Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Jadwiga Danuta Mróz, Sędziowie sędzia WSA Zbigniew Łoboda, sędzia WSA Tomasz Świetlikowski (sprawozdawca), Protokolant specjalista Edyta Luniak, po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 30 września 2015 r. sprawy ze skargi A S.A. z siedzibą we W. na przewlekłość postępowania Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej we W. w przedmiocie prowadzenia postępowania kontrolnego dotyczącego rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku od towarów i usług za czerwiec 2014 r. oddala skargę w całości.
Przystępując do rozstrzygania, Sąd przyjął stan faktyczny i prawny sprawy jn.
Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej we W. (dalej: Dyrektor UKS), postanowieniem z [...] sierpnia 2014 r., wszczął 13 sierpnia 2014 r. - wobec A S.A. (dalej: spółka, strona, skarżąca) - postępowanie kontrolne w zakresie kontroli rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku od towarów i usług (dalej: podatek VAT) za czerwiec 2014 r.
W ramach tego postępowania, na podstawie upoważnienia z 12 sierpnia 2014 r., wszczął 13 sierpnia 2014 r. kontrolę podatkową w tym samym zakresie. Mając na uwadze treść art. 139 § 1 i art. 140 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (tekst jedn.: Dz. U. z 2012 r., poz. 749 ze zm. - dalej: o.p.), organ kontroli wyznaczał każdorazowo nowy termin załatwienia sprawy, podając przyczyny niezachowania uprzednio wyznaczonych terminów (równolegle, zgodnie z art. 284b § 2 o.p., zawiadamiał spółkę o przedłużeniu przewidywanego terminu zakończenia kontroli podatkowej i wyznaczał nowy termin jej zakończenia). 1) Postanowieniem z [...] października 2014 r., zawiadomił spółkę o niezałatwieniu sprawy będącej przedmiotem postępowania kontrolnego w terminie wynikającym z art. 139 § 1 o.p. i wyznaczył nowy termin jej załatwienia do 12 grudnia 2014 r. Uzasadniał, że nie zostały zakończone czynności sprawdzające u kontrahentów spółki oraz u ich dostawców, niezbędne dla ustalenia wszystkich podmiotów uczestniczących w obrocie tymi samymi towarami, które były przedmiotem wewnątrzwspólnotowych dostaw w czerwcu 2014 r. Z tych samych powodów, przedłużył termin zakończenia kontroli podatkowej do 12 grudnia 2014 r., o czym poinformował spółkę zawiadomieniem z dnia 9 października 2014 r. 2) Postanowieniem z [...] grudnia 2014 r., zawiadomił spółkę o niezałatwieniu sprawy w terminie określonym w postanowieniu z [...] października 2014 r. i wyznaczył nowy termin załatwienia sprawy do 12 lutego 2015 r., podając - jako przyczynę przedłużenia postępowania - niezakończenie kontroli podatkowej. Nadto, wskazał na kontynuowanie czynności sprawdzających u kontrahentów spółki oraz u ich dostawców, niezbędne dla ustalenia wszystkich podmiotów uczestniczących w obrocie nabywanymi przez spółkę towarami, które następnie były przedmiotem wewnątrzwspólnotowych dostaw w czerwcu 2014 r. Nowy termin zakończenia kontroli podatkowej - z powodów jw. - wyznaczył zawiadomieniem z 9 grudnia 2014 r. również do dnia 12 lutego 2015 r. 3) Postanowieniem z [...] lutego 2015 r., zawiadomił spółkę o niezałatwieniu sprawy w terminie określonym w postanowieniu z [...] grudnia 2014 r. i wyznaczył nowy termin załatwienia sprawy do 10 kwietnia 2015 r. W uzasadnieniu przedłużenia terminu zakończenia postępowania wskazał na fakt niezakończenia kontroli obejmującej m.in. sprawdzenie zasadności dokonania zwrotu podatku VAT. Podał, że kontynuowane są czynności w zakresie ustalenia wszystkich podmiotów uczestniczących w obrocie nabywanymi przez spółkę towarami, w celu zidentyfikowania źródła pochodzenia tych towarów, które następnie były przedmiotem wewnątrzwspólnotowych dostaw w czerwcu 2014 r. Dodał, że analizowane są okoliczności związane z transportem dotyczącym tych dostaw. Z kolei o nowym terminie zakończenia kontroli podatkowej, wyznaczonym także na dzień 10 kwietnia 2015 r., poinformował spółkę zawiadomieniem z 11 lutego 2015 r. W uzasadnieniu zawiadomienia wskazał, że nie zostały jeszcze zakończone czynności niezbędne dla ustalenia wszystkich podmiotów uczestniczących w transakcjach kupna-sprzedaży i rzeczywistego przebiegu tych transakcji, dotyczących towarów nabywanych przez spółkę i sprzedawanych następnie w ramach wewnątrzwspólnotowych dostaw w czerwcu 2014 r. Podkreślił fakt oczekiwania na odpowiedzi od obcych administracji podatkowych na wnioski SCAC. 4) Postanowieniem z [...] kwietnia 2015 r., zawiadomił spółkę o niezałatwieniu sprawy w terminie określonym w postanowieniu z [...] lutego 2015 r. i wyznaczył nowy termin załatwienia sprawy do 10 czerwca 2015 r., z uwagi na niezakończenie kontroli podatkowej. Stwierdził, że deklarowane zwroty podatku VAT wynikają m. in.