EWG) nr 2658/87 z dnia 23 lipca 1987 r. w sprawie nomenklatury taryfowej i statystycznej oraz w sprawie Wspólnej Taryfy Celnej, a także Reguły 2b w zw. z Regułą 3c Ogólnych Reguł Interpretacji Nomenklatury Scalonej z rozporządzenia Rady (EWG) nr 2658/87 z dnia 23 lipca 1987 r. oraz art. 29 ust. 13 ustawy o podatku od towarów i usług, a ponadto naruszenie przepisów postępowania podatkowego, które miało istotny wpływ na wynik sprawy tj. art. 120, art. 121 § 1, art. 122, art. 180 § 1, art. 191 i art. 210 § 4 Ordynacji podatkowej.
W uzasadnieniu skargi podniesiono, że Minister Finansów w obwieszczeniu z dnia 1 czerwca 2006 r. w sprawie wyjaśnień do Taryfy celnej, zgodnym z rozporządzeniem Komisji (WE) nr 1549/2006, zmieniającym załącznik nr 1 do rozporządzenia Rady (EWG) nr 2658/87 w sprawie Wspólnej Taryfy Celnej, podał, iż Tabela stawek celnych, sekcja V, dział 27 "Paliwa mineralne, oleje mineralne i produkty ich destylacji; substancje bitumiczne; woski mineralne", w dziale 2711 obejmuje mieszaniny propanu z butanem. W ocenie Spółki, w żadnym wypadku nie można z analizy podgrupy 2711 wyciągnąć wniosku, jakoby inny węglowodór - tj. np. butan dla propanu lub propan dla butanu, był zanieczyszczeniem. Nazwa podgrupy 2711 - "Gazy ziemne i pozostałe węglowodory gazowe" dotyczy węglowodorów i w ocenie Spółki nie ma sensu postrzeganie - jak czynią to organy - że gaz butan może być w kodzie 27 11 12 "zanieczyszczeniem" propanu, a w kodzie np. 27 11 13 to propan będzie zanieczyszczeniem butanu. Przy takim rozumieniu Taryfy Celnej, zdaniem skarżącej, należałoby zrezygnować z pozycji 27 11 12 lub 27 11 13, bo jedna z nich nie ma racji bytu.
Stanowisko, iż sekcja 2711 Nomenklatury Scalonej została poświęcona w szczególności propanowi i butanowi o różnych stopniach czystości, gdzie zanieczyszczeniami nie są inne węglowodory, potwierdza okoliczność, że żadna pozycja progów czystości propanu lub butanu nie wspomina o mieszaninach z innymi węglowodorami gazowymi, a w szczególności propanu z butanem. Zdaniem Spółki, pozycja CN 27 11 19 00 00 dotyczy mieszanin propanu z butanem, w dowolnych proporcjach. W przeciwnym przypadku pozycja ta nie miałaby sensu, ponieważ takie mieszaniny mieściłyby się w odpowiednich pozycjach poświęconych propanowi lub butanowi, z zaznaczeniem progów proporcji, kiedy dana mieszanina jest bliższa propanowi, a kiedy butanowi.
Spółka podniosła, że przyjęcie przez organ odwoławczy kryterium ilościowego jest rażąco sprzeczne z treścią Ogólnych reguł i not wyjaśniających do tych Reguł. Reguła 3b jako jedyny, ekskluzywny faktor rozstrzygający o przyporządkowaniu danej mieszaniny do kodu celnego jednego ze składników mieszaniny, podaje bowiem okoliczność decydowania o zasadniczym charakterze wyrobu, w sensie cech fizykochemicznych, nie zaś kryterium ilościowe. W ocenie Spółki Reguła 3b odsyłająca do Reguły 3c nie znajduje w sprawie zastosowania, ponieważ żaden ze składników mieszaniny propan - butan nie nadaje tej mieszaninie zasadniczego charakteru, co zresztą organ przyznał. Ponadto zarzuciła organowi, że w istocie nie podaje co mieści się pod kodem celnym CN 27 11 19 00 00.