Poczynając od 1 stycznia 2000 r., zwolnieniu od podatku dochodowego od osób fizycznych nie podlegały dochody z działalności gospodarczej osób zatrudniających osoby niepełnosprawne.
Ustawą z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. nr 99 poz. 1101/, a konkretnie przepisem art. 2 tej ustawy, wprowadzono z dniem 1 stycznia 2000 r. zmiany w ustawie z dnia 9 maja 1991 r. o zatrudnieniu i rehabilitacji zawodowej osób niepełnosprawnych /Dz.U. nr 46 poz. 201 ze zm./, skreślając art. 24, natomiast w przepisie art. 31 ust. 2 dodając punkt 4 w brzmieniu: "podatków dochodowych". Zmiana ta spowodowała, iż art. 21 ust. 1 pkt 35 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, odsyłający w zakresie zwolnienia od podatku dochodowego dochodu z działalności gospodarczej osób zatrudniających osoby niepełnosprawne wprost do ustawy o rehabilitacji, pozostawał w kolizji z przepisem art. 31 ust. 2 pkt 4 ustawy o rehabilitacji, stanowiącym, że zwolnienie z podatków osób prowadzących zakład pracy chronionej nie dotyczy podatków dochodowych. Stosując regułę, która w przypadku kolizji przepisów nakazuje dawać pierwszeństwo normom szczególnym /lex specialis/ przed normami ogólnymi /lex generalis/ należało przyjąć, że wszystkie podmioty, których dochód podlegał opodatkowaniu podatkiem dochodowym /od osób fizycznych i od osób prawnych/ utraciły z mocy przepisu szczególnego prawo do zwolnienia z podatku dochodowego od osiągniętego dochodu w związku z art. 31 ust. 2 pkt 4 ustawy o rehabilitacji. Za przyjęciem takiego poglądu przemawiała również reguła, według której akt prawny wydany później uchyla równorzędny akt prawny wydany wcześniej w takim zakresie, w jakim realizowanie aktu wcześniejszego uniemożliwia realizowanie aktu późniejszego.
Reasumując, Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, iż nie naruszało prawa stanowisko organów podatkowych obu instancji, wedle którego poczynając od 1 stycznia 2000 r., zwolnieniu od podatku dochodowego od osób fizycznych nie podlegały dochody z działalności gospodarczej osób zatrudniających osoby niepełnosprawne. Nowelizując ustawę o rehabilitacji ustawą z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, ustawodawca zmienił bowiem dotychczasowe ustalenia tej ustawy, odnoszące się do zasad i zakresu zwolnienia od podatków dochodu z działalności gospodarczej osób zatrudniających osoby niepełnosprawne.