W latach 1999-2002 art. 21 ustawy nie wskazywał, że zwolnione są od podatku zwroty kosztów dojazdy pracownika do zakładu pracy, jeżeli obowiązek ponoszenia tych kosztów przez zakład pracy wynikał z przepisów innych ustaw, tak jak jest w brzmieniu art. 21 pkt 112 updof.
Powyższe wskazuje na naruszenie przez Sąd art. 12 ust. 1 updof przez dokonanie rozszerzającej wykładni tego przepisu. Należy zgodzić się ze stanowiskiem autora skargi kasacyjnej, że skoro dopiero od 1 stycznia 2003 r. zgodnie z art. 1 pkt 14a ustawy zmieniającej, wartość świadczeń ponoszonych za pracownika z tytułu zwrotu kosztów dojazdów do pracy, jeżeli obowiązek ponoszenia tych świadczeń przez pracodawcę wynika wprost z przepisów innych ustawy, została zwolniona od podatku dochodowego, to wprowadzenie powyższego zwolnienia potwierdza, iż są to dochody ze stosunku pracy, a racjonalny ustawodawca nie obejmowałby zwolnieniem świadczeń, które nie stanowią przychodu.
Należy wskazać, że w uchwale z dnia 13 maja 1999 r. FPS 3/99 Naczelny Sąd Administracyjny orzekał w przedmiocie zwrotu kosztów dojazdu sędziego, a przepis uprawniający sędziów do takiego świadczenia /dawniej art. 75 par. 2 ustawy z dnia 20 czerwca 1985 r. Prawo o ustroju sądów powszechnych, obecnie art. 95 par. 3 ustawy z dnia 27 lipca 2001 r. Prawo o ustroju sądów powszechnych /Dz.U. nr 98 poz. 1020 ze zm./, sformułowany został przez ustawodawcę w sposób odmienny niż art. 93 ust. 1 ustawy o Policji. Z tego przepisu wynika tylko, że policjantowi, który zajmuje lokal mieszkalny w miejscowości pobliskiej miejsca pełnienia służby, przysługuje zwrot kosztów dojazdu do miejsca pełnienia służby do wysokości ceny biletów za przejazd koleją lub autobusem. Podobnie ma się rzecz z prokuratorem. Sędzia i prokurator powinni mieszkać w miejscowości będącej siedzibą sądu /prokuratury/, a w uzasadnionych przypadkach osoba określona w przepisach, może wyrazić zgodę na to, by zamieszkali oni w innej miejscowości. Dopiero w razie uzyskania takiej zgody sędziemu /prokuratorowi/ przysługuje zwrot kosztów przejazdu. We wskazanej uchwale Sąd stwierdził, iż z art. 75 par. 2 ustawy Prawo o ustroju sądów powszechnych wynika, że zgoda prezesa właściwego sądu na zamieszkiwanie sędziego w miejscowości nie będącej siedzibą sądu, powoduje powstanie ustawowego obowiązku ponoszenia przez sąd zatrudniający sędziego, kosztów jego przejazdów. Jeżeli więc sędzia poniesie wydatki związane z przejazdem do pracy, które następnie zostaną zwrócone, to tego rodzaju przychody pieniężne nie mogą być uznane za przychody ze stosunku służbowego sędziego w rozumieniu art. 12 ust. 1 updof.
Podobne stanowisko zajął Sąd w odniesieniu do prokuratorów w wyroku z dnia 25 lutego 2000 r., I SA/Kr 2433/99, w którym stwierdził, że zwrot kosztów dojazdów prokuratora do miejsca wykonywania służby jest wykonaniem obowiązku obciążającego jednostkę zatrudniającą prokuratora. Jeżeli prokurator poniósł wydatki związane z przejazdami do pracy, poczynił on wydatki za swego pracodawcę, zaś wypłata dokonana przez prokuraturę jest rozliczeniem, mającym na celu zwrot prokuratorowi tych kwot, jakie obciążały pracodawcę.
W przeciwieństwie do sędziów i prokuratorów, przepisy ustawy o Policji nie nakładają na policjantów obowiązku uzyskania zgody przełożonych na zamieszkanie w innej miejscowości, a więc w ich przypadku zwrot kosztów przejazdu oparty jest na innej podstawie. Oznacza to, iż mimo że świadczenie takie, wypłacane policjantowi zgodnie z art. 93 ust. 1 ustawy o Policji, obciąża pracodawcę, to jednak jest świadczeniem pieniężnym ponoszonym za pracownika, a więc stanowi ono przychód w rozumieniu art. 12 ust. 1 updof.
Mając powyższe na uwadze na podstawie art. 188 p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny orzekł jak w sentencji. O kosztach sąd orzekł na podstawie art. 203 pkt 2 w zw. z art. 205 par. 2, 209, 210 p.p.s.a.