W odpowiedzi na skargę Izba Skarbowa wniosła o jej oddalenie podtrzymując argumenty zawarte w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji.
W piśmie procesowym z dnia [...]pełnomocnik skarżącego podtrzymał zarzuty skargi. Dodatkowo zwrócił uwagę na to, iż art. 21 ust. l pkt 35 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych został uchylony przez ustawodawcę dopiero ustawą z dnia 9 listopada 2000 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. Nr 104 poz. 1104), która weszła w życie od l stycznia 2001 r. i tym samym nie można zgodzić się ze stanowiskiem, że podatnicy prowadzący zakłady pracy chronionej zostali pozbawieni przez ustawodawcę prawa do zwolnienia od podatku dochodowego od osób fizycznych już od l stycznia 2000 r. Skarżący podniósł także, że jego zarzuty podzielił Trybunał Konstytucyjny w wyroku z dnia 25 czerwca 2002 r. (sygn. akt K 45 /01, publ. Dz. U. z 2002r. Nr 100 poz. 923 oraz w OTK -A z 2002 r. nr 4, poz. 46). Wprawdzie - jak zaznaczył - przedmiotem wyroku Trybunału Konstytucyjnego było rozstrzygnięcie o niezgodności z przepisami Konstytucji zmiany ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, w zakresie w jakim pozbawiono przedsiębiorców prowadzących zakłady pracy chronionej uprawnień do zwolnienia od podatku dochodowego, lecz tezy tego wyroku miały pełne odniesienie do osób fizycznych prowadzących zakłady pracy chronionej. Cytując treść uzasadnienia wyroku Trybunału Konstytucyjnego skarżący podniósł, iż wprowadzone zmiany mogły naruszać interesy podatników w toku, związane z przystąpieniem do realizacji planów w oparciu o dotychczasowe przepisy podatkowe. Ustawodawca powinien był w związku z tym uwzględnić sytuację tych osób prowadzących zakłady pracy chronionej, które - w zaufaniu do dotychczasowych regulacji prawnych - rozpoczęły realizację długookresowych przedsięwzięć na rzecz osób niepełnosprawnych zatrudnianych w ich zakładach. Z tego względu ingerencja w sferę praw nabytych i interesów w toku powinna być połączona z ustanowieniem odpowiednich przepisów przejściowych, uwzględniających słuszne interesy tych osób, które w postępowaniu przed właściwym organem mogą wykazać, że podjęły realizację takich przedsięwzięć. Skarżący podniósł w związku z tym, iż prowadząc wraz ze wspólnikami zakład pracy chronionej w ramach spółki cywilnej dokonał wielu nakładów na rzecz zatrudnionych w firmie osób niepełnosprawnych i kontynuacja tego przedsięwzięcia w zaplanowanym zakresie została przerwana. Stało się to skutkiem orzeczeń organów podatkowych z powołaniem się na zmianę od l stycznia 2000r. przepisów "pozbawiających osoby prowadzące zakłady pracy chronionej prawa do zwolnienia od podatku dochodowego od osób fizycznych". Skarżący nie zgodził się ze stanowiskiem organów podatkowych, iż nawet po ogłoszeniu przez Trybunał Konstytucyjny niekonstytucyjności przepisów wprowadzających utratę przez prowadzących zakłady pracy chronionej zwolnienia od podatku dochodowego, dla realizacji skutków tego wyroku potrzebne są nowe ustawowe regulacje uwzględniające interesy tych osób, które w postępowaniu przed organem podatkowym wykażą, że podjęły realizację przedsięwzięć na rzecz osób niepełnosprawnych zatrudnianych w tych zakładach. Tezę tę - jak zaznaczył - można sprowadzić do stwierdzenia, że po wyroku Trybunału Konstytucyjnego podatnicy, którzy prowadzą ZPChr nabyli prawa do zwolnienia dochodu od podatku dochodowego, i którzy chcą ochrony interesów w toku, odzyskają nienależnie zapłacone podatki (nadpłaty podatkowe) dopiero po uchwaleniu i wprowadzeniu w życie, kolejnej nowelizacji ustawy w tym przedmiocie. Zwrócił w tym kontekście uwagę na to, że od ogłoszenia przez Trybunał Konstytucyjny wyroku z dnia 25 czerwca 2002 r. minęło ponad pół roku, lecz brak jest informacji by wszczęta została nowelizacja przepisów uznanych przez Trybunał za niekonstytucyjną. Sytuacja taka naruszała w przekonaniu skarżącego art. 2 Konstytucji, mówiący o tym, że Polska jest państwem prawnym. Dla potwierdzenia tych racji skarżący wskazał, że Naczelny Sąd Administracyjny, po wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r., w wyrokach z dnia 18 września 2002 r. (sygn. akt III SA 3394 /01, III SA 3396 /01, III SA 3401 /01 i III SA 3409 /01) przyjął, że zwrot bądź odmowa zwrotu nadpłaty podatkowej, osobom prowadzącym zakład pracy chronionej, w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2000r. powoduje potrzebę zbadania sprawy z uwzględnieniem jej indywidualnych okoliczności. W wyrokach tych Naczelny Sąd Administracyjny wyraził pogląd, że skoro Trybunał Konstytucyjny orzekł o niekonstytucyjności omawianego przepisu w stosunku do podmiotowo i przedmiotowo wyodrębnionych jego adresatów, to zgodnie z art. 190 § l i 3 Konstytucji, z chwilą ogłoszenia wyroku w Dzienniku Ustaw przepis ten, w stosunku do tej grupy podatników, utracił moc obowiązującą. Rzeczą organów podatkowych, przy braku przepisów przejściowych, jest ustalenie i ocena dowodów przedstawionych przez prowadzącego zakład pracy chronionej, co do rozpoczęcia długookresowych przedsięwzięć na rzecz niepełnosprawnych. Stanowisko powyższe skarżący uzupełnił następnie w piśmie procesowym z dnia [...], w którym podniósł, iż skutkiem wyroku Trybunału Konstytucyjnego jest powstanie nadpłaty podatkowej w rozumieniu Ordynacji Podatkowej.