W skargach do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie Jarosław B., wnosząc o uchylenie zaskarżonych decyzji, podtrzymał stanowisko zawarte w odwołaniu, wyjaśniając, że zwrot kosztów przejazdu przysługujący policjantowi na mocy art. 93 ust. 1 ustawy o Policji nie jest przychodem ze stosunku służbowego w rozumieniu art. 12 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Wskazał na występujące rozbieżności w decyzjach dotyczących zwrotu kosztów przejazdu w zależności od siedziby organu administracji.
W odpowiedziach na skargi Dyrektor Izby Skarbowej w W. wniósł o ich oddalenie i podtrzymał stanowisko zawarte w uzasadnieniach zaskarżonych decyzji. Wyjaśnił ponadto, że organy podatkowe były związane obowiązującą interpretacją Ministra Finansów.
Wojewódzki Sąd Administracyjny uchylając zaskarżone decyzje stwierdził, że wydane one zostały z naruszeniem przepisów prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy. W argumentacji powołał się na uchwałę NSA z dnia 17 maja 1999 r., FPS 3/99 oraz podzielił pogląd prawny wyrażony w wyroku NSA z 25 kwietnia 2003 r., III SA 3503/01. W związku z tym stwierdził, że pełnienie określonej funkcji publicznej daje prawo do zwrotu kosztów przejazdu z miejsca zamieszkania do miejsca pełnienia służby. Dlatego też otrzymywane z tego tytułu przez funkcjonariuszy różnych służb publicznych świadczenia powinny być z punktu widzenia obciążeń w podatku dochodowym od osób fizycznych traktowane tak samo, ze względu na zasadę równości obywateli wobec prawa, zagwarantowaną art. 32 ust. 1 Konstytucji RP, której pochodną jest zasada sprawiedliwości i równości podatkowej, wywodzona także z art. 84 Konstytucji.
Dlatego zwrot kosztów przejazdu nie jest przychodem ze stosunku służbowego i uznał, że organy podatkowe dokonały nieprawidłowej wykładni art. 12 ust. 1 updof w zw. z art. 93 ust. 1 ustawy o Policji, która w sposób oczywisty miała wpływ na wynik sprawy. Wskazał, że do przychodów w rozumieniu przepisów ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych zalicza się tylko przychody powiększające wartość netto majątku podatnika /faktyczne przysporzenie majątkowe/, a do nich nie należą kwoty otrzymane z tytułu zwrotu kosztów dojazdu.
Powyższy wyrok został zaskarżony w całości, skargą kasacyjną pełnomocnika Dyrektora Izby Skarbowej w W., który wnosząc o jego uchylenie w całości i przekazanie sprawy Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu do ponownego rozpoznania oraz zasądzenie kosztów postępowania sądowego według norm przepisanych, zarzucił rażące naruszenie prawa materialnego przez błędną wykładnię przepisów art. 12 ust. 1 updof i uznanie, że zwrot kosztów przejazdu z miejsca zamieszkania do miejsca pracy nie stanowi dla strony przychodu ze stosunku służbowego.
Autor skargi kasacyjnej podniósł, że przepisy ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, w stanie prawnym obowiązującym do końca 2002 r., nie przewidywały zwolnień od podatku dochodowego zwróconych przez pracodawcę pracownikowi kwot z tytułu kosztów przejazdu z miejsca zamieszkania do miejsca pracy, a zatem świadczenie to stanowiło dla pracownika przychód, o którym mowa w art. 12 ust. 1 updof, podlegający opodatkowaniu na tych samych zasadach co wynagrodzenie ze stosunku służbowego /stosunków pokrewnych/. Powołał się na interpretację Ministra Finansów z 29 czerwca 2001 r., PB5/MC-033-70/01, która dotyczyła tej kwestii.