Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gorzowie Wielkopolskim w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Dariusz Skupień Sędziowie Sędzia WSA Anna Juszczyk - Wiśniewska (spr.) Asesor WSA Zbigniew Kruszewski Protokolant Sekretarz sądowy Anna Pakuła po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 28 lutego 2019 r. sprawy ze skargi P S.A. sp. komandytowo - akcyjna na przewlekłe prowadzenie postępowania przez Naczelnika Urzędu Celno - Skarbowego w przedmiocie postępowania kontrolnego w podatku od towarów i usług za październik 2016 r. oddala skargę.
P Spółka Akcyjna Spółka Komandytowo Akcyjna (powoływana dalej jako: "strona skarżąca", "spółka", "strona"), reprezentowana przez adwokata, wniosła skargę na przewlekłe prowadzenie przez Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego w (dalej jako: "organ") postępowania kontrolnego za październik 2016 r.
Z akt sprawy wynika następujący stan faktyczny.
W dniu 24 listopada 2016 r. spółka złożyła w Urzędzie Skarbowym deklarację dla podatku od towarów i usług VAT-7 za październik 2016 r. w której wykazała nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym w wysokości 8.730.831,00 zł, w tym do zwrotu na rachunek bankowy wskazany przez podatnika w wysokości 4.500.000 zł, w terminie 60 dni oraz kwotę do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy w wysokości 4.230.831,00 zł.
W dniu 13 grudnia 2016 r. spółka złożyła korektę ww. deklaracji, w której wykazała nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym w wysokości 8.730.359,00 zł w tym do zwrotu na rachunek bankowy podatnika w wysokości 4.500.000 zł, w terminie 60 dni oraz kwotę do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy w wysokości 4.230.359,00 zł.
Postanowieniem z dnia [...] stycznia 2017 r. nr [...] (doręczonym stronie skarżącej w dniu 3 stycznia 2017 r.), Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej wszczął wobec spółki postępowanie w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczenia i wpłacenia podatku od towarów i usług za październik 2016 r. w tym zasadności wykazanego w tym okresie zwrotu różnicy podatku w rozumieniu przepisów o podatku od towarów i usług.
Z uwagi na to, że z dniem 1 marca 2017 r. weszła w życie ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz. U. z 2016 r., poz. 1947 ze zm.) od tego czasu postępowanie kontrolne było prowadzone przez Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego, o czym poinformowano spółkę w piśmie z dnia [...] marca 2017 r.
W trakcie postępowania organ ustalił, że w kontrolowanym okresie działalność spółki związana była z obrotem krajowym jak i wewnątrzwspólnotowym towarem: biodiesel, napojami bezalkoholowymi oraz paliwami płynnymi.
W celu ustalenia prawidłowości rozliczeń spółki w podatku od towarów i usług za kontrolowany okres, organ zwracał się m.in. o udzielnie informacji do strony skarżącej, jej kontrahentów, banków oraz organów podatkowych krajowych i zagranicznych.
W trakcie gromadzenia materiału dowodowego w sprawie zawiadomieniami z dni: [...] lutego 2017 r., [...] kwietnia 2017 r., [...] czerwca 2017 r., [...] sierpnia 2017 r., [...] października 2017 r., [...] grudnia 2017 r. [...] lutego 2018 r., [...] kwietnia 2018 r. [...] czerwca 2018 r. organ informował spółkę, iż postępowanie nie zostanie zakończone w terminie i wyznaczał nowy termin załatwienia sprawy, który przypadał odpowiednio na dzień: 2 maja 2017r., 30 czerwca 2017 r., 31 sierpnia 2017 r., 31 października 2017 r., 29 grudnia 2017 r., 28 lutego 2018 r., 30 kwietnia 2018 r. 29 czerwca 2018r., 29 sierpnia 2018 r.
W dniu [...] sierpnia 2018 r. organ sporządził protokół z badania ksiąg podatkowych spółki.