Decyzja w sprawie określenia podatku od towarów i usług winna określać wysokość zobowiązania podatkowego w tym podatku, to jest wysokość podatku należnego i w miarę potrzeby: wysokość podatku naliczonego przysługującego podatnikowi do odliczenia od podatku należnego bądź wysokość nadwyżki do odliczenia za następne okresy lub do zwrotu.
Decyzja, a więc w szczególności jej sentencja, winna określać wysokość zobowiązania podatkowego. Podatek naliczony nie podlegający odliczeniu od podatku należnego nie ma zaś charakteru takiego zobowiązania, mimo że może wpływać na jego prawidłową wysokość.
Spółka z o.o. "E." zaskarżyła do Naczelnego Sądu Administracyjnego decyzję Izby Skarbowej z dnia 24 lutego 1998 r. utrzymującą w mocy, w związku z odwołaniem podatnika, decyzję Urzędu Skarbowego z dnia 9 grudnia 1997 r. w sprawie określenia Spółce "prawidłowej kwoty podatku należnego za sierpień 1996 r. w wysokości 43.681 zł, podatku naliczonego, nie podlegającego odliczeniu od podatku należnego w wysokości 29.600 zł, prawidłowej wysokości zobowiązania podatkowego w kwocie 43.681 zł oraz orzekająca wpłatę zaległości podatkowej w wysokości 34.212 zł."
W związku z kontrolą dokumentów Spółki organ podatkowy I instancji stwierdził, że podatnik ten prowadząc działalność gospodarczą w zakresie zakupu i sprzedaży samochodów osobowych, w okresie pierwszych trzech kwartałów 1995 r. osiągnął obrót z tytułu świadczenia usług na rzecz osób fizycznych w wysokości 2.630.610,24 zł, wobec czego od 1 marca 1996 r. ciążył na nim obowiązek ewidencjonowania obrotu i kwot podatku należnego przy zastosowaniu kas rejestrujących, o czym przesądzał przepis rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 maja 1994 r. w sprawie kas rejestrujących /Dz.U. nr 92 poz. 438 ze zm./.
Wobec nie zainstalowania w wyżej określonym terminie kasy rejestrującej przez Spółkę "E.", Urząd Skarbowy, działając na podstawie art. 29 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług określił temu podatnikowi kwotę podatku naliczonego nie podlegającą odliczeniu od podatku należnego za miesiąc sierpień 1996 r., co skutkowało także określenie prawidłowej wysokości podatku należnego za ten miesiąc /43.681 zł./.
Ponadto organ podatkowy określił Spółce prawidłową kwotę zobowiązania podatkowego /43.681 zł./ oraz "orzekającą wpłatę zaległości podatkowej w wysokości 43.681 zł.".
Organ odwoławczy, działając na podstawie art. 138 par. 1 pkt 1 Kpa w związku z art. 335 Ordynacji podatkowej, po rozpoznaniu odwołania Spółki, w którym kwestionuje ona prawidłowość ustalenia podatku naliczonego i należnego za sierpień 1996 r. przez przyjęcie, że utrata prawa do odliczenia podatku naliczonego dotyczy całego podatku, a nie jedynie tej jego części, która winna być ewidencjonowana z zastosowaniem kasy rejestrującej, utrzymał w mocy zaskarżoną decyzję. Izba Skarbowa podzieliła stanowisko co do zastosowania przepisu art. 29 ust. 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. i w związku z czym uzasadnione było przyjęcie, że podatnik utracił prawo do odliczenia całości podatku należnego od podatku naliczonego. Treść powołanego przepisu wyklucza bowiem ograniczenie prawa do ww. odliczenia jedynie do części dotyczącej obrotu, który nie został zaewidencjonowany z wykorzystaniem kasy rejestrującej.
W skardze na tę decyzję Spółka "E." wnosi o jej uchylenie jako niezgodnej z prawem materialnym tj. z art. 29 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług. Strona skarżąca zarzuca organowi podatkowemu - podobnie jak w odwołaniu - nieprawidłowe ustalenie kwoty podatku naliczonego i należnego za miesiąc marzec 1996 r. przez przyjęcie, że utrata prawa do odliczenia podatku naliczonego dotyczy całego podatku, a nie tylko tej części, która jest związana ze sprzedażą, jaką podatnik obowiązany jest ewidencjonować przy zastosowaniu kas rejestrujących.