W skardze do Naczelnego Sądu Administracyjnego Z. P. wniósł o stwierdzenie nieważności bądź uchylenie zaskarżonych decyzji organów podatkowych i - podobnie jak w odwołaniu - zarzucił, że wydane zostały z rażącym naruszeniem art. 2 i 7 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej, art. 21 ust. l pkt 35 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych, oraz art. 72 § l pkt l, art. 73, 79 § 2 pkt l litera "c" Ordynacji podatkowej. W uzasadnieniu skarżący podniósł, iż organy podatkowe I i II instancji błędnie przyjęły, iż od dnia l stycznia 2000 r. przestało obowiązywać zwolnienie od podatku, o którym mowa w art. 21 ust. l pkt 35 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, ponieważ wprowadzono zmiany do ustawy o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnieniu osób niepełnosprawnych i dodatkowe ograniczenia w zakresie podatku dochodowego. Skarżący zaznaczył, iż poza sporem było to, że ustawa o podatku dochodowym od osób fizycznych nie uległa żadnej zmianie od 1999 r., a argument Izby Skarbowej o zmianie wprowadzonej art. 2 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. Nr 95, poz. 110), którymi do ustawy o rehabilitacji z dnia 27 sierpnia 1997 r. wprowadzono zmiany w art. 31 ust. 2 przez dodanie pkt 4, że zwolnienia prowadzących zakłady pracy chronionej nie dotyczą m.in. podatku dochodowego w jego ocenie nie zasługiwał na uwzględnienie i nie mógł przesądzać o wyniku sprawy. Dla potwierdzenia tych racji skarżący przytoczył ogłoszony w 2000 r. jednolity tekst ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych i zawartą w nim treść art. 21 ust. l pkt 35, wedle której "wolne od podatku dochodowego były dochody z działalności gospodarczej osób zatrudniających osoby niepełnosprawne, w zakresie i na zasadach określonych w ustawie o zatrudnieniu i rehabilitacji zawodowej osób niepełnosprawnych". Podkreślił w związku z tym, iż miał prawo sądzić, że obowiązujący w 2000 r. zapis w ustawie o podatku dochodowym od osób fizycznych uwalniał jego dochody w 2000 r. od podatku dochodowego. Wprawdzie - jak zauważył - ustawodawca w ustawie z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, w art. 2 ustawy, wprowadził zmiany dotyczące art. 24 oraz art. 31 ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnieniu osób niepełnosprawnych, lecz tej ostatniej zmiany nie można było odnieść do ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Pozostawał bowiem w mocy obowiązujący w 2000 r. przepis art. 21 ust. l pkt 35 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Utrata zwolnienia od podatku dochodowego od osób fizycznych od l stycznia 2000 r. musiałaby być zapisana przez ustawodawcę w ustawie o podatku dochodowym od osób fizycznych. Skarżący zwrócił także uwagę na to, że zmiany przepisów wchodzących w życie od stycznia 2000 r. dotyczące osób prowadzących zakład pracy chronionej nie wprowadziły utraty zwolnienia od podatku dochodowego od osób fizycznych zatrudnionych pracowników w zakładzie, określonego w art. 38 ust.2 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, co mogło dowodzić, że zmiana dokonana w art. 31 ust 2 pkt 3 ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej, oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych, dotyczyła wyłącznie podatku dochodowego od osób prawnych, a nie podatku dochodowego od osób fizycznych.