Po bezskutecznym wezwaniu do usunięcia naruszenia prawa strona Skarżąca wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie zarzucając naruszenie art. 6 ust. 1 pkt 1 oraz art. 7 ust. 1 u.p.d.o.p. w związku z art. 14 ust. 1 i ust. 2c, art. 14 ust. 5 pkt 1 w zw. z art. 14 ust. 4 i z art. 17 ust. 2 i 2c oraz art. 19 ust. 1 i ust. 3 ustawy o zakwaterowaniu poprzez błędną ich wykładnię.
W odpowiedzi na skargę Minister Finansów podtrzymał stanowisko zawarte w zaskarżonej interpretacji i wniósł o jej oddalenie.
Skarżąca w piśmie z dnia 12 listopada 2014 r. stanowiącym uzupełnienie skargi podtrzymała swoje dotychczasowe stanowisko.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, uchylając zaskarżoną interpretację, wskazał, że wśród podmiotów, które korzystają ze zwolnienia mocą art. 6 ust. 1 u.p.d.o.p. nie została wymieniona W., w przeciwieństwie do innych państwowych osób prawnych wskazanych w tym przepisie. Z tego względu bez znaczenia pozostaje podnoszony przez Skarżącą argument dotyczący oparcia relacji pomiędzy nią a Skarbem Państwa na stosunku prawnym powiernictwa. Ustawodawca nie zwolnił od podatku przychodów (dochodów) uzyskiwanych przez podmioty, które zobowiązane są odprowadzić do budżetu państwa nadwyżkę środków finansowych, o której mowa w art. 22 ust. 1 ustawy o finansach publicznych, lecz Skarb Państwa. Ponadto zgodnie z tym przepisem agencja wykonawcza jest obowiązana corocznie wpłacać do budżetu państwa nadwyżkę środków finansowych ustaloną na koniec roku, pozostającą po uregulowaniu zobowiązań podatkowych.
Od powyższego wyroku pełnomocnik strony skarżącej wywiódł skargę kasacyjną, w której na podstawie art. 174 pkt 1) ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (j.t. Dz.U. z 2012 r., poz. 270 z późn. zm.) zarzucił naruszenie prawa materialnego, tj.:
- art. 6 ust. 1 pkt 1 oraz art. 7 ust. 1 u.p.d.o.p. w związku z art. 14 ust. 1 i ust. 2c oraz art. 19 ust. 1 i ust. 3 ustawy z dnia 22 czerwca 1995 r. o zakwaterowaniu Sił Zbrojnych Rzeczypospolitej Polskiej (tekst jedn. Dz. U. z 2010 r. nr 206, poz. 1367 ze zm., dalej: ustawa o zakwaterowaniu SZ RP) poprzez błędną ich wykładnię, polegającą na przyjęciu, że W. nie korzysta ze zwolnienia od podatku dochodowego od osób prawnych, prowadzącą do niewłaściwego zastosowania;
- art. 6 ust. 1 pkt 1 oraz art. 7 ust. 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (tekst jedn. Dz. U. z 2011 r. nr 74, poz. 397 ze zm., dalej: updop) w związku z art. 14 ust. 1 i ust. 2c oraz art. 19 ust. 1 i ust. 3 ustawy z dnia 22 czerwca 1995 r. o zakwaterowaniu Sił Zbrojnych Rzeczypospolitej Polskiej (tekst jedn. Dz. U. z 2010 r. nr 206, poz. 1367 ze zm., dalej: ustawa o zakwaterowaniu SZ RP) poprzez błędną ich wykładnię prowadzącą do niewłaściwego zastosowania, polegającą na przyjęciu, że W. wykonująca uprawnienia właścicielskie Skarbu Państwa wobec powierzonego jej mienia Skarbu Państwa, która nie jest wymieniona w katalogu podmiotów korzystających ze zwolnienia od podatku dochodowego od osób prawnych na mocy art. 6 ust. 1 u.p.d.o.p, to przychody (dochody) uzyskiwane mienia Skarbu Państwa nie podlegają zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych na podstawie art. 6 ust. 1 pkt 1 updop;