Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Zofia Skrzynecka, Sędziowie Sędzia WSA Wiesława Pierechod (spr.),, Sędzia WSA Renata Kantecka, Protokolant Krzysztof Dzieliński, po rozpoznaniu w Olsztynie na rozprawie w dniu 3 lutego 2010r. sprawy ze skargi spółki A na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej z dnia "[...]" nr "[...]" w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych oddala skargę
Zaskarżoną decyzją z dnia "[...]" Dyrektor Izby Skarbowej, po rozpoznaniu odwołania Spółki A. od decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego z dnia "[...]" Nr "[...]", odmawiającej stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 205.019 zł, utrzymał w mocy decyzję organu I instancji.
Z akt sprawy wynikało, iż Nadzwyczajne Walne Zgromadzenie Spółki A podjęło, aktem notarialnym z dnia 29 października 2007r. (Rep. A Nr 21079/2007), sporządzonym przez notariusza R. B., uchwały o: połączeniu ze Spółką B (poprzez przejęcie) na warunkach określonych w Planie Połączenia, uzgodnionym w dniu 30 maja 2007r. oraz podwyższeniu kapitału zakładowego (uchwała nr 1), zmianie statutu Spółki (uchwała nr 2), przyjęciu tekstu jednolitego statutu Spółki (uchwała nr 3). Na skutek podjętej uchwały nr 1 nastąpiło podwyższenie kapitału zakładowego Spółki A z kwoty 86.286.857,50 zł do kwoty 164.897.688,85 zł, tj. o kwotę 78.610.831,35 zł.
Notariusz jako płatnik, powołując się na art. 7 ust.1 pkt 9 w zw. z art. 6 ust. 9 pkt 1, 2 i 3 ustawy z dnia 9 września 2000r. o podatku od czynności cywilnoprawnych, pobrał podatek od czynności cywilnoprawnych według stawki 0,5% w kwocie 205.019 zł, od nadwyżki ponad kapitał zakładowy Spółki Przejmowanej, wynoszącej 41.015.981,35 zł, po odliczeniu wynagrodzenia notariusza wraz z podatkiem VAT oraz opłaty sądowej i opłaty za zamieszczenie ogłoszenia w Monitorze Sądowym i Gospodarczym.
Wnioskiem z dnia 28 maja 2009r. Spółka A, zastąpiona przez pełnomocnika - doradcę podatkowego M. G., na podstawie przepisów art. 75 § 1 w zw. z art. 73 § 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej, zwróciła się o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 205.019 zł pobranego przez płatnika od ww. czynności restrukturyzacyjnej oraz, zgodnie z art. 78 Ordynacji podatkowej naliczenie stosownego oprocentowania nadpłaty. Spółka, powołując się na treść Dyrektywy Rady 69/335/EWG z 17 lipca 1969r. dotyczącej podatków pośrednich od gromadzenia kapitału, z uwzględnieniem zmian art. 7 ust. 1 wprowadzonych Dyrektywą Rady 73/80/EWG z 9 kwietnia 1973r, dotyczącą ustalenia wspólnych stawek podatku kapitałowego od 1 stycznia 1976 r. na poziomie od 0% do 0,5% oraz Dyrektywą Rady 85/303/EWG z 10 czerwca 1985r., która nadała nowe brzmienie art. 7 ust. 1 wywiodła, iż obowiązująca ustawa o podatku od czynności cywilnoprawnych stoi w sprzeczności z powołanymi wyżej przepisami prawa wspólnotowego, w związku z czym należy stosować je wprost do przedmiotowej sprawy. Zdaniem Spółki, na podstawie art. 7 ust. 1 Dyrektywy 69/335/EWG (zmienionej Dyrektywą 73/80/EWG oraz Dyrektywą 85/303/EWG), czynności restrukturyzacyjne wskazane w art. 7 ust. 1 b Dyrektywy 69/335/EWG polegające na wniesieniu wszystkich aktywów i pasywów jednej spółki kapitałowej do innej spółki kapitałowej podlegają zwolnieniu z opodatkowania podatkiem kapitałowym. Spółka podkreśliła, że Polska podpisując Akt Akcesyjny zobowiązała się do przyjęcia całego dorobku prawnego Unii Europejskiej (art. 53 Aktu Akcesyjnego), w tym także dyrektyw oraz zwróciła uwagę na zasadę pierwszeństwa prawa wspólnotowego wynikającą z art. 91 ust. 3 Konstytucji RP w zw. z art. 2 Aktu Akcesyjnego, co znajduje również oparcie w ugruntowanym orzecznictwie ETS (wyrok w sprawie C-106/77, wyrok w sprawie C-26/62).