Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Bogusław Dauter (sprawozdawca), Sędzia NSA Jacek Brolik, Sędzia NSA Zbigniew Kmieciak, Protokolant Karolina Zarzycka-Ciołkiewicz, po rozpoznaniu w dniu 27 maja 2015 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej "B. sp. z o.o." z siedzibą w W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 12 grudnia 2013 r. sygn. akt III SA/Wa 2747/13 w sprawie ze skargi "B. sp. z o.o." z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 5 listopada 2010 r. nr [...] w przedmiocie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od "B. sp. z o.o." z siedzibą w W. na rzecz Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie kwotę 1800 (słownie: tysiąc osiemset) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
1. Wyrokiem z 12 grudnia 2013 r., III SA/Wa 2747/13, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę B. sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 5 listopada 2010 r. w przedmiocie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych.
2. Powyższe rozstrzygnięcie zapadło w następującym stanie faktycznym: spółka wystąpiła o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych i zwrot nienależnie pobranego przez notariusza (płatnika) w dniu 4 października 2007 r. podatku od czynności cywilnoprawnych z tytułu umowy sprzedaży udziału we współwłasności nieruchomości gruntowej. Spółka wskazała, iż nabyte grunty, w chwili dokonania przedmiotowej transakcji, zostały sklasyfikowane w ewidencji gruntów i budynków jako użytki rolne, ponadto nie były zajęte na prowadzenie działalności gospodarczej innej niż działalność rolnicza i weszły w skład gospodarstwa rolnego, którego właścicielem jest spółka, a mianowicie działki nr 14/1. Powyższe, zdaniem spółki, świadczy o tym, iż zakup przedmiotowego gruntu podlega zwolnieniu z opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych na podstawie art. 9 pkt 2 lit. a) ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych na podstawie art. 9 pkt 2 lit. a) (Dz. U. 2005 r. Nr 41, poz. 399 ze zm. zm., zwanej dalej: u.p.c.c).
Decyzją z 31 maja 2010 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego W. określił wysokość zobowiązania podatkowego z tytułu zawartej umowy sprzedaży nieruchomości gruntowej stanowiącej działki o nr ewidencji [...] na kwotę 47.700,00 zł, tj. na kwotę podatku pobranego przez płatnika (notariusza). Następnie decyzją z 16 września 2010 r. Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie uznając postępowanie w sprawie za bezprzedmiotowe uchylił w całości powyższą decyzję organu pierwszej instancji i umorzył postępowanie w sprawie.
Decyzją z 31 maja 2010 r. organ pierwszej instancji odmówił spółce stwierdzenia nadpłaty w wysokości 47.700,00 zł. W uzasadnieniu wskazał, iż wartość nieruchomości jest zgodna z wartością rynkową, a zwolnienie, o którym mowa w art. 9 pkt 2 lit. a) u.p.c.c. nie ma zastosowania, bowiem sposób opodatkowania sprzedaży ww. nieruchomości gruntowych dokonany przez notariusza jest prawidłowy. Nie powstała zatem nadpłata w rozumieniu art. 72 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. 2005 r. Nr 8 poz. 60 ze zm.; dalej: “O.p.").
Decyzją z 5 listopada 2010 r. Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie utrzymał w mocy decyzję organu pierwszej instancji. W uzasadnieniu powyższej decyzji organ odwoławczy wskazał, że w odniesieniu do nabywcy jako osoby, która w celu skorzystania ze zwolnienia od podatku zobowiązana jest przez ten przepis do spełnienia określonych warunków, koniecznym staje się rozważenie, czy spółka nabyła grunty stanowiące gospodarstwo rolne, albo nabyła grunty, które utworzą takie gospodarstwo, czy też nabyte grunty wejdą w skład gospodarstwa rolnego będącego własnością nabywcy. Tymczasem spółka w dniu dokonania czynności cywilnoprawnych nie posiadała gruntów, na których prowadziłaby działalność rolniczą, gdyż działka Nr [...] i kolejne nabywane działki od chwili nabycia były zajęte na cele prowadzonej działalności gospodarczej, a więc spółka nie była w posiadaniu gospodarstwa rolnego, do którego mogłyby wejść przedmiotowe grunty.