Stanowisko wyrażone w przywołanych wyżej wyrokach Naczelnego Sądu Administracyjnego podziela także w całej rozciągłości skład rozpoznający niniejszą sprawę. W sprawie niniejszej wyjaśnienia wymagają okoliczności decydujące o obowiązywaniu - w stosunku do skarżącego - znajdującego zastosowanie w sprawie przepisu art. 2 pkt. 2 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. oraz zwolnienia od podatków wynikającego z art. 31 ust. 1 pkt. 1 i ust. 2 pkt. 4 ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych. Innymi słowy chodzi o ustalenie czy skarżący należy do kręgu podmiotów, wobec których będzie miało zastosowanie orzeczenie o niekonstytucyjności przywołanych przepisów tj. czy prowadzony przez niego w formie spółki cywilnej zakład pracy chronionej, do dnia 30 listopada 1999 r. rozpoczął i kontynuował długookresowe przedsięwzięcia na rzecz osób niepełnosprawnych zatrudnionych tym zakładzie. Jeżeli udowodnionym zostanie, iż w rozpoznawanym przypadku mamy do czynienia z naruszeniem zasady ochrony praw nabytych i zasady ochrony interesów w toku to konieczne stanie się rozważenie czy za dany okres zachodziły podstawy do wydania decyzji określającej zaległość podatkową lub stwierdzenie nadpłaty. W tym przypadku na skarżącym spoczywa ciężar dowodu wykazania tych okoliczności, a rzeczą organów podatkowych będzie ocena tych dowodów i ustalenie czy prowadzone przedsięwzięcia należą do kategorii opisanych przez Trybunał Konstytucyjny. W razie pozytywnego ustalenia, do czasu wejścia w życie przepisów zawierających regulacje, o których mowa w uzasadnieniu wyroku Trybunału Konstytucyjnego, zastosowanie będzie miał przepis art. 31 ust. 1 pkt. 1 ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych w brzmieniu obowiązującym w dniu 30 listopada 1999 r. tj. przewidujący dla prowadzących zakład pracy chronionej lub zakład aktywności zawodowej zwolnienie, w stosunku do tego zakładu, z podatków. Zwolnienie to nie będzie dotyczyło podatku od gier, podatku akcyzowego, oraz cła (ust. 2 pkt. 1 - 3). Wówczas to, do czasu wejścia w życie wspomnianych wyżej regulacji, w razie uprzedniego uiszczenia nienależnego podatku (zaliczek), zastosowanie znajdą przepisy Ordynacji podatkowej traktujące o stwierdzeniu nadpłaty.
Mając powyższe na uwadze, wobec potrzeby wyjaśnienia istotnych dla sprawy okoliczności faktycznych, Naczelny Sąd Administracyjny, na podstawie art. 22 ust. l pkt l w zw. z art. 22 ust. 2 pkt 3 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym (Dz.U. Nr 74, póz. 368 ze zm.), orzekł jak w sentencji wyroku. Zawarte w pkt II rozstrzygnięcie w sprawie kosztów postępowania oparto na art. 55 ust. 3 tej ustawy, przy uwzględnieniu faktu, iż uwzględnienie skargi było wyłącznie skutkiem wydania przez Trybunał Konstytucyjny wyroku z dnia 25 czerwca 2002 r. i nie wynikało z zarzutów zawartych w skardze.