Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Maciej Jaśniewicz, Sędzia NSA Antoni Hanusz, Sędzia WSA del. Bogusław Woźniak (sprawozdawca), Protokolant Paweł Kowalczyk, po rozpoznaniu w dniu 20 maja 2014 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie działającego z upoważnienia Ministra Finansów od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 5 marca 2012 r. sygn. akt III SA/Wa 1848/11 w sprawie ze skargi A. S.A. z siedzibą w W. na interpretację indywidualną Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie działającego z upoważnienia Ministra Finansów z dnia 8 marca 2011 r. nr IPPB2/436-31/11-4/AF w przedmiocie podatku od czynności cywilnoprawnych 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości, 2) oddala skargę, 3) zasądza od A. S.A. z siedzibą w W. na rzecz Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie działającego z upoważnienia Ministra Finansów kwotę 340 (trzysta czterdzieści) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Zaskarżonym wyrokiem z dnia 5 marca 2012 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w sprawie o sygnaturze akt III SA/WA 1848/11, działając na podstawie art. 146 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, po. 1270 ze zm. - dalej jako "p.p.s.a.", po rozpoznaniu skargi A. SA z siedzibą w W. (Spółka) uchylił zaskarżoną interpretację indywidualną Ministra Finansów w przedmiocie podatku od czynności cywilnoprawnych.
Sąd przedstawił następujący stan sprawy.
Spółka w dniu 28 stycznia 2011 r. wystąpiła do Ministra Finansów z wnioskiem o udzielenie pisemnej interpretacji przepisów prawa podatkowego dotyczącej podatku od czynności cywilnoprawnych w zakresie podwyższenia kapitału zakładowego.
We wniosku został przedstawiony następujący stan faktyczny.
W 2008 r. akcjonariusze Skarżącej wnieśli wkłady pieniężne na pokrycie kapitału zakładowego. Przy okazji tej czynności notariusz działając jako płatnik pobrał podatek od czynności cywilnoprawnych.
W związku z powyższym Skarżąca zadała pytanie: czy pobranie podatku od czynności cywilnoprawnych przez notariusza działającego jako płatnika było zasadne ?
Zdaniem Skarżącej pobranie podatku od czynności cywilnoprawnych przez notariusza działającego jako płatnik w sytuacji wniesienia wkładów pieniężnych na pokrycie kapitału zakładowego było bezzasadne, gdyż powstanie zobowiązania podatkowego w podatku od czynności cywilnoprawnych w takiej sytuacji byłoby sprzeczne z bezpośrednio stosowanymi normami prawa unijnego - art. 7 Dyrektywy 69/335/EWG. Spółka zaznaczyła, że w polskim stanie prawnym obowiązującym na dzień 1 lipca 1984 r. wniesienie wkładów do spółki nie podlegało opodatkowaniu ówczesnym podatkiem kapitałowym, czyli opłatą skarbową. Oznacza to, że Polska od dnia akcesji do Unii Europejskiej (czyli 1 maja 2004 r.) powinna zwolnić wkłady wnoszone do spółek akcyjnych od podatku od czynności cywilnoprawnych. W rezultacie zdaniem Skarżącej należy uznać, że przepisy krajowe na podstawie, których notariusz pobrał pcc w wyniku opłacenia kapitału zakładowego Spółki dokonanego w 2008 r. są sprzeczne z prawem unijnym, tj. art. 7 ust. 1 ówcześnie obowiązującej Dyrektywy 69/335 EWG. W związku z powyższym po stronie Skarżącej powstała nadpłata w podatku od czynności cywilnoprawnych.
Interpretacją indywidualną z 8 marca 2011 r. Minister Finansów uznał stanowisko Skarżącej za nieprawidłowe. W uzasadnieniu wyjaśnił, że zgodnie z art. 1 ust. 3 pkt 2 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. z 2007 r. Nr 68, poz. 450 ze zm.) - dalej: "u.p.c.c." (w brzmieniu obowiązującym do 31.12.2008 r.) wniesienie lub podwyższenie wniesionego do spółki wkładu, którego wartość powoduje podwyższenie kapitału zakładowego, pożyczkę udzieloną spółce przez wspólnika (akcjonariusza) oraz dopłaty uważane było za zmianę umowy spółki, opodatkowaną stosownie do art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. k) i pkt 2 tej ustawy. Obowiązek podatkowy ciążył na spółce (art. 4 ust. 1 pkt 9 u.p.c.c.).