Dnia 12 lipca 2012 roku Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA - Katarzyna Borońska, Sędziowie Sędzia WSA - Katarzyna Radom, Sędzia WSA - Jadwiga Danuta Mróz (sprawozdawca), Protokolant Katarzyna Trzęsicka, po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 12 lipca 2012 r. sprawy ze skargi A. sp. z o.o. z siedzibą w B. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej we W. z dnia 27 kwietnia 2011 r. nr [...] w przedmiocie: odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych oddala skargę.
Zaskarżoną decyzją Dyrektor Izby Skarbowej we W. utrzymał w mocy decyzję Naczelnika D. Urzędu Skarbowego we W. z dnia [...] (nr [...]), na podstawie której odmówiono A z/s w B. stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 224.723 zł z tytułu podwyższenia kapitału zakładowego Spółki.
Powyższe rozstrzygnięcia wydane zostały w oparciu o następujący stan faktyczny i prawny sprawy:
W dniu [...], wykonując uprawnienia Zgromadzenia Wspólników skarżącej Spółki, jedyny wspólnik tej spółki, tj. B Co. Ltd z/s w S. złożył (w miejsce uchwały) oświadczenie (nr [...]) o podwyższeniu kapitału zakładowego o kwotę 44.945.200 zł, poprzez utworzenie 449.542 nowych udziałów o wartości nominalnej 100 zł każdy, które następnie zostały objęte przez tego wspólnika i pokryte w całości wkładem pieniężnym.
W dniu 3 lipca 2006 r. skarżąca spółka złożyła deklarację PCC-1 z wykazanym należnym podatkiem do zapłaty w kwocie 224.723 zł, wyliczonym według stawki 0,5%, który tego samego dnia wpłaciła na rachunek organu podatkowego.
W dniu 29 listopada 2010 r. skarżąca złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 224.723 zł. W uzasadnieniu wskazała, iż podatek uiściła bezpodstawnie, gdyż przepisy ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych obowiązujące w dacie powstania obowiązku podatkowego były niezgodne z przepisami prawa wspólnotowego (art. 7 ust. 1 dyrektywy Rady 69/335/EWG z dnia 17 lipca 1969 r. dotyczącej podatków pośrednich od gromadzenia kapitału (Dz. U. UE L z 1969 r. Nr 249, poz. 25 ze zm.) - dalej zwanej Dyrektywą kapitałową. W związku z tym, zapłacony podatek oraz odsetki od zaległości stanowią nadpłatę w rozumieniu art. 72 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (tj. Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 ze zm. - dalej powoływana jako O.p.). Zdaniem skarżącej Spółki, czynność zmiany umowy spółki nie była opodatkowana w Polsce w dniu 1 lipca 1984 r. ze względu na niezgodność obowiązujących w tym czasie przepisów w zakresie opłaty skarbowej z zasadami konstytucyjnymi a zatem po przystąpieniu do Unii Europejskiej Polska nie mogła opodatkować czynności podwyższenia kapitału podatkiem od czynności cywilnoprawnych.
Po rozpatrzeniu wniosku organ I instancji decyzją z dnia [...] (nr [...]) odmówił stwierdzenia nadpłaty uznając, że obciążający stronę podatek od czynności cywilnoprawnych z tytułu podwyższenia kapitału zakładowego jest zgodny z przepisami Dyrektywy kapitałowej.
Po rozpoznaniu zarzutów odwołania, Dyrektor Izby Skarbowej we W. utrzymał zaskarżoną decyzję w mocy.
W uzasadnieniu podjętego rozstrzygnięcia organ odwoławczy stwierdził, że będące podstawą nałożenia obowiązku podatkowego na spółkę przepisy ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (t.j. Dz.U. z 2005 r. Nr 41,poz.399 ze zm.) w wersji obowiązującej na dzień dokonania czynności (u.p.c.c) w analizowanym zakresie są zgodne z postanowieniami Dyrektywy kapitałowej. Wyjaśniał, że zakres czynności objętych opodatkowaniem (art. 1 u.p.c.c. i art. 4 Dyrektywy) oraz sposób określenia podstawy opodatkowania (art. 6 u.p.c.c. i art. 5 Dyrektywy) są w obu aktach tożsame. W świetle postanowień Dyrektywy, podwyższenie kapitału zakładowego spółki kapitałowej podlega opodatkowaniu podatkiem kapitałowym, a w Polsce podatkiem od czynności cywilnoprawnych, na podstawie art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. k) w związku z art. 1 ust. 3 pkt 2 u.p.c.c. Podstawę opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych w takim przypadku stanowi, wartość wkładów powiększających majątek spółki albo wartość, o którą podwyższono kapitał zakładowy, po odliczeniu kwot określonych w art.6 ust.9 u.p.c.c.