W odwołaniu od tej decyzji Andrzej F. argumentując jak w odwołaniu z dnia 17 listopada 2004 r., wniósł o zaprzestanie naliczania podatku od nieruchomości stanowiących grunty pod wodami płynącymi za okres od dnia 1 stycznia do dnia 31 grudnia 2004 r. w łącznej kwocie 1.017,60 zł oraz zwrot niesłusznie naliczonego podatku za 2002 r. i 2003 r.
Samorządowe Kolegium Odwoławcze w S. decyzją z dnia 16 lutego 2005 r., (...) utrzymało w mocy decyzję organu podatkowego I instancji podkreślając w jej uzasadnieniu, że Grażyna F. i Andrzej F. od dnia 1 lutego 1999 r. są dzierżawcami nieruchomości jeziorowej jeziora W. w obrębie S., tj. działki o powierzchni 298,3996 ha. Przepis art. 217 ust. 5a i 6 ustawy z dnia 18 lipca 2002 r. - Prawo wodne dotyczy tylko zmian w zakresie wykonywania uprawnień Skarbu Państwa odnośnie rybactwa śródlądowego, co jest treścią załączonego przez podatnika do akt sprawy aneksu z dnia 10 sierpnia 2004 r., które Agencja Nieruchomości Rolnych sprawuje tylko w tym zakresie do dnia 31 grudnia 2005 r. Według wypisu z rejestru gruntów Starostwa Powiatowego w S. z dnia 5 stycznia 2005 r. w stosunku do przedmiotowej działki będącej własnością Skarbu Państwa zgodnie z art. 11 ust. 1 pkt 4 ustawy - Prawo wodne uprawnienia właścicielskie aktualnie sprawuje Marszałek Województwa. Zmiana ta wynika z art. 14 ust. 3 ustawy Prawo wodne stanowiącego, że gospodarowanie gruntami stanowiącymi własność Skarbu Państwa, o których mowa w ust. 2 tego przepisu, tj. gruntami pokrytymi płynącymi wodami powierzchniowymi wykonują w imieniu i na rzecz Skarbu Państwa odpowiednio organy, o których mowa w art. 11 ust. 1 tej ustawy. Z powyższego w ocenie organu odwoławczego wynika, że zmiana przepisów Prawa wodnego polegająca na zmianie zakresu i podmiotu sprawującego nadzór nad rybackim użytkowaniem jezior oraz wykonującego uprawnienia właścicielskie w stosunku do gruntów Skarbu Państwa pod jeziorami, nie spowodowała bezpośrednio wygaśnięcia obowiązku podatkowego wobec posiadaczy nieruchomości stanowiących własność Skarbu Państwa dopóki posiadanie to wynika z umowy zawartej z właścicielem.
W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Białymstoku podatnicy wywodzili i argumentowali jak w przedstawionych odwołaniach jednocześnie informując, że Samorządowe Kolegium Odwoławczego w S. decyzją z dnia 31 marca 2003 r., (...), wydaną w identycznej sprawie uchyliło zaskarżoną decyzję w całości i umorzyło postępowanie w sprawie uznając, iż podatnik Marek B. nie musi płacić podatku za dno jeziora na rzecz gminy. Obecnie nie znają dzierżawcy, który płaci podatek za dno jeziora, a ich zdaniem, żadna gmina nie pobiera podatku od dna jeziora od dzierżawców jezior od 2002 r. Skarżący podnieśli, że dzierżawią jeziora w innych gminach, gdzie nie płacą podatku od dna jeziora.
W odpowiedzi na skargę Samorządowe Kolegium Odwoławcze w S. nie podzielając zarzutów skarżących wniosło o jej oddalenie.
Uznając skargę za uzasadnioną Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku stwierdził, że zgromadzony przez organy podatkowe materiał dowodowy znajdujący się w aktach, nie pozwala na udzielenie odpowiedzi na pytanie, czy w stanie prawnym obowiązującym w okresie od dnia 1 stycznia do dnia 31 grudnia 2004 r. ciążył na Grażynie F. i Andrzeju F. /ewentualnie na innych podmiotach/ obowiązek podatkowy w podatku od nieruchomości za grunty pod Jeziorem W., położonym na terenie Gminy W. wskazując przy tym, że w związku z wejściem w życie z dniem 1 stycznia 2002 r. ustawy z dnia 18 lipca 2001 r. - Prawo wodne /Dz.U. nr 115 poz. 1229 ze zm./, również w świetle tego aktu prawnego, począwszy od tej daty, należy ustalać krąg podmiotów zobowiązanych do uiszczania podatku od nieruchomości od gruntów pod jeziorami, czyli pod wodami publicznymi.