Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Tomasz Zborzyński (sprawozdawca), Sędzia NSA Jacek Brolik, Sędzia NSA Aleksandra Wrzesińska- Nowacka, Protokolant Anna Rembowska, po rozpoznaniu w dniu 25 lutego 2015 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej W. sp. z o.o. sp. k. z siedzibą w K. (obecnie: W. sp. z o.o. sp. k. z siedziba w K.) od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 4 października 2012 r. sygn. akt III SA/Wa 3605/11 w sprawie ze skargi W. sp. z o.o. sp. k. z siedzibą w K. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 24 października 2011 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości, 2) uchyla decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 24 października 2011 r. nr [...], 3) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie na rzecz W. sp. z o.o. sp. k. z siedzibą w K. (obecnie: W. sp. z o.o. sp. k. z siedzibą w K.) kwotę 18 587 (słownie: osiemnaście tysięcy pięćset osiemdziesiąt siedem) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Zaskarżonym wyrokiem Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę W. spółka komandytowa z siedzibą w K. (obecnie: W. spółka komandytowa z siedzibą w K.) na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie w przedmiocie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych.
Stan sprawy Sąd przedstawił w sposób następujący:
Wnioskiem z dnia 1 lutego 2011 r. skarżąca Spółka zwróciła się do Naczelnika Urzędu Skarbowego W. o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych z tytułu podwyższenia kapitału zakładowego spółki w kwocie 391 291 zł. Wskazała, że dnia 7 lipca 2008 r. nadzwyczajne zgromadzenie jej wspólników zmieniło umowę spółki poprzez podwyższenie wkładów wspólników o łączna kwotę 78 266 186 zł, a od tej czynności notariusz, jako płatnik podatku od czynności cywilnoprawnych, pobrał podatek w kwocie 391 291 zł przyjmując za podstawę opodatkowania wartość podwyższonych wkładów, podczas gdy stanowiące podstawę naliczenia i pobrania podatku przepisy ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (obecnie: Dz. U. z 2010 r. Nr 101., poz. 649 ze zm., dalej: u.p.c.c.) są niezgodne z prawem wspólnotowym dyrektywą Rady Nr 69/335/EWG z dnia 17 lipca 1969 r. w sprawie podatków pośrednich od gromadzenia kapitału (Dz. U. UE z 1969 r. L 249, poz. 25 ze zm., dalej: dyrektywa 69/335/EWG). Dyrektywa ta uznaje bowiem za spółkę kapitałową każdą formę działalności gospodarczej nakierowanej na zysk, co oznacza, że polska spółka komandytowa stanowi spółkę kapitałową w rozumieniu tej dyrektywy. W związku z tym przepisy u.p.c.c. w brzmieniu obowiązującym w 2008 r., w zakresie, w jakim nakładają podatek na podwyższenie kapitału zakładowego istniejącej spółki kapitałowej, są sprzeczne z art. 7 ust. 1 dyrektywy 69/335/EWG i nie mogą być stosowane; Polska, po wprowadzeniu od chwili wejścia do Unii Europejskiej zwolnienia od opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych czynności podniesienia kapitału zakładowego spółki kapitałowej w wyniku wniesienia aportu, nie była bowiem uprawniona do ponownego wprowadzenia opodatkowania takiej czynności.
Naczelnik Urzędu Skarbowego W. decyzją z dnia 11 lipca 2011 r. odmówił stwierdzenia nadpłaty, wskazując, że koszty aktu notarialnego wraz z podatkiem od czynności cywilnoprawnych poniósł nie podmiot zobowiązany do uiszczenia podatku, a wspólnik spółki komandytowej - Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością W., a kwota pobrana nie od podatnika lecz od innego podmiotu, nie stanowi nadpłaty w świetle art. 72 § 1 pkt 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (obecnie: Dz. U. z 2012 r., poz. 749 ze zm., dalej: O.p.).
W odwołaniu skarżąca zarzuciła naruszenie art. 7 ust. 1 i ust. 2 dyrektywy 69/335/EWG oraz art. 120 O.p., podnosząc, że w rozumieniu tej dyrektywy spółka komandytowa jest spółką kapitałową, a zwolnienie z opodatkowania zmiany umowy spółki przez podwyższenie jej kapitału w wyniku wniesienia wkładu niepieniężnego jest obowiązkowe, gdyż państwom członkowskim pozostawiona została opcja opodatkowania lub zwolnienia z opodatkowania tylko czynności wymienionych w art. 4 dyrektywy 69/335/EWG.