Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Jadwiga Danuta Mróz (sprawozdawca), Sędziowie Sędzia WSA Zbigniew Łoboda, Sędzia WSA Maria Tkacz-Rutkowska, Protokolant Marta Pająkiewicz-Kremis, po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 3 sierpnia 2012 r. sprawy ze skargi A. z/s w L. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej we W. z dnia 16 maja 2011 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych oddala skargę.
Wyrokiem z dnia 10 maja 2012 r. sygn. akt II FSK 98/12 Naczelny Sąd Administracyjny uchylił wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z dnia 23 września 2011 r. sygn. akt I SA/Wr 1212/11 uchylający zaskarżoną decyzję Dyrektora Izby Skarbowej we W. z dnia [...] nr [...] i poprzedzającą ja decyzję organu I instancji, którymi organy te odmówiły spółce A S.A. z siedzibą w L. stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych.
Z akt sprawy przekazanej Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu we Wrocławiu do ponownego rozpoznania, wynika następujący stan faktyczny:
Decyzją z dnia [...] Dyrektor Izby Skarbowej we W. utrzymał w mocy decyzję Naczelnika D. Urzędu Skarbowego we W. (DUS) z dnia [...] odmawiającą stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 499.936 zł z tytułu podwyższenia kapitału zakładowego. Z akt przedmiotowej sprawy wynika, że w dniu [...] Nadzwyczajne Walne Zgromadzenie Spółki Akcyjnej A (zwana dalej: Spółką lub Skarżącą) uchwałą nr [...] dokonało podwyższenia kapitału zakładowego Spółki o kwotę 100.000.000 zł poprzez emisję nowych imiennych akcji, przez co kapitał zakładowy spółki został podwyższony z 13.689.000 zł do 113.689.000 zł. Nowe akcje w całości objął B S. A. (dalej w skrócie: B) w zamian za wkład pieniężny. Powyżej opisana czynność została zaprotokołowana aktem notarialnym, a notariusz jako płatnik pobrał podatek od czynności cywilnoprawnych w wysokości 499.936 zł.
W dniu 8 grudnia 2010 r. Spółka złożyła w D. Urzędzie Skarbowym wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 499.936 zł z tytułu podwyższenia kapitału zakładowego Spółki oraz jej oprocentowanie. W uzasadnieniu wniosku wskazano, że zapłaty podatku od podwyższenia kapitału zakładowego dokonano niezasadnie, ponieważ przepisy ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych były niezgodne z przepisami prawa wspólnotowego (ówcześnie obowiązującym art. 7 ust. 1 Dyrektywy Rady z dnia 17 lipca 1969 r. nr 69/335/EWG dotyczącej podatków pośrednich od gromadzenia kapitału - Dz. U. UE. L. z 1969 r. Nr 249, poz. 25 ze zm.) zwanej dalej Dyrektywa kapitałową. Zdaniem Skarżącej, zapłacony podatek od czynności cywilnoprawnych stanowi nadpłatę, która powinna być zwrócona na jej rzecz.
Strona podniosła ponadto, że w dacie, do której odwołuje się art. 7 Dyrektywy kapitałowej, tj. 1 lipca 1984 r. w Polsce opodatkowane były jedynie wkłady wnoszone przez wspólników do np. spółki jawnej czy też spółki z o. o. Ustawodawca wprowadzając do ustawy o opłacie skarbowej z 1975 r. definicję kapitału zakładowego zdecydował o braku opodatkowania podatkiem kapitałowym wkładów wnoszonych na kapitał zakładowy spółki akcyjnej. Zdaniem Spółki, na dzień 1 lipca 1984 r. wkłady wnoszone do spółek akcyjnych były zwolnione od opodatkowania, a tym samym na podstawie art. 7 Dyrektywy kapitałowej powinny być także zwolnione przez ustawodawcę polskiego od 1 maja 2004 r.
Naczelnik Urzędu Skarbowego, uznając argumenty Spółki za niezasadne, decyzją z dnia [...] odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w wysokości 499.936 zł. W uzasadnieniu decyzji organ stwierdził, że jego zdaniem zapłata podatku od czynności cywilnoprawnych w związku z uchwałą Zgromadzenia Wspólników w przedmiocie podwyższenia kapitału zakładowego Spółki była zgodna z przepisami Dyrektywy kapitałowej. Organ wskazał, że art. 7 ust. 1 Dyrektywy nakładał na Polskę obowiązek zwolnienia od podatku kapitałowego czynności, które w dniu 1 lipca 1984 r. były zwolnione z opodatkowania lub opodatkowane według stawki 0,50% lub niższej. Jednakże na dzień 1 lipca 1984 r. w Polsce obowiązywały przepisy ustawy o opłacie skarbowej oraz przepisy rozporządzenia w sprawie opłaty skarbowej, zgodnie z którymi wysokość opłaty skarbowej od umowy spółki (w tym jej zmiany) wynosiła odpowiednio 10% i 5%. Organ uznał zatem, że skoro stawki opłaty skarbowej obowiązujące w Polsce w dniu 1 lipca 1984 r. były wyższe niż wskazane w Dyrektywie kapitałowej, to określony w niej obowiązek zwolnienia z podatku kapitałowego czynności podwyższenia kapitału zakładowego nie miał zastosowania w stosunku do Polski.